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CRISPR屏幕在IPSC衍生的神经元中揭示了tau proteostasis 的原理 人类诱导的多能干细胞的扰动细胞图集 多态串联重复在免疫景观上形状的单细胞基因表达 蛋白质生成进化扩散 注释冷冻卷：机器学习挑战 胎盘猪中的胎盘HIGF1纳米颗粒基因治疗在肝脂质和葡萄糖代谢相关的信号通路中以胎儿性别特异性方式改善胎儿生长限制相关的变化 西尼罗河病毒在欧洲传播的生物气候建模，特别关注乌克兰 单元格中的信号：用于治疗的多模式和上下文化的机器学习基础 SPAMTP：空间代谢组学和转录组学数据的综合统计分析和可视化 使用捕获的离子迁移率和DDAP 通过成对的细胞表面和病毒1 增强了慢病毒基因递送到哺乳动物细胞 坏死性到凋亡信号轴是炎症性肠病的基础 Devider：多种单倍型的长阅读重建 pyr1生物传感器驱动的全基因组CRISPR筛选，用于改善Kluyveromyces Marxianus的单甲苯样产生 果糖-2,6-双磷酸盐恢复TDP-43病理 - bean（psophocarpus tetragonolobus）
蛋白质tau的抽象聚集定义了tauopathies，其中包括阿尔茨海默氏病和额颞痴呆。特定的神经元亚型有选择地容易受到tau聚集的影响，随后的功能障碍和死亡，但潜在的机制尚不清楚。系统地揭示了控制人类神经元中Tau聚集体积累的细胞因子，我们在IPSC衍生的神经元中进行了基于基因组CRISPRI的修饰筛网。屏幕发现了预期的途径，包括自噬，以及意外的途径，包括ufmylation和GPI锚构成。我们发现E3泛素连接酶CUL5 SOCS4是人类神经元中tau水平的有效修饰符，泛素化tau，与小鼠和人类中的auopanty的脆弱性相关。线粒体功能的破坏会促进tau的蛋白酶体错误处理，从而产生tau蛋白水解片段
通过TP53中的CMYC蛋白过量生产和RB1耗尽源自人类胚胎干细胞
crispr screens in IPSC-Derived neurons reveal principles of tau protests avi J. Samelson 1 , Nabela Ariqat 1 , Justin McCetney 2,3,4 J. Travaglini 6 , Victor L. lam 7 , Darn Goodness 1 , Gay Dixon 1 , Emily Marzette 1 , Julianne Jin 1 , Ruilin Tiian 1 , Eric tse 1,8 , Rome Abskharon 9，Henry Pan Lawrence 3,10，Jason E. Geswicki 1,7，David Eisenberg 9,11，Nicholas M.因此12，Daniel R. Southworth 1,8，John D. Gross 7，Li Gan 5<美国加利福尼亚州旧金山大学神经退行性疾病DIV加利福尼亚大学旧金山分校，定量生物科学研究所（QBI），美国加利福尼亚州旧金山，美国3。加利福尼亚大学SAN
多物种全基因组 CRISPR 筛选鉴定出冷诱导细胞死亡的保守抑制因子
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2024 年 11 月 19 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.07.25.605098 doi：bioRxiv 预印本
在感染低多样性下单细胞CRISPR屏幕的强大差分表达测试
带有单细胞读数的汇总CRISPR屏幕（例如wisturb-seq [1]）已成为一种可扩展，灵活和强大的技术，可将遗传扰动连接到分子表型，其应用从基本分子生物学到医学遗传学和癌症研究。[2]在此类筛选中，通过CRISPR指南RNA（GRNA）将遗传扰动的库转染到一个细胞群中，然后进行单细胞测序，以识别出存在的扰动并测量每个细胞的富分子表型。扰动可以靶向基因[1]或非编码调节元件，[3，4，5]抑制[1]或激活[6]这些目标；分子读数可以包括基因表达，[1]蛋白表达，[7，8，9]或表观遗传性含量（如染色质访问性）。[10]通常，在低多重感染（MOI）下引入扰动，每个细胞一个扰动。在预期扰动的情况下
个性化防晒霜的新趋势
16。SkórkowskaA，Maciejska A，Pomierny B等。成年产前和成年苯甲酮-3真皮暴露对调节雌性大鼠神经退行性过程，血荷激素水平和血液学参数的因素的影响。Neurotox res。2020; 37（3）：683-701。doi：10.1007/s12640-020-00163-7 17。Heurung AR，Raju SI，Warshaw EM。苯苯酮。皮肤接触，特应占用药物。2014; 25（1）：3-10。 doi：10.1097/ der.00000000000025 18。 div> Haylett AK，Chiang YZ，Nie Z，Ling TC，Rhodes LE。 防晒光影测试：一系列157个儿童。 br j dermatol。 2014; 171（2）：370-375。 doi：10.1111/bjd.13003 19. 制革商PR。 防晒产品配方。 皮肤菌诊所。 2006; 24（1）：53-62。 doi：10.1016/j.det.2005.09.002 20。 Sasseville D.烷基糖苷：2017年“年度过敏原”。 皮肤接触，特应占用药物。 2017; 28（4）：296。 doi：10.1097/ der.0000000000000290 21。 div> Rick JW，Brannon M，De Dr，Shih T，Hsiao JL，Shi VY。 过敏原2014; 25（1）：3-10。doi：10.1097/ der.00000000000025 18。 div>Haylett AK，Chiang YZ，Nie Z，Ling TC，Rhodes LE。防晒光影测试：一系列157个儿童。br j dermatol。2014; 171（2）：370-375。 doi：10.1111/bjd.13003 19. 制革商PR。 防晒产品配方。 皮肤菌诊所。 2006; 24（1）：53-62。 doi：10.1016/j.det.2005.09.002 20。 Sasseville D.烷基糖苷：2017年“年度过敏原”。 皮肤接触，特应占用药物。 2017; 28（4）：296。 doi：10.1097/ der.0000000000000290 21。 div> Rick JW，Brannon M，De Dr，Shih T，Hsiao JL，Shi VY。 过敏原2014; 171（2）：370-375。doi：10.1111/bjd.13003 19.制革商PR。防晒产品配方。皮肤菌诊所。2006; 24（1）：53-62。 doi：10.1016/j.det.2005.09.002 20。 Sasseville D.烷基糖苷：2017年“年度过敏原”。 皮肤接触，特应占用药物。 2017; 28（4）：296。 doi：10.1097/ der.0000000000000290 21。 div> Rick JW，Brannon M，De Dr，Shih T，Hsiao JL，Shi VY。 过敏原2006; 24（1）：53-62。doi：10.1016/j.det.2005.09.002 20。Sasseville D.烷基糖苷：2017年“年度过敏原”。 皮肤接触，特应占用药物。 2017; 28（4）：296。 doi：10.1097/ der.0000000000000290 21。 div> Rick JW，Brannon M，De Dr，Shih T，Hsiao JL，Shi VY。 过敏原Sasseville D.烷基糖苷：2017年“年度过敏原”。皮肤接触，特应占用药物。2017; 28（4）：296。 doi：10.1097/ der.0000000000000290 21。 div>Rick JW，Brannon M，De Dr，Shih T，Hsiao JL，Shi VY。 过敏原Rick JW，Brannon M，De Dr，Shih T，Hsiao JL，Shi VY。过敏原
1 CRISPR屏幕和凝集素微阵列标识小说...
聚糖在细胞信号传导和功能中起关键作用。与蛋白质不同，聚糖结构不是从基因模板中，而是许多基因的一致活性，使它们在历史上挑战研究。在这里，我们提出了一种利用合并的CRISPR屏幕和凝集素微阵列来揭示和表征细胞表面糖基化调节剂的策略。我们应用了这种方法来研究高甘露糖糖的调节 - 所有天冬酰胺（n）连接 - 聚糖的起始结构。我们使用CRISPR屏幕揭示了控制高甘露糖表面水平的基因的扩展网络，然后是凝集素微阵列，以完全测量精选调节剂对全球糖基化的复杂作用。通过此，我们阐明了两个新型的高甘露糖调节剂-TM9SF3和CCC复合物如何通过调节高尔基形态和功能来控制复合物N-糖基化。值得注意的是，这种方法使我们能够深入审问高尔基功能，并揭示与高尔基形态的类似破坏可以导致巨大不同的糖基化结果。总的来说，这项工作展示了一种可系统地剖析糖基化的调节网络的可推广方法。
全基因组药物锚筛选将CAAP1和AKAP17A识别为PRMT5抑制剂敏感性的调节剂
MTA合件PRMT5抑制剂是一种新兴治疗选择。确定对PRMT5抑制剂敏感性的潜在调节剂，我们在存在和不存在MTA合并PRMT5抑制剂的情况下进行了基因组宽CRISPR敲除筛选。敲除CAAP1和AKAP17A的敲除是代表不同组织学的多个MTAP缺失的癌细胞系中最强的致敏效果之一。引人注目的是，CAAP1基因在9p21染色体上与MTAP和CDKN2A共定位。在TCGA Pancancer Atlas中，有20％的MTAP删除癌症中有20％的CAAP1的删除CAAP1。CAAP1或AKAP17A在MTAP缺失的癌细胞系中的敲除将细胞敏感到PRMT5抑制剂，包括临床阶段的MTA合并抑制剂TNG908和TNG462，以及非MTA合作抑制剂GSK33226595。此外，我们发现CAAP1和AKAP17A蛋白水平是相互依存的，因为两个基因的敲除导致另一个基因的蛋白质水平降低。与这一发现一致，CAAP1在CAAP1删除细胞系中的重建导致AKAP17A水平升高。内源性CAAP1和AKAP17A蛋白水平在一系列癌细胞系和MTAP缺失的患者衍生异种移植模型之间呈正相关。与先前的报告（Ni等，2023），外源CAAP1和AKAP17A共免疫沉淀研究一致，这表明蛋白质形成蛋白质复合物。共同表明CAAP1和AKAP17A相互依存并介导对PRMT5抑制剂的敏感性。AKAP17A和CAAP1不是特征良好的蛋白质，但是PRMT5抑制剂在癌细胞中诱导全球替代剪接事件（ASE），基于初步研究，CAAP1/AKAP17A复合物的可能功能可以减轻PRMT5抑制引起的ASES。在MTAP缺失的情况下，共定位和CAAP1缺失的发生率为20％，可能表明此类患者对PRMT5靶向治疗的反应会提高。
药物基因组合成的致命筛查揭示了隐藏的漏洞和新的
therapeutic approaches for treatment of NF1-associated tumors Kyle B. Williams 1 , Alex T. Larsson 1 , Bryant J. Keller 1 , Katherine E. Chaney 2 , Rory L. Williams 1 , Minu M. Bhunia 1,3 , Garrett M. Draper 1 , Tyler A. Jubenville 1 , Sue K. Rathe 1 , Christopher L. Moertel 1 , Nancy Ratner 2 , David A. Largaespada 1,3。1，明尼苏达州明尼阿波利斯大学共济会癌症中心儿科，美国，美国省55455，美国。 2实验血液学和癌症生物学，辛辛那提儿童医院，俄亥俄州辛辛那提，美国45229，美国。 3明尼阿波利斯，明尼阿波利斯，明尼苏达州，明尼苏达州，明尼苏达州55455，遗传学，细胞生物学与发展系，美国。 通讯作者凯尔·威廉姆斯（Kyle Williams），明尼苏达州明尼阿波利斯大学共济会癌症中心儿科系，美国明尼苏达州55455（kbwillia@umm.unm.edu）运行标题：NF1的合成药物敏感性1，明尼苏达州明尼阿波利斯大学共济会癌症中心儿科，美国，美国省55455，美国。2实验血液学和癌症生物学，辛辛那提儿童医院，俄亥俄州辛辛那提，美国45229，美国。3明尼阿波利斯，明尼阿波利斯，明尼苏达州，明尼苏达州，明尼苏达州55455，遗传学，细胞生物学与发展系，美国。 通讯作者凯尔·威廉姆斯（Kyle Williams），明尼苏达州明尼阿波利斯大学共济会癌症中心儿科系，美国明尼苏达州55455（kbwillia@umm.unm.edu）运行标题：NF1的合成药物敏感性3明尼阿波利斯，明尼阿波利斯，明尼苏达州，明尼苏达州，明尼苏达州55455，遗传学，细胞生物学与发展系，美国。通讯作者凯尔·威廉姆斯（Kyle Williams），明尼苏达州明尼阿波利斯大学共济会癌症中心儿科系，美国明尼苏达州55455（kbwillia@umm.unm.edu）运行标题：NF1的合成药物敏感性
板球gryllus bimaculatus中的靶向基因标记
8 1美国田纳西州纳什维尔大学医学中心上皮生物学中心，美国田纳西州纳什维尔市9 2托德比尔特大学，范德比尔特大学，田纳西州纳什维尔大学10 3 Vanderbilt免疫生物学中心，病理学系，微生物学系，微生物学，微生物学系，和范德比尔特大学医学中心，纳什维尔，医学中心，美国3723 24 2423.232323232222222222222222222222.美国田纳西州纳什维尔中心13 5 5 5 5 6 6 6 6 6 6 6 6 7 6美国纳什维尔大学医学院生物化学系14号生物化学系，美国田纳西州纳什维尔，美国16 7 7 7美国田纳西州纳什维尔18
通过改进的向导 RNA 文库克隆实现紧凑型 CRISPR 基因筛选
背景 20 多年前，人类基因组计划产生了第一个组装的人类基因组 [1,2]。基因组测序工作揭示了与疾病相关的基因和遗传变异，但大部分并未揭示基因功能。因此，功能基因组学工作对于确定已鉴定的约 20,000 个人类蛋白质编码基因的功能至关重要。在过去十年中，基于 CRISPR（成簇的规律间隔的短回文重复序列）的筛选增加了全基因组遗传筛选的便利性，使研究人员能够发现生物途径的新成分、确定现有药物的机制、确定新的治疗靶点并揭示协同遗传关系 [3-7]。然而，由于全基因组向导文库的规模（20,000–200,000 + 个元素）和典型的细胞覆盖率（500–1000 倍）需要准确量化基因命中并平均整个群体中与表型无关的变异，每次筛选需要每个样本数千万到数亿个细胞 [ 8 – 12 ]。这一要求对需要大规模培养的细胞模型提出了后勤挑战