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使用临床外显子组测序
先天性免疫力（IEI）包括多种异质遗传疾病，其中免疫系统中的缺陷导致对感染和其他并发症的敏感性增加。准确，及时诊断IEI对于治疗计划和预后至关重要。在这项研究中，评估了临床外显子组测序（CE）诊断IEI的临床实用性。对于37例与IEI相关的症状，体征或实验室异常的韩国患者，CES涵盖了4,894个基因，包括与IEI相关的基因。审查了他们的临床诊断，临床特征，感染家族病史和实验室结果以及检测到的变体。使用CES，在37例患者中有15例（40.5％）对IEI进行了遗传诊断。 从IEI相关的基因，BTK，UNC13D，STAT3，IL2RG，IL2RG，IL10RA，NRAS，SH2D1A，GATA2，TET2，TET2，PRF1和UBA1中检测到了17种致病变异，其中四种变体先前是一致的。 其中，从GATA2，TET2和UBA1中鉴定出体细胞病变变体。 此外，我们通过CES偶然诊断出了两名患者，该患者是为了诊断未识别的IEI患者的其他疾病而进行的。 综上所述，这些结果证明了CES诊断为IEI的实用性，这有助于准确的诊断和适当的治疗。使用CES，在37例患者中有15例（40.5％）对IEI进行了遗传诊断。从IEI相关的基因，BTK，UNC13D，STAT3，IL2RG，IL2RG，IL10RA，NRAS，SH2D1A，GATA2，TET2，TET2，PRF1和UBA1中检测到了17种致病变异，其中四种变体先前是一致的。其中，从GATA2，TET2和UBA1中鉴定出体细胞病变变体。此外，我们通过CES偶然诊断出了两名患者，该患者是为了诊断未识别的IEI患者的其他疾病而进行的。综上所述，这些结果证明了CES诊断为IEI的实用性，这有助于准确的诊断和适当的治疗。
比较宏基因组的下一代测序和血液培养以诊断血液感染
结果：使用血液作为MNGS测试样品，宿主DNA的比例为99.9％，只有三种细菌，未检测到真菌。在MNG中使用血浆时，宿主DNA的比例约为97％，检测到84个细菌和两种真菌。值得注意的是，分别在43对血液和血浆样品中检测到16S rRNA NGS。血液培养物检测到49种细菌（23个革兰氏阴茎和26克阳性球菌）和4种真菌，其中14种细菌被临床微生物学家视为污染物。对于所有血液培养物，血浆CFDNA MNG检测到78.26％（19/23）革兰氏阴性杆，17％（2/12）革兰氏阳性球菌，没有真菌。与血液培养物相比，血浆CFDNA MNG的敏感性和特异性检测细菌和真菌分别为62.07％和57.14％。
通过聚合酶链式反应生成单链 DNA 及其在 HLA-DQA 基因座直接测序中的应用
摘要 通过聚合酶链式反应，可以从基因组 DNA 中酶促扩增单拷贝序列。通过使用两种不同摩尔量的扩增引物，只需一个步骤即可扩增单拷贝基因并产生所选链的过量单链 DNA，用于直接测序或用作杂交探针。此外，可以使用等位基因特异性寡核苷酸在扩增反应中或作为测序引物直接测序杂合子中的单个等位基因。通过使用这些方法，我们研究了 HLA-DQA 基因座的等位基因多样性及其与血清学定义的 HLA-DR 和 -DQ 类型的关联。该分析揭示了总共八个等位基因和三个额外的单倍型。该方法在筛查人类基因突变方面具有广泛的应用，并有助于将基因的酶促扩增与自动测序联系起来。
宏基因组二代测序在传染病诊断中的应用
宏基因组新一代测序 (mNGS) 是诊断传染病的一种变革性方法，它利用无偏高通量测序直接检测和表征临床样本中的微生物基因组。本综述全面概述了 mNGS 技术的基本原理、测序工作流程和平台。该方法的骨干包括对从不同样本类型中提取的总核酸进行散弹枪测序，能够在不了解传染源的情况下同时检测细菌、病毒、真菌和寄生虫。mNGS 的主要优势包括它能够识别稀有、新型或不可培养的病原体，与传统的基于培养的方法相比，可以更全面地了解微生物群落。尽管有这些优势，但数据分析复杂性、高成本以及需要优化样品制备方案等挑战仍然是重大障碍。mNGS 在各种全身性感染中的应用凸显了其临床实用性。本综述中讨论的案例研究说明了其在诊断呼吸道感染、血流感染、中枢神经系统感染、胃肠道感染等疾病方面的功效。通过快速识别病原体及其基因组特征，mNGS 有助于及时和有针对性的治疗干预，从而改善患者的治疗结果和感染控制措施。展望未来，mNGS 在传染病诊断领域的前景看好。生物信息学工具和测序技术的进步有望简化数据分析、提高灵敏度和特异性并缩短周转时间。与临床决策支持系统的集成有望进一步优化 mNGS 在常规临床实践中的利用。总之，mNGS 代表了传染病诊断领域的范式转变，为微生物多样性和发病机制提供了无与伦比的见解。尽管挑战依然存在，但持续的技术进步具有巨大的潜力，可以巩固 mNGS 作为现代医学武器库中的关键工具的地位，使临床医生能够精确、快速、全面地检测病原体。
单细胞 RNA 测序在类风湿关节炎中的应用
单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 是一种相对较新的技术，它通过描述单个细胞之间的转录组差异，提供了前所未有的细胞异质性和功能详细视图。这将允许在生理和病理过程中映射细胞类型特异性信号，从而在现有的许多离散簇之间建立高度特异性的细胞信号网络模型。因此，该技术提供了一种强大的方法来剖析导致自身免疫性疾病（包括类风湿性关节炎 (RA)）的细胞和分子机制。scRNA-seq 可以提供有关 RA 独特细胞状态和转变的宝贵见解，有可能开发新的药物靶点。然而，一些挑战仍然限制了它的主流应用，包括成本较高、对低丰度转录本的灵敏度较低以及与批量或传统 RNA 测序相比相对复杂的数据分析工作流程。这篇小评论探讨了 scRNA-seq 在 RA 研究中新兴的应用，强调了其在产生重要见解方面的作用，这些见解有助于为创新和更有效的治疗策略铺平道路。
改进单链 DNA 病毒的测序
Malathi VG、Renuka Devi P. (2019) SsDNA 病毒：全球病毒组中的关键参与者。病毒性疾病。 30：3–12。 https://doi.org/10.1007/s13337-019-00519-4
集成分析工具将空间RNA测序转变为成像师
新的计算工具，具有伪单细胞分辨率组织学（Spotiphy）的现场成像仪，采用机器学习算法来显着改善常规的空间转录组技术。这些技术着眼于捕获基因表达的网格上的预定义的“斑点”。这些本质上是在整个组织段中形成最终基因表达图像的像素。每个位置通常包含多个，通常是异质的细胞，使它们难以分类和分析单个细胞。
有史以来最大的DNA测序数据集提供了英国儿童发展研究
“ MRC的资金是我们在理解疾病驱动因素的整体投资的一部分，以实现预防和个性化治疗，并最大化现有的基础设施以确保实际价值。这项工作与MRC和ESRC的新的令人兴奋的国家资源完全吻合，英国人口研究，这一切都涉及协调和利用英国同伙。” Richard Evans博士说。
单细胞和大量RNA的综合分析，以预测结直肠癌的预后和治疗反应
结直肠癌（CRC）是一种流行的恶性肿瘤，其特征是全球发病率和死亡率高。此外，必须理解其发育发展的分子机制并确定有效的预后标记。这些努力对于确定潜在的治疗靶标和提高患者存活率至关重要。因此，我们开发了一种新型的预后模型，旨在为临床预后评估和治疗提供新的理论支持。我们从基因表达综合（GEO）和癌症基因组图集（TCGA）数据库中下载了数据。随后，我们进行了单细胞分析，并开发了与结直肠癌相关的预后模型。我们将SCRNA-SEQ数据集（GSE221575）分为19个细胞簇，并使用标记基因将这些簇分为11种不同的细胞类型。使用单变量COX回归和拉索（绝对收缩和选择算子）分析，我们开发了一个由9个基因组成的预后模型。基于我们的9基因模型，我们使用中位风险评分将患者分为高风险和低风险组。高危组表现出与M0巨噬细胞，CD8+ T细胞和M2巨噬细胞的显着正相关。富集分析表明，高风险基团的免疫相关途径的显着富集，包括刺猬_signaling，Wnt信号通路和细胞粘附分子。药物敏感性分析表明，低风险组对5种化学治疗药物敏感，而高风险组仅对1个。此外，我们为临床应用开发了高度可靠的列图。这表明我们的建模分析得出的风险评分对于分层结直肠癌样本非常有效。这项研究全面应用生物信息学方法来构建风险评分模型。该模型显示出良好的预测性能，为结直肠癌患者的个性化治疗提供了潜在的指导。此外，它可以为疾病的发病机理提供有价值的见解，并确定潜在的治疗靶点以进行进一步研究。