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World File Search System大肠杆菌
从大肠杆菌中紫罗兰菌的紫罗兰生物合成途径重建
简介：紫皮蛋白是一种由各种细菌产生的双座，众所周知，可以显示出广泛的药物特性。不幸的是，天然紫饼蛋白生产商的生产力低，导致了不一致的紫cile蛋白供应，从而限制了其作为未来治疗剂的应用。异源表达系统，例如大肠杆菌和Pichia Pastoris，提供了一种产生这些高价值的次级代谢物的替代方法。这项工作描述了大肠杆菌中紫质蛋白异源生产的遗传体系的发展。方法：紫c。violaceum，mth01的生产者是从马来西亚马来西亚大学的林理学基础上分离出来的。使用基因特异性底漆，整个7.3 Kb紫out基因簇从C. volaceum mth01 DNA成功扩增，克隆到PUC19矢量（PVIO19）中，然后分别为PET-3A和PET-3A和PET-11B，分为PVIO3A和PVIO3A和PVIO11B，分别为PET-3A和PET-11B。为异源表达，优化了碳源，温度，诱导剂（IPTG）和L-色氨酸的参数。使用TLC和FTIR分析了从紫色的大肠杆菌转化体中提取的violacein。结果：几天后，含有PVIO3A或PVIO11B的大肠杆菌转化体开发了紫色菌落，表明紫co菌菌素在大肠杆菌中成功表达。TLC分析显示，RF值可与脱氧维奥莱辛（紫氧化紫葡萄丝（Deoxyviolacein）（一种中介代谢物）中的脱氧葡萄蛋白相媲美，而FTIR光谱揭示了胺和羰基的存在，这两个都是吲哚的特征。结论：此处描述的大肠杆菌异源系统可以利用葡萄糖或甘油作为碳源。将L-色氨酸添加到生长培养基中对于成功表达紫col途径是必要的。
氧化葡萄氧化葡萄晶与大肠杆菌和金黄色葡萄球菌
这项研究着重于通过合成氧化铜（CEO2）来对抗细菌感染，并使用协同降水方法将其用3％和5％锌掺杂以及7％的钴掺杂来对其进行对抗。系统地研究了结构，形态，光学和抗菌特性。X射线衍射（XRD）表明，退火后，氧化纯含氧岩纯含量从氧化物的12nm增加到13.42nm。扫描电子显微镜（SEM）确认所有样品的聚集球结构。弥漫性反射光谱（DRS）显示出扩大的能带隙，从2.76EV的氧化物原始葡萄含量为3.09EV，即退火的7％钴掺杂含氧铜，表明电子特性的潜在变化。抗菌活性表明，7％的钴掺杂含氧岩氧化物表现出对大肠杆菌和金黄色葡萄球菌的抑制作用最大，表明与其他合成材料相比，抗菌活性上等。因此，这项研究展示了一种针对氧化葡萄纳米颗粒的定制方法，突出了修饰对增强抗菌应用的重要性。这项研究的发现有助于发展晚期抗菌剂的发展，利用了修改的氧化葡萄纳米颗粒的独特特性。
设计基于细胞内适体的荧光生物传感器，以跟踪大肠杆菌的负担
细胞负担会影响工程合成系统的性能。出于这个原因，人们对开发跟踪负担和改善生物技术应用的工具有很大的兴趣。荧光RNA适体是实时监测负担的极好候选者，因为他们的产量有望在转录资源上施加可忽略的负载。在这里，我们表征了从大肠杆菌中不同启动子表达的适体库的性能。我们发现适体相对性能取决于启动子和菌株，与期望相反，适体的表达会影响宿主的适应性。通过选择具有更明亮的输出且影响较低的两个适体，我们设计了一个细胞内生物传感器，能够报告工程细胞中负担响应的激活。此处开发的传感器增加了可用于减轻负担的工具的收集，并可能支持寻求改善主机性能的生物处理应用程序。
在鉴定弯曲的大肠杆菌 - 阿莫西林 - 克拉维烷基抗抗性机制
弯曲杆菌的空肠和弯曲杆菌是全球细菌性胃炎的最常见原因（Chlebicz和Śliëewska，2018年）。它们是通过消费受污染的产品（尤其是肉类，主要是鸡肉，牛肉和猪肉）传播的食源性病原体。在2021年的欧洲，弯曲杆菌病占疾病的12万例（欧盟一人健康，2021年），而在美国，弯曲杆菌感染的数量估计为每年150万次疾病（Delahoy等人，2023年）。弯曲杆菌病可引起诸如腹部疼痛，发烧和腹泻等症状，这是生命极年龄的显着风险（Fernández-Cruz等，2010）。抗菌治疗，但是对常用的抗菌药物的耐药性是令人关注的。
建立合成的正交复制系统可以在大肠杆菌中加速进化
生物中新功能的发展是人群中连续基因组突变和选择的结果。这个过程很慢，进化速率从根本上受到临界突变率（1）的限制。divienced的进化通常通过体外产生遗传多样性来避开体内突变率的限制（2），但这并不能使生物体内基因的持续演变。细胞的突变率可以瞬时增加，但是高水平的未靶向突变会导致基因组上的灾难性突变负荷，并且是不可持续的。插入病毒基因组中的基因可以通过迭代感染新的诱变细胞来突变（3-6）。这种方法避免了增加细胞基因突变速率的挑战，并且可以扩展以选择某些表型（7）。然而，该策略仅限于不断发展的基因，这些基因足够小，可以包装到病毒中，并选择可以与感染性偶联的表型。此外，在复制应激条件下的细胞中进行选择，这可能会进一步限制可以探索的细胞表型。将突变直接引导到细胞内特定的，有针对性的DNA序列而没有实质上增加基因组突变率的策略提供了驱动靶序列加速，可持续，连续，连续的细胞演化的可能性（8-17）。通过将靶基因重组到酵母中现有的线性质粒系统开创性的工作利用了现有的天然线性质粒，该质粒在酵母菌溶胶中起作用，并由专用的，蛋白质的DNA聚合酶复制，该聚合酶不将酵母基因组复制为天然正交复制系统（12，13）。
选定的非抗生素药物对大肠杆菌抗生素耐药性基因转移的影响
1 埃及索哈杰大学药学院微生物学与免疫学系，2 埃及米尼亚大学药学院微生物学与免疫学系，3 埃及米尼亚德拉亚大学药学院微生物学与免疫学系，4 埃及埃尔法塔赫艾斯尤特大学医学院医学微生物学与免疫学系，5 黎巴嫩贝鲁特黎巴嫩美国大学吉尔伯特与罗斯玛丽查古里医学院，6 埃及索哈杰大学药学院药理学与毒理学系，7 沙特阿拉伯麦加乌姆古拉大学药学院药物化学系，8 沙特阿拉伯麦加乌姆古拉大学药学院药剂学系
移动 CRISPRi 集合可实现大肠杆菌必需基因的遗传相互作用研究
未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者（此版本于 2023 年 4 月 22 日发布。；https://doi.org/10.1101/2023.04.21.537703 doi：bioRxiv preprint
DNA拓扑异构酶I充当大肠杆菌中转录伸长的超螺旋传感器
DNA topoisomerase I acts as supercoiling sensor for transcription elongation in E. coli Authors: Vita Vidmar 1,2,3,4,# , Céline Borde 5,# , Lisa Bruno 5 , Maria Takacs 1,2,3,4 , Claire Batisse 1,2,3,4 , Charlotte Saint-André 1,2,3,4 , Chengjin Zhu 1,2,3,4，OlivierEspéli5，ValérieLamour1,2,3,4，*和Albert Weixlbaumer 1,2,3,4，*摘要：当DNA转录为RNA时，DNA Double Helix会不断解开，并为RNA Polymerase（RNAP）提供访问权限（RNAP）。由于RNAP的下游和上游的DNA过度和扭转，这将诱导DNA超螺旋作为转录长度的函数。使用单粒子冷冻EM和体内测定法，我们研究了细菌RNAP和DNA拓扑异构酶I（topoi）之间的关系，该酶消除了RNAP上游积累的负超高。topoi与RNAP的放松DNA上游结合，表明具有感官作用，等待负超级锅的形成，并涉及托皮伊（Topoi）功能域中的构象转换。在DNA底物上模仿了否定超螺旋的DNA，topoi螺纹将一条线束进入活跃位点进行裂解，同时将互补链与辅助结构域结合。，我们在转录RNAP的背景下提出了一个用于DNA松弛的综合模型。1综合结构生物学系，Institut degénétiqueet de BiologieMoléculaireet Cellulaire（IGBMC）2UniversitédeStrasbourg
小分子调控的 sgRNA 能够通过 Cas9 控制大肠杆菌中的基因组编辑
CRISPR-Cas9 已为广泛应用的基因编辑带来了巨大进步。为了进一步发挥 Cas9 的效用，人们一直在努力实现对其核酸酶活性的时间控制。虽然不同的方法都侧重于调节哺乳动物细胞中的 CRISPR 干扰或编辑，但所有报道的方法都无法控制细菌中的核酸酶活性。在这里，我们开发了 RNA 接头，将茶碱和 3-甲基黄嘌呤 (3MX) 结合适体与 sgRNA 结合起来，从而实现大肠杆菌中的小分子依赖性编辑。这些可激活的向导 RNA 能够实现对体内基因编辑的时间和转录后控制。此外，它们还减少了因基因组切割而导致的宿主细胞死亡，这是 CRISPR 介导的细菌重组的主要限制。
通过大肠杆菌代谢工程提高微生物燃料电池的性能以实现吩嗪的生产
摘要：基于介质的微生物电化学系统（例如微生物燃料电池 (MFC)）的设计、开发和应用进展的核心作用之一是通过细胞外电子转移 (EET) 模式在导电电极表面和微生物之间建立有效且成功的通信。大多数基于微生物的系统需要使用人工电活性介质来促进和/或增强电子转移。我们之前的工作建立了一个外源性吩嗪类介质库作为介质系统，以使模型微生物大肠杆菌作为一种有前途的生物技术宿主能够进行 EET。然而，向微生物电化学系统中添加外源性介质具有某些限制性缺点，特别是关于介质对细胞的毒性和增加的运营费用。在此，我们展示了通过将来自铜绿假单胞菌的吩嗪生物合成途径引入大肠杆菌，大肠杆菌能够内源性地自生成吩嗪代谢物的代谢和遗传工程。该生物合成途径包含一个由七个基因组成的吩嗪簇，即 phzABCDEFG（phzA-G），负责从分支酸合成吩嗪-1-羧酸 (PCA)，以及两个另外的吩嗪辅助基因 phzM 和 phzS，用于催化 PCA 转化为绿脓素 (PYO)。我们展示了通过电化学测量、RNA 测序和显微镜成像收集的工程化大肠杆菌细胞的特征。最后，工程化大肠杆菌细胞用于设计性能增强的微生物燃料电池，最大功率密度从未工程化大肠杆菌细胞的 127 ± 5 mW m − 2 增加到基因工程的、产生吩嗪的大肠杆菌的 806 ± 7 mW m − 2。我们的结果表明，将异源电子穿梭引入大肠杆菌可以提高电池的性能。大肠杆菌不仅是一种有效的策略，而且是一种很有前途的策略，可以在活生物电化学系统中建立有效的电子介导，并提高与 MFC 电流产生和功率输出相关的整体 MFC 性能。关键词：微生物燃料电池、基因工程、性能改进、细胞外电子转移 ■ 介绍