*相应的作者。sahan@mskcc.org(N。Saha),nikolovd@mskcc.org(d.b.Nikolov)。信用撰稿人贡献声明Nayanendu Saha:概念化,方法论,调查,验证,写作 - 审查和编辑。du-san Baek:方法,调查,数据策划,验证。Rachelle P. Mendoza:资源,数据策划,调查。Dorothea Robev:调查,方法论。Yan Xu:调查,方法论。 Yehuda Goldgur:方法,软件,验证。 M. Jason de la Cruz:资源,数据策划。 Elisa de Stanchina:监督,方法论,调查。 Peter W. Janes:正式分析。 Kai Xu:方法,软件,验证。 Dimiter S. Dimitrov:监督,正式分析,资金获取。 Dimitar B. Nikolov:正式分析,资金获取,写作 - 原始草案,监督,项目管理,验证。Yan Xu:调查,方法论。Yehuda Goldgur:方法,软件,验证。M. Jason de la Cruz:资源,数据策划。Elisa de Stanchina:监督,方法论,调查。Peter W. Janes:正式分析。Kai Xu:方法,软件,验证。 Dimiter S. Dimitrov:监督,正式分析,资金获取。 Dimitar B. Nikolov:正式分析,资金获取,写作 - 原始草案,监督,项目管理,验证。Kai Xu:方法,软件,验证。Dimiter S. Dimitrov:监督,正式分析,资金获取。Dimitar B. Nikolov:正式分析,资金获取,写作 - 原始草案,监督,项目管理,验证。
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SEQ时间序列。22(左)通过表达相似性排序的相对表达的热图,
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图1基于转录组信息的癌细胞调用。(a)样品的解剖位置和突变模式。c,cecum; a,上升的结肠; D,下结肠; S,Sigmoid; R,直肠。突变(在括号中)A:APC,B:BRAF,C:CTNNB1,K:KRAS,P:TP53。(b)所有73,294个细胞的UMAP,由三种主要细胞类型室染色:上皮(蓝色),免疫(橙色)和基质细胞(绿色)。(c,d,f)仅上皮细胞的umaps。(c)颜色代码按样本原点和微卫星状态。癌症样本(MSI),红色;癌症样本(MSS),黄色;正常样本,灰色。(d)ICMS分配的癌症样品颜色代码; ICMS2(黄色),ICMS3(粉红色)或正常(蓝色),正常样品(未评分,灰色)。(f)癌症样品细胞的颜色代码。拷贝数状态异常(CNA; Orange),正常(CNN; Blue)或不适用(Na; Purple)当样本中的克隆不可分割时,样品(未得分,灰色)。(e,g)分别通过癌症样本分别汇总了ICMS和地震信息。(H)量化ICMS和UnderCNV之间的一致性呼吁,作为一个不适的情节,由患者进行了颜色编码,如所示。
最近,癌症治疗剂的一种显着方法涉及重新利用已经批准用于治疗不同疾病的药物。之所以选择这些药物,是因为它们的作用机理被很好地理解,靶向已知在肿瘤发生中被破坏的生理途径。选择重新利用的药物主要取决于该药物的预期靶标与肿瘤进展中观察到的趋势之间的联系。例如,有证据表明患有高胆固醇血症的人患结直肠癌的风险更高(2-4)。几项研究还表明,胆固醇途径与负责肿瘤发生(5-8)和转移(9,10)的致癌信号传导途径之间存在直接相关性。此外,据报道胆固醇水平升高的CRC患者经历了肝转移(11-13)。高胆固醇血症与CRC预后位置之间已建立的关联是他汀类药物作为抗癌药物的有前途的候选人。
18补充图1。通过半对准读数的软剪切引入的偏差。显示了六个读取与包含A/T变体的参考序列的比对。Bold Black T和Red A分别表示参考和替代等位基因。软剪裁由罢工表示。无软剪切,三个读数将支持参考(t)和替代(a)等位基因,从而导致无偏变体等位基因频率(VAF)为3/6 = 0.5。(a)读取R3被软剪切,直到获得参考的连续五次匹配为止。剪辑后,只有两个读数支持备用等位基因(a),而三个读取支持参考等位基因(t),导致偏置2/5 = 0.4的偏置VAF。(b)FIXVAF剪辑所有读数均按五个基础读取,无论它们是否包含变体位点还是支持参考或替代等位基因。读取支持参考等位基因和备用等位基因的读取现在被五个基部夹住。在此示例中,FIXVAF将计算2/4 = 0.5的VAF,因此消除了偏差。
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