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具有最小化脱靶效应和分子尺寸的胞嘧啶碱基编辑系统
胞嘧啶碱基编辑能够在不造成 DNA 双链断裂的情况下安装特定点突变，这对基因治疗等各种应用都有好处，但需要进一步降低脱靶风险并开发有效的递送方法。在这里，我们展示了基于结构的胞嘧啶碱基编辑系统 Target-AID 的合理工程设计，以最大限度地减少其脱靶效应和分子大小。通过密集而仔细的截断，其脱氨酶 PmCDA1 的 DNA 结合域被消除，并引入额外的突变以恢复酶功能。所得的 tCDA1EQ 在与 Cas9 的 N 端融合（AID-2S）或镶嵌结构（AID-3S）中有效，显示出最小化的 RNA 介导的编辑和 gRNA 依赖性/非依赖性的 DNA 脱靶，如在人类细胞中评估的那样。与较小的Cas9直系同源系统（SaCas9）结合，创建在AAV载体大小限制内的胞嘧啶碱基编辑系统。
2021–2024 物理学硕士学位 2017– ...
相关项目： – 量子淬灭后格点规范理论的量子模拟（https://drive.google.com/drive/u/0/folders/113pm13QIyIRPQuMZiHX-8uRdz9PXEJDf，我体验了使用 Qiskit 的工作，对量子平台的硬件能力进行了基准测试） – 在高级研究技能课程中，关于量子淬灭后的纠缠熵的信息性演讲 – 多临界性和 Yang-Lee 边缘奇点（https://drive.google.com/drive/u/0/folders/17VK53EdXmCIPo5OccIqZI4-_q3cJTXeR，我了解了临界 Ising 模型和三临界 Ising 模型的非幺正变形、截断共形空间方法） – 2D Ising 系统：复杂网络视角（ https://drive.google.com/drive/u/0/folders/1mRjI1uBjI9NZe6e5ftRw9Xu0ssCN_Ir4，我有过使用 NetworkX 的经验，使用网络度量来表征临界性）– 哈伯德模型及其原子极限（https://drive.google.com/drive/u/0/folders/13wfrKaYWZAF2HMEzj1dL_Usr_i5NJVqQ，我了解了使用运动方程方法来计算格林函数）。
CRISPR 染色体碎裂：基因治疗中 CRISPR/Cas9 诱发染色体碎裂的风险
摘要 成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR)/Cas9 核酸酶系统已经能够生成疾病模型并开发许多遗传和非遗传疾病的治疗方法。然而，大规模基因组重排的产生引发了人们对 CRISPR/Cas9 核酸酶方法临床应用的安全性担忧。在这些事件中，由于染色体截断而形成的微核和染色体桥可导致局限于一条或几条染色体的大规模基因组重排。这种被称为染色体碎裂的现象最初是在癌细胞中描述的，人们认为它是由有丝分裂过程中染色体分离缺陷或 DNA 双链断裂引起的。在这里，我们将讨论影响 CRISPR/Cas9 诱导的染色体碎裂（以下称为 CRISPR 碎裂）的因素及其结果、表征这些事件的工具以及将其最小化的策略。 关键词：基因组编辑； CRISPR/Cas9；染色体碎裂；基因治疗；基因毒性；微核；染色体不稳定性。
二维的热纯矩阵乘积状态
我们介绍了矩阵乘积状态（MP）的首次成功应用，该矩阵乘积状态（MPS）代表在整个温度范围内的两个空间维度中平衡中的热量子纯状态（TPQ）。我们将Kitaev Honeycomb模型用作主持量子自旋液体（QSL）基态的突出例子，以使用先前几乎完全使用Free Majorana Fermionic描述来瞄准两个先前已解决的特定热峰。从高温随机状态开始，我们的TPQ-MPS框架精确地再现了这些峰，这表明基于自旋的量子多体外描述仍然可以捕获Z 2量规场中的新出现的巡回Majorana fermions。截断过程有效地丢弃了高能状态，甚至达到了远程纠缠的拓扑状态，接近给定有限尺寸群集的确切基态。TPQ-MP的优点比精确的对角度或基于纯化的方法的优势是，即使在有限温度下，其数值降低的成本也来自降低的效率希尔伯特空间。
农业和生物技术-Purwati等。
生物技术应用具有基因工程方法，例如基因组编辑，以改善植物的性质，目的是提高结果的质量。CRISPR/CAS9成功地修改前所未有的精确度的基因组可能是由准确性，效率，成本效益和易用性引起的。CRISP/CAS9基因组编辑机制是通过插入，更换，去除一个或多个碱基的特定序列来操纵基因。由于基因的插入或变化，CRISPR/CAS方法会在基因组水平上具有破坏性的目标（脱离目标）之外的影响。本文讨论了CRISPR/CAS9，CRISPR/CAS9机制的开发以及在CRISPR/CAS9系统中经常发生的最小化方法。可以通过多种方式完成最小化攻击目标的方法，即：（1）SGRNA修饰与SGRNA GC含量，SGRNA长度，SGRNA长度，截断GRNA，SGRNA化学修饰，SGRNA化学修饰以及SILICO中SGRNA的修饰，（2）Cas Protein Modification和（3）CARS crispr crispr of CRRS PRERPR。
PHYSICAL REVIEW A 105, 013716 (2022) 现实...
我们描述了一种有效的数值方法，用于模拟存在失相和衰减的情况下相互作用的自旋系综的动力学。该方法基于孤立系统的离散截断维格纳近似，将自旋系综的平均场动力学与离散初始自旋值的蒙特卡罗采样相结合，以解释量子关联。在这里，我们展示了如何通过将确定性平均场演化替换为随机过程来将这种方法推广到耗散自旋系统，该过程描述了相干性和群体的衰减，同时保留了每个自旋的长度。我们展示了该技术在模拟非经典自旋压缩效应或具有 10 5 个相互作用的两级系统的腔 QED 模型的动力学和稳态中的应用。这为在现实实验室条件下对各种量子光学实验或固态自旋系综进行精确的实尺度模拟提供了可能性。
DIF
我们提出了直接的奖励微调（草稿），这是一种简单有效的方法，用于调整扩散模型，以最大程度地提高可区分的奖励功能，例如人类偏好模型的分数。我们首先表明，可以通过完整的抽样程序将奖励函数梯度进行后退，并且这样做可以在各种奖励上实现强劲的绩效，超过了基于强化学习的方法。然后，我们提出了草稿：草稿K的更多有效变体，该变体仅将反向传播截断为采样的最后K步骤，而Draft-LV则获得了k = 1时的较低差异梯度估计。我们表明，我们的方法在各种奖励功能上都很好地工作，可以用来实质上提高稳定扩散1.4产生的图像的美学质量。最后，我们在方法和先前的工作之间建立了联系，从而提供了基于基于梯度的细胞调整算法的设计空间的统一观点。
根据近似量子非破坏测量进行波形估计
随着采用压缩光的引力波探测器的出现，量子波形估计（通过量子力学探针估计时间相关信号）变得越来越重要。众所周知，量子测量的反作用限制了波形估计的精度，尽管这些限制原则上可以通过文献中的“量子非破坏”（QND）测量装置来克服。然而，严格地说，它们的实现需要无限的能量，因为它们的数学描述涉及从下方无界的哈密顿量。这就提出了一个问题，即如何用有限能量或有限维实现来近似非破坏装置。在这里，我们考虑基于“准理想时钟”的有限维波形估计装置，并表明由于近似 QND 条件而导致的估计误差随着维度的增加而缓慢减小，呈幂律。结果，我们发现用这个系统近似 QND 需要很大的能量或维数。我们认为，对于基于截断振荡器或自旋系统的设置，预计该结果也成立。
2024研讨会
结果：该研究对全球队列中HPDL相关的神经退行性疾病的自然历史进行了定量模拟，从而阐明了该疾病的分子和表型谱系，并鉴定出三个不同的患者亚组，其特征在于，以临床表型，发育轨迹和存活率的临床表型，临床表型，发育型和存活率的年龄差异显着差异。It also establishes genotype-phenotype associations, finding that presence of a predicted moderately pathogenic missense variant in at least one allele typically leads to a milder, predominantly spastic paraplegic phenotype (OR = 12.4, p < 0.0001) with later disease onset (11 years [IQR = 11] vs. 6 months [IQR = 11], p < 0.0001), whereas双重，高度致病的错义或蛋白质截断的变体与更严重的表型和预期寿命降低有关（中位生存期= 11.0岁）。
揭示推向前向生成模型的潜在空间几何
抽象的许多深层生成模型被定义为持续生成器的高斯度量的推动，例如生成的对抗网络（GAN）或变化自动编码器（VAE）。这项工作探讨了这种深层生成模型的潜在空间。这些模型的关键问题是他们在学习断开分布时在目标分布支持之外输出样本的趋势。我们研究了这些模型的性能与它们潜在空间的几何形状之间的关系。基于几何度量理论的最新发展，在潜在空间的尺寸大于模式数量的情况下，我们证明了最佳条件的最佳条件。通过对gan的实验，我们证明了我们的理论结果的有效性，并获得了对这些模型潜在空间几何形状的新见解。此外，我们提出了一种截断方法，该方法在潜在空间中强制执行简单的聚类结构并改善gan的性能。