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World File Search System扩增子
古细菌互动
元生物研究为我们对微生物及其宿主之间的相互作用以及它们的共同进化做出了重大贡献。大多数研究目前都集中在细菌群落上，而古细菌通常保留在与元素相关的研究中。在这里，我们描述了整个生命的系统发育树中总共有11种古典和新兴的多细胞模型生物的考古。为了确定每个宿主的微生物群落组成，我们利用了古细菌和细菌特异性16S rRNA基因扩增子的组合。在每个多细胞宿主中，描述了两个原核生物领域的成员。此外，确定了针对海洋模型的细菌和古细菌群落之间的特定宿主和可能的相互作用伙伴的关联。我们的数据表明，海洋中的考古宿主主要由硝基脂肪科和纳米章，这代表了Porifera中的Keystone分类单元。陆地宿主中的考古存在差异很大。关于大量的古细菌分类单元，它们在水生环境中具有更高比例的甲烷藻。我们发现，古细菌社区的多样性要比其细菌的多样性要少得多。古细胞扩增子序列变体通常是宿主特异性的，表明通过与宿主共进化来适应。我们的数据显示了很大的比例虽然水生细菌的丰富度比陆地宿主高，但在古细菌数据集中无法观察到这些群体之间的多样性和丰富性的显着差异。
丰富的植物生长 - 促进促进和生物 -
土壤维持生物生产力的潜力（被定义为土壤健康）受到人类活动（例如农业）的强烈影响。因此，必须找到土壤管理的可持续农业和新方法，这些新方法必须找到土壤健康和作物产量。使用微生物接种剂的生物铜质化成为了常规干预措施（例如过量矿物质受精和除草剂使用）的有希望的替代方法。用作生物动力农业的中心部分的生物动力制剂对土壤特性（例如微生物生物量和呼吸）具有各种影响。我们进行了几个生物标志物实验，以推断生物动力制剂对土壤原核和真菌群落的影响，并将结果与有机管理进行了比较。潜在的植物生长促进扩增子序列变体使用基于其分类学身份的商业数据库进行定量。我们发现，与有机处理的土壤相比，在生物动力学中促进了假定的植物生长数量更高。此外，在生物动力学的土壤中发现了富含生物动力学制剂的核肿瘤扩增子序列变体，表明治疗后成功定植。在德国的三个地点和法国的21个地点进行了实验，涵盖了不同的农作物和土壤类型。总的来说，我们的结果表明，生物动力制剂可以充当生物肥料，从而通过增加植物生长促进微生物的丰富度来促进土壤健康。
腺相关病毒载体的表征
60- 61 图 1.6：AAV8 X 预测的失活基因同源物。62 图 1.7：重组 AAV 包装系统。66 图 1.8：AAV REP 结合位点。83 图 3.1：纯化 AAV 中污染物序列的扩增。105 图 3.2：AAV 污染物扩增子的 DNASE 抗性。106 图 3.3：污染物研究中使用的重组 AAV 包装系统的 REP 结合位点位置。
合成SGRNA套件 - Net
请访问Synthego.com/Resources找到建议的转染协议。步骤4：分析敲除效率合成的推断CRISPR编辑（ICE）是一种免费的在线工具，可简单地使用Sanger序列数据对基因组编辑进行易于定量评估。该软件比较了从编辑和未编辑的细胞库中分离出的基因组DNA产生的扩增子的序列轨迹。该工具可在Ice.synthego.com上找到。基因组DNA制备，冰分析和克隆分离的方案可在Synthego.com/resources上获得。
8825医疗单
Sequencing Method: in-house Genotypic antiretroviral resistance testingof HIV using Sanger sequencing (V7270) Nucleic acid extraction: BioMérieux EasyMag automated platform, with NucliSENS extraction reagents (as per manufacturer's instructions) Amplification: Bio-RAD Dyad DNA engine thermal cycler Gel electrophoresis and PCR cleanup using ThermoFisher exoSap-it（V7255）扩增子的定量：热泡量QUBIT 2.0荧光计（V7064）为抗病毒抗性测试（V7256）核酸序列数据制备Sanger测序反应
BioXp® Select DNA 克隆试剂盒、Golden Gate 组装体...
图 1. BioXp 上的 Golden Gate 组装。Golden Gate 组装概览。要克隆的插入 DNA 带有侧翼 GG 酶识别位点（BsaI 和/或 BsmBI），可以作为合成基因片段或 PCR 扩增子（1A）和（1B）或预克隆载体格式（1C）获取。用户可以输入任何具有兼容 GG 突出端（以粉色和紫色显示）的所需目标载体（2）。用户在 BioXp 3250 上输入 96 孔板和 GG 克隆条（4）。GG 克隆产品在 BioXp 运行后作为输出交付（5）。
开发了纳米孔测序策略，用于检测突变，在金黄色葡萄球菌菌株中赋予万古霉素中间耐药性
摘要金黄色葡萄球菌是菌血症和其他医院感染的主要原因。细胞壁活性抗生素万古霉素通常用于治疗耐甲氧西林（MRSA）和敏感（MSSA）感染。万古霉素中间的金黄色葡萄球菌（Visa）变体可以通过从头突变产生。在这里，我们进行了试点实验，以开发一种基于PCR/长阅读测序的合并的方法，用于检测先前已知的签证突变。引物旨在生成10个含量涵盖与签证表型相关的16个基因。我们对牛津纳米孔衔接子的读数长期读取，我们对据和and go骨流通量进行了测序。然后，我们通过映射读取读取的父母共识或已知参考序列，并比较称为变体与实验室选择中已知签证突变的数据库进行了比较。池中的每个扩增子被测序为高（。1,000）覆盖范围，并且在扩增子长度和覆盖范围之间未发现任何关系。我们还能够检测到因果突变（步行646c。g）在源自USA300菌株的签证突变体中（来自父母菌株N384的N384-3）。将突变体（N384-3）和父母（N384）DNA从0到1个突变体以不同的比例（N384）DNA表明平均次要等位基因频率（6.5％）的突变检测阈值在95％侧置（两个标准的差异高于平均突变频率高于平均值的频率））。该研究奠定了直接的金黄色葡萄球菌抗生素抗生素基因型基因型推断，并使用临床样品的快速纳米孔测序。
GREPore-seq：通过长距离 PCR 和纳米孔测序检测基因编辑后变化的强大工作流程
为了充分发挥基因编辑技术在临床治疗中的巨大潜力，需要彻底评估靶向编辑和非预期编辑的后果。然而，目前缺乏一种全面、流水线化、大规模且经济的工作流程来检测基因组编辑结果，特别是插入或删除大片段。在这里，我们描述了一种通过对条形码长距离 PCR 产物进行纳米孔池测序来有效准确地检测 CRISPR-Cas9 编辑后的多个基因变化的方法。为了克服纳米孔测序的高错误率和插入缺失，我们开发了一种流程，通过对纳米孔扩增子测序 (GREPore-seq) 的读取进行 grepping 来捕获条形码序列。GREPore-seq 可以检测 NHEJ 介导的双链寡脱氧核苷酸 (dsODN) 插入，其准确度与 Illumina 下一代测序 (NGS) 相当。GREPore-seq 还可以识别 HDR 介导的大基因敲入，这与 FACS 分析数据高度相关。还检测到了 HDR 编辑后的低水平质粒骨架插入。我们建立了一个实用的工作流程来识别遗传变化，包括量化 dsODN 插入、敲入、质粒骨架插入和 CRISPR 编辑后的大片段缺失。该工具包用于对汇集的长扩增子进行纳米孔测序，在评估靶向 HDR 编辑和超过 1 kb 的意外大插入缺失方面应具有广泛的应用。GREPore-seq 可在 GitHub 上免费获取（https://github.com/lisiang/GREPore-seq）。
DNA 超声逆向 PCR 用于基因组规模分析未知侧翼序列
图 1 超声逆向 PCR (SIP) 的可视化表示。图中使用的缩写包括 KoRV — 考拉逆转录病毒、LTR — 长末端重复、pol — 聚合酶基因。 (a) 整合到考拉基因组 DNA 中的 KoRV 原病毒以典型的 LTR 区域 (绿色框) 和逆转录病毒基因 (蓝色框) 两侧的形式显示。注意：为简单起见，仅以图表形式表示 pol 基因 (红色框) 的大致位置。 (b) 使用超声处理将考拉基因组 DNA 碎裂成平均长度为 2-7 kb 的片段。然后对碎裂的 DNA 进行平端修复和磷酸化 (未显示)。 (c) 随后将样品分成两部分：非适配器组 (c1) 和适配器组 (c2)。非接头组在环化之前未进行任何修改，而接头组在 DNA 分子的两端连接有相同的接头序列（黄色框），用于辅助解释环化和扩增后的倒置扩增子序列。（d）接头组和非接头组均环化，从而产生环状 DNA 模板。（e）环状 DNA 模板用两组针对 KoRV 的 pol 和 LTR 区域的引物进行扩增。没有这些引物结合位点的环状模板不会扩增。（f）扩增和测序产物被倒置，引物结合位点位于扩增子的侧翼。产生了两种主要类型的 PCR 产物：（i）由 LTR 引物扩增的 PCR 产物和（ii）由 pol 引物扩增的 PCR 产物
Bio-Scan V2：基于CRISPR/ DCAS9的横向流量测定... div>
需要快速，特定和可靠的诊断策略来开发用于小分子检测的敏感生物传感器，这可能有助于控制污染和疾病传播。最近，利用了目标诱导的CAS核酸酶的侧支活性[定期插入的短篇小语重复序列（CRISPR）相关的核酸酶]来开发用于检测核酸和小分子的高吞吐量诊断模块。在这里，我们通过开发Bio-Scan V2来扩展CRISPR-CAS系统的诊断能力，这是一个用于检测非核酸小分子靶标的配体反应性CRISPR-CAS平台。生物扫描V2由工程化的配体反应SGRNA（LIGRNA），生物素化死亡CAS9（DCAS9- Biotin），6-羧基流氟氨基酶（FAM） - 标记的扩增子和侧面流量测定（LFA）strips。ligrna仅在sgrna-特异性配体分子的存在下与DCAS9-biotin相互作用以形成核糖核蛋白（RNP）。接下来，将配体诱导的核糖核蛋白暴露于被标记的扩增子进行结合，并检测到配体（小分子）的存在为视觉信号[（DCAS9-biotin） - ligrna-fam-fam标记的DNA-aunp Complection]在侧面效果的测试线上。使用Bio-Scan V2平台，我们能够在短时间内以高达2μm的检测限（LOD）检测模型分子Theophiphline，只需15分钟即可从样本应用到视觉读数。在一起，生物扫描V2分析为茶碱提供了快速，特定和超敏感的检测平台。