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World File Search System组蛋白
2025; 16(5): 1575-1590. doi: 10.7150/jca.103243 评论 组蛋白甲基化作为口腔鳞状细胞癌新靶点的分子见解：
口腔鳞状细胞癌 (OSCC) 是影响口腔的最常见恶性上皮肿瘤类型。长期以来，它一直是许多国家关注的重大健康问题，因为它通常通过手术、放疗和/或化疗进行治疗。耐药性是患者群体和科学研究中的主要问题，它促进了 OSCC 肿瘤细胞的侵袭和迁移。因此，确定高度特异性的治疗靶点可能是更成功治疗 OSCC 的潜在方法。由于口腔癌的临床病理参数高度多样化，因此了解其遗传原因仍然具有挑战性。重要的是要记住，影响染色质可及性的信号通道和复合物控制基因表达，进而影响细胞发育和分化。组蛋白经历翻译后改变以提供这个平台。了解通过组蛋白甲基化及其修饰进行的基因调控过程可以增强 OSCC 的早期检测、预后预测和治疗。为了正确用作治疗靶点，OSCC 中的组蛋白甲基化需要进一步研究。本综述详细介绍了与 OSCC 的发展和病因相关的组蛋白甲基化失调和修饰酶。此外，还研究了赖氨酸甲基化在细胞迁移、化学抗性和 OSCC 侵袭中的作用。
从组蛋白“改变”到耐药性和治疗
恶性黑色素瘤是最致命的皮肤癌。它起源于黑色素细胞，也可能出现在身体的其他部位。早期诊断和适当的医疗护理可为患者提供良好的预后，超过 95% 的患者可获得长达 5 年的生存率。然而，转移性黑色素瘤患者的长期生存率仅为 5%。事实上，恶性黑色素瘤以其对大多数当前疗法的强烈抵抗而闻名，其特征是遗传和表观遗传变异。在皮肤黑色素瘤 (CM) 中，遗传变异与耐药性有关，但这种耐药性的主要原因似乎是非遗传性的，细胞亚群中的转录程序发生了变化。这种变化可以适应并逃避靶向治疗和免疫治疗的细胞毒性作用，从而导致复发。由于表观遗传变化本质上是可逆的，因此它们越来越成为癌症研究的焦点，旨在通过当前疗法预防或逆转耐药性。因此，表观遗传治疗领域是临床前和临床研究最活跃的领域之一，许多类别的表观遗传药物的效果正在接受研究。本文，我们回顾了多种表观遗传改变，主要是皮肤和葡萄膜黑色素瘤中的组蛋白改变和染色质重塑，为该领域的进一步研究提供了机会，并提供了专门控制这些改变的线索。我们还讨论了如何利用表观遗传失调为患者带来临床益处，这些疗法的局限性，以及通过组合表观遗传和传统治疗方法探索这种潜力的最新数据。
通过 Quisinostat-组蛋白 H1.0 轴选择性抑制癌细胞自我更新
癌症的持续生长是由自我更新的恶性细胞亚群所驱动的。通过抑制干细胞相关信号通路来靶向不受控制的自我更新已被证明具有挑战性。在这里，我们表明可以通过干扰癌细胞的表观遗传状态来选择性地剥夺癌细胞的自我更新能力。组蛋白 H1.0 是一种抑制多种癌症类型癌细胞自我更新的肿瘤抑制因子，临床上耐受性良好的化合物 Quisinostat 可以广泛诱导其重新表达。通过 H1.0，Quisinostat 可抑制癌细胞自我更新并停止肿瘤维持，而不会影响正常的干细胞功能。Quisinostat 还可以阻碍靶向治疗后存活的细胞的扩增，与癌症类型和耐药机制无关，并抑制肺癌小鼠模型中的疾病复发。我们的结果表明 H1.0 是 Quisinostat 抗肿瘤作用的主要介质，并表明靶向治疗和 Quisinostat 的序贯给药可能是一种广泛适用的策略，可以诱导患者的长期反应。
“领养组织”计划推动了识别马组织特异性组蛋白标记的努力
马遗传学和基因组学研究界有着长期的协同合作历史，致力于开发工具和资源来推动马生物学的发展。从 1995 年由 Dorothy Russell Havemeyer 基金会支持举办的第一届国际马基因图谱研讨会 ( Bailey, 2010 ) 开始，研究人员合作构建了全面的马连锁图谱 ( Guérin 等人, 1999, 2003; Penedo 等人, 2005; Swinburne 等人, 2006 )、辐射杂交和比较图谱 ( Caetano 等人, 1999; Chowdhary 等人, 2002 )、物理标记和 BAC 重叠群图谱 ( Raudsepp 等人, 2004, 2008; Leeb 等人, 2006 )、马的参考基因组 ( Wade 等人, 2009; Kalbfleisch 等人, 2018 ) 和基因分型阵列，以经济地绘制和研究马感兴趣的性状主人和饲养者（McCue 等人，2012 年；McCoy 和 McCue，2014 年；Schaefer 等人，2017 年）。为了延续基于社区的进步的传统，作为国际动物基因组功能注释 (FAANG) 联盟的一部分，一项新的集体努力于 2015 年启动，旨在对马的 DNA 元素进行功能注释（Andersson 等人，2015 年；Tuggle 等人，2016 年；Burns 等人，2018 年）。让人想起人类和小鼠的 ENCODE 项目（Dunham 等人，2012 年），FAANG 联盟的最终目标是注释家养动物物种基因组中的主要功能元素（Andersson 等人，2015 年）。具体来说，该联盟选择了四种组蛋白修饰来表征增强子（H3K4me1）、启动子和转录起始位点（H3K4me3）、具有活性调控元件的开放染色质（H3K27ac）和具有无法接近或受抑制的调控元件的兼性异染色质（H3K27me3）的基因组位置（Andersson 等人，2015；Giuuffra 和 Tuggle，2019）。最初的马 FAANG 努力通过对四个目标组蛋白标记进行染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq），在八个优先关注的组织（TOI）中确定了假定的调控区域（Kingsley 等人，2020）。在该研究中，整个马基因组中表征了超过一百万个假定的调控位点。马生物库中储存了 80 多种组织、细胞系和体液（Burns 等人，2018 年），因此有更多机会扩大注释工作的范围。为了充分利用生物库的优势，合作赞助
Müller等。 - Aurora -A通过CDK12 1 阻止TRC JAX动物行为系统（JABS） 混合猪中等位基因特异性调节变化的多摩尼克表征1 质膜修复需要Septin细胞骨架 RNA-Seq基因融合检测工具的荟萃分析 量表，新颖壁ches的高分辨率微生物分析 壳聚糖金纳米颗粒基于敏感的视觉检测组氨酸标记的重组蛋白 强化学习和工作记忆系统的双重过程障碍是生理焦虑中学习缺陷的基础 合成PPR蛋白的翻译激活阐明了拟南芥叶绿体中PSBA翻译的控制 在某些选定的白色念珠菌基因中对镜面重复序列的内部评估 生成人工智能执行基本的结构生物学建模 研究了模拟的两组分凝胶系统的组织再生 动物和机器人建模和模拟框架
预印本（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。该版本的版权持有人于2025年1月19日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.15.633177 doi：biorxiv preprint
基于机理的抑制组蛋白脱乙酰基酶6通过硒氰酸酯受到氧化还原调节的约束
预印本（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此版本的版权持有人于2025年1月15日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.14.632953 doi：biorxiv Preprint
DNA 自发缠绕组蛋白核心更倾向于负超螺旋：布朗动力学研究
在真核生物中，DNA主要通过缠绕组蛋白核心而获得高度紧凑的结构。DNA自然缠绕在组蛋白核心周围形成1.7个左手超螺旋，导致染色质中形成负超螺旋。在转录过程中，在聚合酶后方产生的负超螺旋可能在触发核小体重组中发挥作用。为了阐明超螺旋如何影响DNA缠绕组蛋白核心的动力学，我们开发了一个新模型来模拟DNA和组蛋白之间复杂的相互作用。我们的模拟表明，正超螺旋和负超螺旋DNA都能够缠绕在组蛋白核心周围以采用核小体构象。值得注意的是，我们的研究结果证实了在核小体缠绕过程中对负超螺旋DNA的强烈偏好，并且揭示了负超螺旋的旋转和扭曲都有利于缠绕组蛋白的DNA的形成。此外，对同一 DNA 模板上的多个核小体的模拟表明，核小体倾向于在原始核小体附近组装。这一对核小体自发形成的理解进展可能有助于深入了解染色质组装的复杂动力学以及控制染色质结构和功能的基本机制。
组蛋白脱乙酰基酶抑制givinostat
肌肉修复和再生是复杂的过程。在Duchenne肌肉营养不良（DMD）中，这些过程被功能性肌营养不良蛋白的丧失所破坏，功能性肌营养不良蛋白是跨膜肌营养不良蛋白相关的糖蛋白复合物的关键部分，使肌肉稳定，使肌肉稳定，使肌肉逐渐逐渐丧生，并逐渐丧生，并置于误解，并逐渐陷入困境。作为DMD病理学的一部分，组蛋白脱乙酰基酶（HDAC）活性被组成率提高，从而导致表观遗传变化和抑制肌肉再生因子，慢性炎症，纤维化，脂肪形成和脂肪形成。HDAC抑制作用，作为一种肌肉营养不良的治疗方法，显着地，它独立于特定的遗传突变，使其可能适合所有DMD患者。本综述讨论了HDAC抑制如何以多目标的作用方式解决DMD病理生理学，并总结了有关HDAC抑制基本原理的最新证据，该基本原理用Givinostat抑制HDAC的原理，该抑制作用现已在6岁及6岁以上的患者中批准美国食品和药物治疗DMD的美国食品和药物治疗。
H3K4-H3K9组蛋白甲基化模式和肿瘤发育网络作为小儿高级神经胶质瘤中细胞命运决定的驱动因素
3 Oxford Immune Algorithmics, Reading, UK ABSTRACT This study employs systems medicine approaches, including complex networks and machine learning- driven discovery, to identify key biomarkers governing phenotypic plasticity in pediatric high-grade gliomas (pHGGs), namely, IDHWT glioblastoma and H3K27M diffuse intrinsic pontine glioma (DIPG).通过整合单细胞转录组学和组蛋白质量细胞术数据，我们将这些侵略性肿瘤概念化为复杂的自适应生态系统，该系统由被劫持的oncofetal发育程序和病理吸引力动力学驱动。Our analysis predicts lineage-plasticity markers, including KDM5B (JARID1B), ARID5B, GATA2/6, WNT, TGFβ, NOTCH, CAMK2D, ATF3, DOCK7, FOXO1/3, FOXA2, ASCL4, PRDM9, METTL5/8, RAP1B, CD99, RLIM, TERF1, and LAPTM5, as drivers of细胞命运控制论。此外，我们确定了内源性生物电特征，包括Grik3，Grin3，Slc5a9，Nkain4和KCNJ4/6，是潜在的重编程靶标。此外，我们验证了先前发现的可塑性基因，例如PDGFRA，EGFR靶标，OLIG1/2，FXYD5/6，MTSSS1，SEZ6L，MTRN2L1和SOX11，证实了我们复杂系统方法的鲁棒性。此系统肿瘤学框架为精确医学提供了有前途的途径，通过指导由单细胞多摩学告知的组合疗法来优化患者的结果，并以PHGG表型可塑性为治疗性脆弱性。此外，我们的发现表明肿瘤表型可塑性（即过渡疗法）和PHGG生态系统中疾病的表观遗传重编程性能朝向稳定的，转分化的状态。因此，了解关键字：小儿神经胶质瘤；表型可塑性；癌症多组学；数据科学；系统医学；精度肿瘤学。引言小儿高级神经胶质瘤（PHGGS）代表致命疾病，没有任何精确诊断，有效的治疗或预防（Swanton等，2024）。这些侵略性肿瘤破坏了发育过程和组织稳态，导致形态发生，对治疗的抵抗力和免疫逃避（Senft等，2017; Jessa等，2019）。对其病理学的中心是表型可塑性 - 细胞在谱系身份之间适应响应微环境压力的能力。This plasticity arises from epigenetic dysregulation, such as oncohistone mutations like H3K27M (H3F3A) and driver mutations like TP53, ACVR1, etc., which destabilize chromatin structure, trapping cells in metastable, multipotent states and impairing their differentiation hierarchy (Shpargel et al., 2014; Paugh et al., 2011; Jessa et al., 2019）。实际上，这些塑料状态促进了肿瘤的进展和耐药性作为新兴行为，从而创造了不稳定的生态系统。
晚期皮肤黑色素瘤治疗及其机制综述，从免疫疗法到赖氨酸组蛋白甲基转移酶抑制剂
摘要：晚期皮肤黑色素瘤被认为是最具侵袭性的皮肤癌类型，治疗反应率各不相同。目前，有几类免疫疗法和靶向疗法可用于治疗。免疫疗法可以通过触发宿主的免疫系统来抑制肿瘤生长及其复发，而靶向疗法则抑制特定分子或信号通路。然而，黑色素瘤对这些治疗的反应高度异质性，患者可能会产生耐药性。表观基因组学（DNA/组蛋白修饰）有助于癌症的发生和发展。表观遗传改变分为四个基因表达调控水平：DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑和非编码RNA调控。赖氨酸甲基转移酶的失调与肿瘤的发生、侵袭、转移的发展、免疫微环境的变化和耐药性有关。赖氨酸组蛋白甲基转移酶 (KMT) 和烟酰胺 N-甲基转移酶 (NNMT) 抑制剂的研究对于理解癌症表观遗传机制和生物过程非常重要。除了免疫疗法和靶向疗法之外，KMT 和 NNMT 抑制剂的研究和开发也在进行中。许多研究正在探索这些化合物的治疗意义和可能的副作用，以及它们对目前已获批准的疗法的辅助潜力。重要的是，与任何药物开发一样，安全性、有效性和特异性是开发用于临床应用的甲基转移酶抑制剂时的关键考虑因素。因此，这篇综述文章介绍了最近可用的疗法和正在开发的用于晚期皮肤黑色素瘤治疗的疗法。