2. 加入 150 ml ZymoPURE ™ P2(蓝色),立即轻轻颠倒试管 6 次混匀。不要涡旋!室温下放置 3-5 分钟 3。当溶液呈清澈、紫色且粘稠时,表示细胞完全裂解。 3. 加入 150 ml ZymoPURE ™ P3(黄色),轻轻颠倒试管但彻底混匀。不要涡旋!样品完全变黄后再颠倒试管 5 次。中和完成时,样品将变黄,并形成淡黄色沉淀。 4. 将 ZymoPURE ™ Giga Filter 放在 33 mm 或 45 mm 颈玻璃瓶上,并将裂解物装入 ZymoPURE ™ Giga Filter 中。确保 ZymoPURE ™ Giga Filter 牢固地放在玻璃瓶顶部,等待 10 分钟让沉淀浮到顶部。 5. 将 ZymoPURE ™ Giga 过滤器连接到真空源并打开真空 4 直到回收约 375 ml 澄清的裂解物。保存澄清的裂解物!从千兆过滤器中回收约 375 ml 的裂解物对于下一步至关重要。如果澄清的裂解物体积低于约 375 ml,请参阅附录第 10 页有关调整步骤 6 中使用的 ZymoPURE™ 结合缓冲液体积的信息。
NucleoMag ® 质粒程序利用改良的碱性裂解方案,并在适当的缓冲条件下将核酸可逆地吸附到顺磁珠上。沉淀的细菌在缓冲液 A1 中重新悬浮。通过裂解缓冲液 A2 从细胞中释放质粒 DNA,随后使用缓冲液 S3 中和并沉淀裂解物。粗裂解物可以通过离心或使用 NucleoMag ® 清除珠(专门用于裂解物清除的顺磁珠)来清除。为了将核酸与顺磁珠结合,将结合缓冲液 PAB 和 NucleoMag ® M-Beads 添加到清除的裂解物中。磁分离后,通过专利解毒缓冲液 ERB 去除内毒素和蛋白质。使用洗涤缓冲液 AQ 和风干去除其他污染物(如盐或残留乙醇)。纯质粒 DNA 用低盐洗脱缓冲液或水洗脱,可用于任何常见的下游应用,包括转染(仅供研究使用)。NucleoMag ® 质粒试剂盒专为在自动磁棒系统上使用而设计。
dnazol Direct(美国专利7,727,718)的组成和程序是基于使用含有聚乙烯乙二醇和其他添加剂的碱性溶液。dnazol直接有效地直接裂解生物样品,将DNA释放到裂解物中。DNAZOL的碱性pH和Chaotropic特性的综合作用足以充分失活PCR抑制剂,包括蛋白酶和核酸降解酶。处理DNAZOL直接的样品后,将DNA变性为单链形式,RNA被水解,蛋白质是变性并部分水解的。由于其独特的成分,Dnazol Direct裂解物在使用PCR之前不需要中和。含有少于10%裂解物的PCR混合物的pH值在PCR的有效范围内。
无细胞的系统可以通过绕过与使用活细胞使用相关的麻烦需求来加快生物制造过程的设计和实施。尤其是,缺乏生存目标和无细胞反应的开放性质提供了工程方法,可以有目的的代谢通量方向。与基于细胞的对应物相比,使用基于裂解物的系统生产所需的小分子可能会导致竞争性滴度和生产力。但是,内源裂解物代谢中的路径串扰可以通过将碳流从所需的产物中转移而损害转化率。在这里,“基础 - 灌注 - 刷子”的常规代谢工程概念适应了一种无细胞的方法,可有效地将碳流从葡萄糖和内源性乙醇合成中引导。该方法很容易适应,相对较快,可以操纵细胞提取物中的中央代谢。在实施这种方法时,首先优化了块策略,从而使选择性酶从裂解物中去除到消除副产物形成活性的点,同时通过目标途径引导通量。这与无细胞的代谢工程方法相辅相成,这些方法可以操纵裂解物蛋白质组和反应环境,从而穿过瓶颈并向乙醇拉动通量。纳入这些块,推动和拉动策略的方法最大程度地提高了葡萄糖到乙醇的转化率,而大肠杆菌裂解物的乙醇裂解液则具有低乙醇的潜力。显示出10倍的提高百分比。据我们所知,这是成功重新布线溶液碳通量而没有源应变优化的第一份报告,并将消耗的输入底物完全转化为基于裂解物的无单元格系统中所需的输出产品。
NORGEN的纯化技术纯化基于自旋色谱柱色谱法。DNA优先从其他细胞成分(例如蛋白质)中纯化,而无需使用苯酚或氯仿。该过程涉及用液氮(或替代均质化设备)在砂浆中磨碎植物组织。裂解缓冲液L和RNase A,然后在65°C处进行短孵育,接下来,结合缓冲液I将添加到裂解物中,然后在冰上进行另一个短孵育。然后通过提供的过滤柱旋转裂解物,以清除任何碎屑。然后将乙醇添加到澄清的裂解物中,并将溶液加载到自旋柱上。Norgen的树脂以取决于离子浓度的方式结合核酸,因此只有DNA才能与色谱柱结合,而大多数RNA和蛋白质在流潮中除去。然后用提供的溶液WN洗涤结合的DNA并洗涤溶液A以去除剩余的杂质,并用洗脱缓冲液洗脱纯化的总DNA。纯化的DNA具有最高的完整性,可用于许多下游应用。
图2:来自12个样品的肝DNA浓度。裂解物。1-12的平均A 260 /A 280为1.90。
为了分析相关分子的磷酸化/活化模式,用 YHO-1701 和/或伊马替尼、奥希替尼或阿来替尼处理癌细胞 24 小时;然后,使用含有蛋白酶和磷酸酶抑制剂(Nacalai Tesque, Inc.,日本京都)的 RIPA 缓冲液裂解癌细胞。使用 BCA 蛋白质测定试剂盒(Pierce Chemical Co.,伊利诺伊州罗克福德)测定裂解物浓度,并根据蛋白质负荷进行标准化。然后在 SDS 聚丙烯酰胺凝胶电泳凝胶上分离裂解物,并转移到聚偏氟乙烯膜上。用一抗在 4 °C 下处理膜过夜。使用辣根过氧化物酶偶联的二抗检测蛋白质