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DEPMAP：癌症依赖图数据包
描述DepMap软件包是一个数据包，该数据包使用Broad Institute DepMap Cancer依赖性研究使用实验室。可用的数据集可用，包括RNAi和CRISPR-CAS9基因敲除筛查量量化精选癌细胞系的遗传依赖性。其他数据集也可用于与选择细胞系的基因的日志拷贝数，通过反相蛋白质裂解的蛋白质表达，通过反相裂解的蛋白质裂解物微阵列（RPPA），“百万到百万）（TPM）数据（TPM）数据，以及包含元数据和突变的补充数据集，并在当前释放中发现了其他数据集。19Q3释放添加了Drug_Depentency数据集，该数据集包含有关药物和药物候选化合物的癌细胞系依赖数据。20Q2释放添加了蛋白质组学数据集，该数据集包含通过质谱法对蛋白质进行定量分析。该软件包将每季度更新，以合并最新的广泛研究所的公共癌症依赖性数据集。该软件包中提供的所有数据都是由Broad Institute DepMap生成的，用于研究目的，而不是用于临床使用。此数据根据创意共享许可（属性4.0国际（CC By 4.0））分发。
细菌免疫疗法在减少儿童复发性上呼吸道感染方面非常有效：一项前瞻性观察性研究
抽象目的虽然免疫疗法是一种有吸引力的选择，因为它可以减轻经常性小儿呼吸道感染的负担（RTI），但就其有效性提供了有限的证据，并要求进行更多的研究以更好地了解这种治疗方式。方法我们进行了一项前瞻性队列研究，涉及57名受试者，以评估安全和有效性的3个月治疗方案，即典型或患者特异性细菌裂解物的3个月治疗方案可能会减少具有复发性发作历史的0至11岁儿童的RTI数量。进行了6个月的随访后，RTI和学校缺勤次数的数量急剧下降，显着下降了，从调整的平均值（标准误差）（0.6（0.04）插曲/月（0.1（0.03）发作至0.1（0.03）情节/月/月每月74.7％（74.7％）（74.7％的降低，P <0.001），调整后的平均分数为4.6（1.6（1.6（1.0）。 p <0.001）。症状的严重程度也显着下降。未观察到不良反应。结论研究产品的使用与儿童复发性RTI的风险降低有关，其安全性非常有利，需要在随机临床试验中进一步研究。
化学蛋白质组学揭示 USP5（泛素羧基...
摘要：基于质谱的有限蛋白水解化学蛋白质组学方法已成为识别和分析小分子 (SM) 与其蛋白质靶标之间相互作用的有力工具。Gracilioether A (GeA) 是一种从海绵中分离出来的聚酮化合物，我们旨在利用这种策略追踪其相互作用组。DARTS（药物亲和力响应靶标稳定性）和 t-LiP-MS（靶向有限蛋白水解质谱）代表了本研究中使用的主要技术。DARTS 应用于 HeLa 细胞裂解物以识别 GeA 靶蛋白，并使用 t-LiP-MS 研究蛋白质与 GeA 结合的区域。通过使用表面等离子体共振 (SPR) 的结合研究和计算机分子对接实验，结果得到了补充。泛素羧基末端水解酶 5 (USP5) 被确定为 GeA 的一个有希望的靶点，并解释了 USP5-GeA 复合物的相互作用特征。USP5 是一种参与蛋白质代谢途径的酶，通过将降解蛋白质上的多泛素链分解为泛素单体。这种活性与不同的细胞功能有关，包括染色质结构和受体的维持、异常蛋白质的降解和致癌进展。在此基础上，这些结构信息为后续研究开辟了道路，重点是确定 Gracilioether A 的生物学潜力以及基于新结构骨架合理开发新型 USP5 抑制剂。
phi29 样 Microbacterium foliorum podovirus 噬菌体的完整基因组序列 PineapplePizza
使用氯化锌沉淀法（7）从高滴度裂解物中提取 DNA，使用 NEBNext Ultra II 试剂盒（New England Biolabs，马萨诸塞州伊普斯威奇）制备用于测序，并使用匹兹堡噬菌体研究所（宾夕法尼亚州匹兹堡）的 Illumina MiSeq 仪器（v3 试剂）进行测序。对总共 1,056,847 个单端 150 bp 读数进行 9,214 倍覆盖度的测序。分别使用 Newbler v2.9 和 Consed v29.0 进行组装和质量控制检查（8, 9）。PineapplePizza 的基因组有 16,662 个碱基对，G + C 含量为 53.6%。没有测序读数超出基因组末端，基因组末端的 101 bp 反向重复与共价结合的末端蛋白一致，如 phi29（10）。使用 NCBI BLASTn (11) 进行全基因组比对，结果显示与其他 Microbacterium 噬菌体无显著的核苷酸序列相似性，PineapplePizza 被归类为单一基因。使用 Glimmer v3.02 (12) 和 GeneMark v2.5 (13) 自动注释 PineapplePizza 的基因组，然后使用 Phamerator (14)、DNA Master v5.23.6 ( http://phagesdb.org/DNAMaster/ )、PECAAN、BLAST (11) 和 HHPred (15) 手动细化。Aragorn v1.2.38 (16) 或 tRNAscan-SE v2.0 (17) 未鉴定出 tRNA 基因。所有分析均使用默认设置进行。
forprepreptm质粒提取MIDI套件用户手册
7。加入8毫升冰冷的PM3缓冲液，并通过将管反转10到15次中和裂解物，立即混合。（不要涡旋！）- 注：•确保培养细胞的密度最佳，缓冲液体积（PM1，PM2，PM3）应与培养体积成比例地增加。（ex。培养体积，60〜120 ml：PM1，8 ml; PM2，8毫升; PM3，8 ml培养体积，120〜240 ml：PM1，16 ml; PM2，16毫升； PM3，16毫升）•处理120〜240 ml细菌时，需要额外的PM1，PM2和PM3的缓冲液体积时，可以单独购买缓冲液。•确保将细胞颗粒完全悬浮在缓冲液PM1中。•添加缓冲液PM2和缓冲液PM3后，完全混合样品混合物。通过离心8。在4°C下以≥5,000xg的距离离心20分钟。（最好在4°C下以15,000〜20,000 xg离心15分钟）。- 如果上清液仍包含悬浮物，则将上清液转移到干净的离心管上，然后重复此离心步骤。质粒的结合9。将上清液从步骤8传递到平衡的PM MIDI列。让其通过重力流动到PM MIDI柱并丢弃滤液。WASH PM MIDI第10列。通过施加12.5 mL PW缓冲液洗涤PM MIDI柱。允许PW缓冲液通过重力流量流经PM MIDI柱并丢弃滤液。
Piezo1激活增加了治疗性...
图1。使用不同培养方法的EV产生具有不同的特征（A）在2D，3D和MSC的HS培养物的条件培养基中，进行了六个独立实验。bars代表五个独立重复的结果（*** p <0.001，** p <0.01）（b）主成分分析（PCA）的MSCS细胞的蛋白质组学数据和EV从2D，3D和HS中分离的MSC分离的EV，分析了三个独立的样品。（c）Venn图描绘了从2d 3D和HS中从MSC分离的EV中显着表达的蛋白质独特或剪切应力。（d）在2D，3D和HS中从MSC分离的EV中差异表达的剪切应力相关蛋白的数量。（E）在2D，3D和HS中从MSC分离的MSC和EV的细胞裂解物（Cl）中CD63的表达水平。Bars represent results from three independent replicates (* p < 0.05) (F Expression of Piezo1 protein in cell lysate (CL) of MSCs and EVs isolated from MSCs in 2D, 3D and HS Bars represent results from three independent replicates (* p < 0.05) (G) Western blot analysis o tetraspanin EV markers (CD63, CD9, CD81) in 3D and HS cultures, with no群体之间的可观察差异（h）MSC中的压电1和B-肌动蛋白表达的蛋白质印迹分析。
多路复用时分辨荧光共振能量转移超高通量筛选测定法，用于靶向SMAD4 – SMAD3 – DNA复合物
转化的生长因子-BETA（TGFβ）信号通路在建立免疫抑制性肿瘤微环境中起着至关重要的作用，使抗TGFβ剂成为癌症免疫疗法的重要领域。然而，针对上游细胞因子和受体的当前抗TGFβ药物的临床翻译仍然具有挑战性。因此，小分子抑制剂的发展特异性靶向TGFβ途径的下游主调节器SMAD4，将采取一种替代方法，具有明显的抗TGFβ信号传导的替代方法。在这项研究中，我们介绍了在超高通量筛选（UHTS）1536孔板格式中基于细胞裂解物的多路复用时间分辨荧光共振能量转移（TR-FRET）测定。该测定法可以同时监测SMAD4和SMAD3之间的蛋白质 - 蛋白质相互作用，以及SMADS及其共识DNA结合基序之间的蛋白质-DNA相互作用。多路复用的TR-FRET分析表现出高灵敏度，从而使单氨基酸分辨率下的Smad4-Smad3-DNA复合物进行了动态分析。此外，多路复用的UHTS分析证明了筛选小分子抑制剂的鲁棒性。通过对FDA批准的生物活性化合物库进行试验筛选，我们将gambogic Acid和Gambogenic Acodic鉴定为潜在的HIT化合物。这些概念验证的发现强调了我们优化的多重TR-FRET平台的大规模筛选的实用性，以发现针对SMAD4-SMAD3 – DNA复合物作为新型抗TGFβ信号剂的小分子抑制剂。
间充质干细胞女生成体的衰老相关改变
摘要：衰老的过程与组织和细胞水平的改变密切相关。目前，仍在研究衰老细胞在组织微环境中的作用。尽管有共同的特征，但不同的细胞群在衰老过程中会发生独特的形态功能变化。间充质干细胞（MSC）在维持组织稳态中起关键作用。许多研究检查了细胞因子谱的改变，这些变化决定了它们的调节功能。MSC的细胞外基质（ECM）是其生物学研究较少的方面。已显示它可以调节相邻细胞的活性。因此，研究MSC基质组中与年龄相关的变化对于理解组织利基衰老的机制至关重要。这项研究对衰老MSC的分离分数（包括ECM，条件培养基（CM）和细胞裂解物）的分离分数的生长群进行了广泛的蛋白质组学分析。这是第一次进行这种分析。已经确定，生产的转变向调节分子以及ECM的主要结构和粘附蛋白的显着下调，尤其是胶原蛋白，纤维蛋白和纤维蛋白。此外，已经观察到了组织蛋白酶，甘叶蛋白，S100蛋白和其他具有细胞保护，抗炎和抗纤维化特性的降低。但是，抗纤维化途径的炎性蛋白和调节剂的水平增加。此外，还有蛋白质的上调，可以直接对微环境细胞产生衰老的影响（Serpine1，THBS1和GDF15）。这些变化证实，衰老MSC不仅通过细胞因子信号，而且还通过重塑的ECM对组织中的其他细胞产生负面影响。
加速 PROTAC 药物研发
PROTAC 已成为一类新型药物，它可以通过劫持泛素蛋白酶体系统来靶向“不可成药”的蛋白质组。尽管 PROTAC 取得了成功，但目前大多数 PROTAC 都与有限数量的 E3 连接酶相互作用，阻碍了它们扩展到许多具有挑战性的治疗用途。目前，PROTAC 药物发现严重依赖于传统的蛋白质印迹和报告基因检测，这两种方法分别不敏感且容易出现伪影。无需外部标签即可监测 PROTAC 的真实功能（即靶标在生理表达水平上的泛素化和随后的降解）的新型可靠方法对于加速 PROTAC 发现过程和解决许多未满足的治疗领域至关重要。在本研究中，我们开发了一种新的高通量筛选技术，使用“TUBE”作为泛素结合实体，以出色的灵敏度监测 PROTAC 介导的天然靶蛋白多泛素化。作为概念验证，包括 BRD3、Aurora A 激酶和 KRAS 在内的靶标被用于证明泛素化动力学可以可靠地确定具有可变配体和接头的 PROTAC 的等级效力。PROTAC 处理的细胞裂解物具有最高水平的内源性靶蛋白泛素化 - 称为“Ub Max” - 与从传统蛋白质印迹获得的 DC 50 值显示出极好的相关性，并具有高通量、提供更高的灵敏度和减少技术错误的额外优势。© 2022 作者。由 Elsevier Inc. 出版。这是一篇根据 CC BY-NC-ND 许可开放获取的文章（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）。
裸露的二氧化硅作为亲和纯化的替代基质/...
基于低成本、储量丰富且环保的亲和基质的“绿色”蛋白质纯化/固定工艺非常可取。未改性的二氧化硅基质非常适合这些需求。由于富含组氨酸的二氧化硅结合肽经常在生物淘选实验中分离，因此这项工作旨在评估使用裸露二氧化硅作为纯化/固定 His 标记蛋白质的替代基质的可行性。对纯化的 His6 标记 EGFP 进行的吸附和解吸研究表明，在测试条件下，不同大小和孔隙率的裸露二氧化硅颗粒会结合，并且可以使用含有 L-精氨酸/L-赖氨酸的环保洗脱液进行洗脱。未标记的 EGFP 不会与这些基质结合。小规模批量纯化方案使用 Davisil 643 或 646 级硅胶作为亲和基质，Tris 缓冲盐水洗脱液中含有 0.5 M L-精氨酸 (pH 8.5)，仅经过一个洗脱步骤，便可从大肠杆菌裂解物中纯化出纯度高达 96% 的 His6-EGFP，回收率约为 70%。用二氧化硅结合肽 Car9 标记的 EGFP 以类似的纯度和产量回收。其他 His 标记蛋白也可以纯化到类似的纯度水平。该批量纯化方案的规模被证明是可扩展的。这些结果表明，未改性的二氧化硅基质可用于有效纯化 His 标记蛋白。由于双标记 His6-EGFP-Car9 的回收率仅为 30 – 55%，因此标签组合对于固定化目的而言是有利的。