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鉴定白色念珠菌中的活性 RNAi 通路
RNA 干扰 (RNAi) 是一种基本调控途径，具有广泛的功能，包括调节基因表达和维持基因组稳定性。尽管 RNAi 在真菌界广泛存在，但众所周知的物种，如模型酵母酿酒酵母，已经失去了 RNAi 途径。到目前为止，还没有证据表明白色念珠菌中存在完全功能的 RNAi 途径，白色念珠菌是一种被世界卫生组织认为至关重要的人类真菌病原体。在这里，我们证明了广泛使用的白色念珠菌参考菌株 (SC5314) 在编码中心 RNAi 成分 Argonaute 的基因中含有失活错义突变。相比之下，大多数其他白色念珠菌分离株含有典型的 Argonaute 蛋白，预计该蛋白具有功能性和 RNAi 活性。事实上，使用高通量小RNA和长RNA测序结合无缝CRISPR/Cas9基因编辑，我们证明了活性白色念珠菌RNAi机制抑制了亚端粒基因家族的表达。因此，白色念珠菌中存在完整且功能性的RNAi通路，这凸显了在研究这种危险病原体时使用多种参考菌株的重要性。
使用新的表型机器学习方法预测离子通道变体的功能效应
离子通道编码基因的错义变异与一系列严重疾病有关。变异对生物物理功能的影响与临床特征相关，可归类为功能获得或丧失。这些信息有助于及时诊断、精准治疗和指导预后。功能表征是转化医学的一个瓶颈。机器学习模型可能能够通过预测变异的功能效应来快速生成支持证据。在这里，我们描述了一个多任务多核学习框架，该框架能够将功能结果和结构信息与临床表型相协调。这种新方法将人类表型本体扩展到基于核的监督机器学习。我们的功能获得或丧失分类器实现了高性能（平均准确度 0.853 SD 0.016，平均 AU-ROC 0.912 SD 0.025），优于传统基线方法和最先进的方法。性能在不同的表型相似性测量中都很稳定，并且对表型噪声或稀疏性基本不敏感。局部多核学习通过突出显示具有隐含基因型-表型相关性或潜在任务相似性的通道以供下游分析，提供了生物学洞察力和可解释性。
DNA提取播放的DNA用于继承的分子诊断1
该疾病的遗传原因是PPIB基因（肽基丙基异构酶b）中的突变，该突变编码了负责胶原蛋白产生的环氨酸B蛋白。这是由PPIB基因115中的错义突变引起的一种常染色体隐性疾病，导致用阿环蛋白替换甘氨酸。需要进行分子诊断，动物DNA提取，PCR（聚合酶链反应）和测序。由于获得的材料是通过动物的最大材料，因此测试了两种头发提取方案。Initially, the hair with bulbs were inserted into Micro Centrifuga tubes with ATL buffer, DTT and proteinase K solution, resulting in a liquid with saponifying, oxidizing and protein solvent properties, capable of dissolving membranes, oxidizing disulfide bridges and breaking down proteins around the genetic material, such as the histons, without damaging the DNA.Initially, the hair with bulbs were inserted into Micro Centrifuga tubes with ATL buffer, DTT and proteinase K solution, resulting in a liquid with saponifying, oxidizing and protein solvent properties, capable of dissolving membranes, oxidizing disulfide bridges and breaking down proteins around the genetic material, such as the histons, without damaging the DNA.
多种商品的车辆路线问题：调查
丝蛋白是具有肌动蛋白结合特性的大蛋白。FLNC中的突变是人类的三个丝蛋白基因之一，最近与主要的心肌病有关，但基本的机制尚不清楚。在这里，我们的目的是将果蝇杂草果酱作为一种新的体内模型来研究这些疾病。首先，我们表明，成人特异性心脏RNAI诱导的果蝇丝蛋白（DFIL）诱导的心脏扩张，收缩期功能受损和肌膜改变，突出了其对心脏功能的需求和成人舞台上Sarcomere Integrity的需求。接下来，我们使用CRISPR/CAS9基因编辑，三种错义变体，以前在肥厚性心肌病患者中鉴定出来。果蝇没有表现出心脏缺陷或形成丝蛋白聚集体的倾向增加，反对其致病性。最后，我们表明，携带最后四个Ig样域的DFIL的C端部分的缺失对于心脏功能是可分配的。共同强调了该模型探索丝蛋白的心脏功能的相关性，并增加了我们对与FLNC相关心肌病有关的生理病理学机制的理解。
线粒体疾病 - 怀孕中的挑战：病例报告
暗示了线粒体细胞质病，该报告本身并不适合该女性。她不符合规定的抗氧化剂。她没有其他MD症状。她处于非直系婚姻中，并在8周内预订。她的身高为152厘米，预订时的体重为42千克（BMI 18.2）。她患有所有四肢的轻度肌张力。均匀的眼睑，中央固定凝视和正常感觉和运动功能的部分流传性。整个线粒体基因组测序没有病理/可能的病理变异。整个外显子组测序揭示了与线粒体DNA DEPETION DEPETION综合征8a和8b相关的RRM2B基因外显子6（C.629 A> glys 210 arg）的纯合错义变体，该综合综合征和8B具有常染色体的衰退模式。这与线粒体DNA缺失的进行性外科眼膜杂质有关。丈夫对突变进行了阴性测试，因此不建议对胎儿进行产前测试。家庭筛查在她的父母和她的兄弟姐妹的杂合状态下揭示了RRM2B基因的相同突变。听力评估和电肌检查（ENMG）在怀孕期间未进行。
解读乳腺癌信号网络格局可改善药物敏感性预测
摘要尽管乳腺癌的遗传和表观遗传异常已得到广泛研究，但仍然很难确定哪些患者会对特定疗法产生反应。这在一定程度上是由于我们缺乏对细胞信号传导变异性如何影响药物敏感性的了解。在这里，我们使用质谱流式细胞术来表征 62 个乳腺癌细胞系和 5 个健康组织细胞系的单细胞信号传导图。在存在或不存在五种激酶抑制剂的情况下，我们在生长因子 EGF 刺激下对每种细胞系中的 34 种标记物进行了量化。这些数据来自 4,000 种条件下的 8000 多万个单细胞，用于拟合机械信号网络模型，这些模型为癌细胞处理信息的生物学原理提供了前所未有的见解。对于针对 PI3K-MTOR 信号通路的药物，我们的动态单细胞模型比静态批量测量更准确地预测了药物敏感性。最后，我们利用信号传导表型作为替代指标，确定了与药物敏感性相关的基因组特征，包括预测 PI3K 抑制敏感性的 DDIT3 错义突变。这提供了原理证明，即单细胞测量和建模可以为将来的患者匹配适当的治疗方法提供参考。
WU型GriA3突变相关X连锁综合症智力发育障碍：病例报告
背景：WU型X连锁综合症智力发育障碍是由Gria3基因突变引起的，该疾病的特征是自闭症特征，智障和面部畸形。病例报告：病人是一个4岁的男性，出现了鼻子和牙齿疼痛的主要投诉5天。过去有经常跌倒的历史，肌阵挛性的混蛋，舌头颤音，颤抖的攻击和延迟的发展里程碑。宣告时的孩子没有肌阵挛性混蛋或频繁的瀑布。家族史对于出现类似投诉的母亲姑姑很重要。检查，伸出的舌头，抑郁的鼻桥，高拱形的pa，手指短，右眼斜视，右膝盖上的咖啡馆au-lait点，上肢和下肢上的深肌腱反射，在3/5的功率上，在所有四个肢体上都与Prantar-Exterensor byersor billyally Bellyally Belysers cy tosecy cy toss 3/5。结论：在DNA测试中，注意到Gria 3基因的错义突变。他接受了多学科方法的治疗，并在一所特殊的学校中被录取，在该学校中，给予了职业治疗，言语治疗，行为疗法和物理疗法。
识别和编辑合成基因组片段改进的策略
基因组工程项目通常利用细菌人工染色体 (BAC) 来携带低拷贝数的多千碱基 DNA 片段。然而，全基因组工程的所有阶段都有可能对合成基因组施加突变，从而降低或消除最终菌株的适应性。在这里，我们描述了对多重自动基因组工程 (MAGE) 协议的改进，以提高重组频率和多路复用性。该协议用于重新编码大肠杆菌菌株，以在基因组范围内用同义替代词替换七个密码子。重新编码菌株的 BAC 中包含的 10 个 44 402–47 179 bp 从头合成 DNA 片段无法补充使用单个抗生素抗性标记所导致的相应 33–61 个野生型基因的缺失。下一代测序 (NGS) 用于识别每个片段中必需基因的 1-7 个非重编码突变，而 MAGE 反过来证明是一种有用的策略，可以在 BAC 中包含的重编码片段上修复这些突变，因为在修复过程中突变基因的重编码和野生型拷贝都必须存在。最后，使用两个基于网络的工具，使用蛋白质结构和功能调用来预测一组非重编码错义突变对菌株适应性的影响。
在具有不同突变谱的肝细胞癌细胞亚型中解剖微洋癌的网络：体外和计算机研究中的证据
肝细胞癌（HCC）是上皮起源的癌。虽然有几个因素，但特定的遗传和表观遗传景观定义了HCC的起始和进展。遗传突变，尤其是错义突变，通常是包括HCC在内的癌症发作的预测指标。具体而言，与端粒酶，TP53和β-catenin（CTNNB1）相关的突变是HCC中最常见的三个最常见突变基因之一。这些遗传突变定义了HCC的特定亚型，在miRNA表达和相互作用组方面表现出特定的表观遗传表达模式。在当前的研究中，我们在三种不同的细胞系Hepg2，Huh7和QGY7703之间对表现出不同的突变模式进行了多个miRNA的差异表达分析。这是第一个基于miRNA表达的HCC细胞系的研究。我们还确定了与显着差异表达的miRNA相关的富集途径，生物信息上预测了它们的靶标，并表征了相互作用。此外，我们根据癌症样品的突变状态对可公开可用数据集的小型RNA测序数据进行了分类，并计算了与体外数据相似的MiRNA的重叠，并预测了顶级HUB基因及其相关途径，并使用集成的BioEnformic方法预测了他们相关的途径。
热休克蛋白 40/J 结构域蛋白家族成员对 p53 和癌症信号的调节。
摘要：热休克蛋白 (HSP) 是一种分子伴侣，可协助多种细胞活动，包括蛋白质折叠、细胞内运输、蛋白质复合物的组装或拆卸以及错误折叠或聚集蛋白质的稳定或降解。HSP40 也称为 J 结构域蛋白 (JDP)，是最大的家族，有超过 50 个成员，包含高度保守的 J 结构域，负责与 HSP70 结合并刺激 ATPase 活性作为辅助伴侣。肿瘤抑制基因 p53 (p53) 是人类癌症中最常见的突变基因，是与 HSP40/JDP 功能性相互作用的蛋白质之一。大多数 p53 突变都是错义突变，导致获得意想不到的致癌活性，称为功能获得 (GOF)，以及肿瘤抑制功能的丧失。此外，野生型 p53 (wtp53) 和突变型 p53 (mutp53) 的稳定性和水平分别对其肿瘤抑制和致癌活性至关重要。然而，wtp53 和 mutp53 的调节机制尚未完全了解。越来越多的报告表明 HSP40/JDPs 调节 wtp53 和 mutp53 的水平和/或活性。在这里，我们总结了与 HSP40/JDPs 与 p53 和癌症信号传导之间的联系相关的最新知识，以提高我们对肿瘤抑制 wtp53 和致癌 mutp53 GOF 活性调节的理解。