摘要基于基因型的抗生素耐药性诊断方法代表了经验疗法的一种有前途的替代方法，可减少不适当的抗生素使用。然而，由于此类检测是根据已知的遗传标记推断耐药性，因此随着新耐药性的出现，它们的实用性将减弱。因此，维持这些诊断方法将需要监测以确保及早发现新的耐药变异，但有效的策略仍未确定。我们评估了根据患者和病原体特征而制定的有针对性的采样方法在检测淋病奈瑟菌的抗生素耐药性和诊断逃逸变异方面的效率，淋病奈瑟菌是一种与高疾病负担和抗生素耐药性相关的病原体，以及基于基因型的诊断的发展有关。我们表明，根据患者特征而制定的采样并不是有效检测变异的可靠策略。相反，根据病原体特征（如基因组多样性和基因组背景）而制定的采样在识别与耐药性和诊断逃逸相关的遗传变异方面明显比随机采样更有效。