在驯化过程中,人类对野生种群的选择主要偏向于一组共同的植物性状。这种直接选择的过程也改变了在作物驯化和改良过程中未被直接感知或期望的其他独立性状。更深入地了解无意和不良的表型效应及其潜在的遗传原因,有助于设计策略来减轻它们的影响并提高作物的遗传增益。我们回顾了在表型和基因组水平上解释植物驯化负面影响的不同因素。我们进一步描述了源于植物驯化过程中有利等位基因选择而产生的不良影响的遗传原因。此外,我们提出了可能有助于减轻此类影响以进行作物改良的策略。利用新型组学和基因组编辑工具,理解和操纵导致驯化植物不良表型的遗传和生化机制相对容易。