对于需要检测少量输入核酸或更精细地分辨目标量的应用，如罕见事件检测、拷贝数变异分析和低丰度转录本的基因表达分析，dPCR 具有显著优势。液体活检、单细胞分析、NGS 文库定量、低病毒和细菌载量定量以及基因编辑事件分析等应用也可以利用 dPCR 相对于 qPCR 的精确度和高灵敏度。对于大多数研究人员来说，dPCR 代表了 qPCR 的补充方法。