和任何组织一样,欧洲司法组织的成立并非一帆风顺。它花了六年时间才组建起一支员工队伍、办公室以及必要的设备和计算机。又花了一年时间,会议室才能正常运作,配备口译设施。但欧洲司法组织已经证明了它的价值。在美国驻巴黎大使馆和比利时 Kleine-Brogel 军事基地遭到炸弹袭击后,协调工作很早就强调了这一点。随后,比利时、德国、希腊、意大利、西班牙、荷兰和英国之间进行了更深入的协调,以应对 2004 年寄往欧盟机构的信件炸弹案。任何后勤问题都很快得到解决,此后的几年里,经常听说,如果没有欧洲司法组织的支持,国家检察部门就无法有效地开展工作。