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为了将PE2变体的活性与野生型PE2的活性进行比较,我们设计了PEGRNA,它可以针对35个基因组基因座NGN PAM。PEGRNA建议使用引物结合位点(PBS)和RT模板(13 NT PBS和11〜14 NT RT模板)的长度,并经过随机设计以在目标基因组基因座中安装插入,缺失和取代。我们使用单链DNA组装方法8(补充注释1)更有效地构造了PegrNA。使用这些PEGRNA,我们检查了HEK293T细胞中六种PE2变体和野生型PE2的主要编辑活性(图1A-C和补充表1)。正如预期的那样,野生型PE2主要在NGG PAM站点(在9个站点中的7个活性,在UBE3A-3+5G> C位点上活跃,高达23.8%,在NGA PAM站点上有一定的认可(在9个地点的4个地点,最高22.9%的ATC and cut)和公共ng> c> c> c> c> c> c> c> c> c> c> c> c> c> c> (在8个站点中的0个中活跃)或NGT位点(在9个站点中的0个位置活跃)。相反,PE2-NG,PE2-SPG和PE2-SPRY变体可以编辑NGN位点(PE2-NG:在34个站点中的24个,PE2-SPG中有效,PE2-SPG:在35个站点中的26个站点中活跃,PE2-SPRY,PE2-SPRY:活动中的24个站点中的24个站点中的24个站点)。与先前的研究6,PE2-NG变体相比,NGC PAM位点的活性相对较低,与NGD相比(其中D是A,G或T)PAM位点,并且与其他PE2变体相比,PE2-SPG变体在NGH处显示出最高的活性(其中H是A,C,C,T)PEAM位点(其中PE2)在其他PE2变体中(Fige2 variant)(FIGINIANT(FIGINIANT)(FIGINIANT(FIGINING)(FIGINIANT(FIGINID)(FIGINIANT(FIGINID)(FIGINIANT(FIGINID)(FIGINIANT(FIGINID)(图。1C和补充图1)。

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