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激酶抑制剂作为靶向疗法在改善癌症治疗效果方面发挥了重要作用。然而,仍然存在相当大的挑战,例如耐药性、无反应、患者分层、多药理学和确定联合疗法,在这些情况下,了解肿瘤激酶活性谱可能会带来变革。在这里,我们开发了一种基于图形和统计数据的算法,称为 KSTAR,将细胞和组织的磷酸化蛋白质组学测量值转换为激酶活性评分,该评分可推广并可用于临床流程,无需量化磷酸化位点。在这项工作中,我们证明 KSTAR 可靠地捕获不同组织和刺激环境中预期的激酶活性差异,允许直接比较来自独立实验的样本,并且在各种数据集大小中都具有稳健性。最后,我们将 KSTAR 应用于临床乳腺癌磷酸化蛋白质组学数据,发现从 KSTAR 推断激酶活性有可能补充乳腺癌患者 HER2 状态的当前临床诊断。

KSTAR:一种根据磷酸化蛋白质组学数据预测患者特异性激酶活性的算法

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