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片段也是优化的有效起点,因为与较大分子的结合相互作用可能更有效,尽管亲和力较低。8,9 然而,良好的库设计对于利用这些潜在优势至关重要。片段库必须平衡化学和药效团多样性、分子复杂性和物理化学特性。我们最近报道了一种使用化学自动编码器的深度学习片段生成器模型。10 该出版物中给出了该模型的完整细节。简而言之,自动编码器是一种编码器/解码器神经网络架构。11 在训练中,编码器生成其输入的压缩“潜在”表示,而解码器从中重建输入。在化学自动编码器中,输入/输出是分子表示。一种常用的方法是基于编码 Daylight SMILES 字符串。12,13 在生成过程中,对潜在表示的空间进行采样,在上述情况下,可以以 SMILES 格式输出新分子。14

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