顺式调控元件编码基因组蓝图,确保基因表达的正确时空模式,这对于适当的发育和对环境的反应必不可少。越来越多的证据表明,基因表达的变化是真核生物表型新颖性的主要来源,包括哺乳动物的疾病和癌症等急性表型。此外,在较长的进化时间尺度上影响顺式调控序列的遗传和表观遗传变异已成为形态分化和局部适应研究中反复出现的主题。在这里,我们讨论了各种顺式调控元件的功能和用于识别各种顺式调控元件的方法,以及它们在植物发育和对环境的反应中的作用。我们重点介绍了利用植物发育和环境反应背后的顺式调控变异进行作物改良的机会。尽管对植物顺式调控机制的全面了解落后于对动物的了解,但我们展示了一些突破性的发现,这些发现深远影响了植物生物学并塑造了对真核生物转录调控的整体理解。