分别发现了成簇的 DNA 重复序列。大阪大学的研究员 Yoshizumi Ishino 和他的同事于 1987 年首次描述了后来被称为 CRISPR 的这项技术。他们无意中克隆了“iap”基因（碱性磷酸酶同工酶转化），这是他们的目标，以及 CRISPR 序列的一部分。重复序列以创新的方式排列。重复序列通常排列成直线，中间没有其他序列。他们不知道断开的成簇重复序列的用途。结核分枝杆菌中的一簇中断的直接重复序列 (DR) 是荷兰研究人员于 1993 年撰写的两项研究的主题。他们确定了各种结核分枝杆菌菌株中直接重复序列之间的序列多样性，并利用这一特性创建了 spoligotyping 方法，该方法至今仍在使用。