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摘要 智利的阿塔卡马沙漠是地球上最干旱、最不适合居住的地方之一。为了分析这种环境中微生物群落的多样性和分布，最重要的也是最具挑战性的步骤之一就是 DNA 提取。使用商业环境 DNA 提取协议，可以提取微生物的活细胞、休眠细胞和死细胞的混合物，但几乎不可能分离不同的 DNA 库。为了解决这个问题，我们在阿塔卡马沙漠东西水分横断面的土壤上应用了一种新方法，以在细胞提取水平上区分细胞外 DNA (eDNA) 和细胞内 DNA (iDNA)。在这里，我们表明，在极度干旱地区存在大量活的和潜在活跃的微生物，如 Acidimicrobiia 、 Geodermatophilaceae 、 Frankiales 和 Burkholder iaceae。我们观察到存活微生物作为先驱者参与了最初的土壤形成过程，如碳和氮固定以及矿物风化过程。为了应对各种环境压力，微生物在沙漠土壤环境中以通才和专才的形式共存。我们的结果表明，专才在有限的生态位范围内竞争，而通才可以忍受更广泛的环境条件。使用 DNA 分离方法可以为可行微生物群落中的不同角色提供新的见解，特别是在基于 RNA 的分析经常失败的低生物量环境中。
揭示极端环境中的活微生物群
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