基因操作对于探究微生物在其环境中的功能（例如人类肠道微生物组）是必不可少的。然而，绝大多数人类肠道微生物组物种在遗传上不可控。在本文中，我们回顾了夺取更多物种遗传控制权的障碍。我们解决了阻碍将遗传技术应用于肠道微生物的障碍，并报告了目前正在开发的遗传系统。虽然旨在同时在原位对许多物种进行遗传转化的方法很有前景，但它们无法克服单个微生物存在的许多相同挑战。除非出现重大的概念突破，否则微生物组的遗传可控性仍将是一项艰巨的任务。增加人类肠道中可遗传处理的生物名单仍然是微生物组研究的最高优先事项之一，并将为微生物组工程奠定基础。