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阴道菌群对女性健康有影响。然而，持续几个月的高分辨率随访研究显然很少，这是将长期动态和与人口统计和行为协变量的关联询问所必需的。在这里，我们提出了一项高分辨率的纵向队列研究，对125名女性进行了研究，随后持续时间为8.6个月，中位数为11个样本，每个女性收集了11个样本。使用层次的贝叶斯马尔可夫模型，我们表征了阴道微生物群落持续性和过渡的模式，同时估计了16个协变量的影响，并在女性中量化了个体变异性。我们表明，“最佳”（社区状态类型（CST）I，II和V）和“次优”（CST III）社区随着时间的推移比“非最佳”（CST IV）（CST IV）更稳定。此外，我们发现一些协变量（最著名的是饮酒）影响了从一个CST转移到另一个CST的可能性。我们进行了反事实模拟，以确认关键协变量的改变（例如饮酒）可以影响人群中不同的微生物群落的普遍性。最后，我们的分析表明，有一种相对通道的途径导致阴道微生物群落恶化，而恢复途径可以高度个性化。除了在一年多以来对阴道菌群动力学的第一个见解之一提供，我们的研究还展示了分层贝叶斯马尔可夫模型在具有许多协变量的临床队列数据中的新应用。我们的发现为在阴道环境中对微生物动力学的机械理解以及新型预防和治疗策略的发展铺平了道路，以改善阴道健康。
塑造阴道微生物群长期社区动态的因素
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