机构名称：
¥ 1.0
是一种在基因组学领域中广泛使用的技术。但是，目前缺乏从纳米孔测序设备创建模拟数据的有效工具，这些工具以时间序列的当前信号数据的形式测量DNA或RNA分子。在这里，我们介绍了Squigulator，这是一个快速而简单的工具，用于模拟逼真的纳米孔信号数据。s弹器采用参考基因组，转录组或读取序列，并生成相应的原始纳米孔信号数据。这与牛津纳米孔技术（ONT）和其他第三方工具的基本软件兼容，从而为纳米孔分析工作流的每个阶段提供了有用的基板，用于开发，测试，调试，验证和优化。用户可以使用模拟特定ONT协议或无噪声“理想”数据的预设参数生成数据，或者他们可以确定性地修改一系列实验变量和/或噪声参数以满足其需求。我们提供了一个简短的用途示例，创建了模拟数据，以模拟不同参数影响ONT基本和下游变体检测准确性的程度。此分析揭示了对ONT数据和基本算法的性质的新见解。我们为纳米孔社区提供了旋转器作为开源工具。
使用可调参数的纳米孔测序信号数据
主要关键词
相关文件推荐
