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小说
摘要背景：由于可预测对 TRK 抑制剂反应的可操作事件，因此在肿瘤中识别 NTRK 融合变得至关重要。目前尚不清楚 NTRK 断点位置是否因靶向治疗的反应而不同，以及 NTRK 融合是否影响免疫治疗的疗效。病例介绍：我们报道了一名 60 岁的女性，被诊断患有晚期肺腺癌。基于 NGS 的分子分析确定了此病例中新的 NCOR2-NTRK1 融合和高肿瘤突变负荷 (TMB) (58.58 个突变/Mb)。此外，通过免疫组织化学 (IHC) 染色，在 20-30% 的肿瘤细胞中检测到程序性死亡配体 1 (PD-L1) 表达。患者接受了抗 PD-1 免疫检查点抑制剂卡瑞利珠单抗治疗。经过两个周期的治疗后，CT 扫描显示一些肿瘤结节仍然增大，表明病情进展。然后她改用 TRK 抑制剂拉罗替尼。一个月后CT扫描显示部分病灶体积开始减小，未发现转移病灶。患者随后继续使用larotrectinib，随后几个月部分病灶明显缩小甚至消失。目前，该患者仍然活着。结论：总之，本报告提供了肺腺癌的新驱动因素，扩大了NTRK1融合变异的突变谱，并建议对于同时存在NTRK融合、PD-L1阳性表达和高TMB的肺腺癌，使用larotrectinib作为靶向治疗比抗PD-1抑制剂更有效。关键词：肺腺癌，NTRK融合，PD-L1，Larotrectinib，病例报告
患者问题：肺癌的创新
ALK (4) NRAS (2) ARID1A (1) NRG1 (2) ATM (2) NTRK (6) ATR (1) P53 (1) BRAF (15) PALB (1) BRCA (2) PDGFR (2) CCND (1) PIK3 (5) CDK4/6 (1) POLD1 (2) CDKN2 (1) POLE (2) ctDNA (3) PRKC (2) CTNNB1 (1) PTCH1 (2) DDR (5) RAF (2) EGFR (10) RAS (2) ERK (2) RET (4) EWSR1 (1) ROS1 (5) EZH2 (1) SMO (1) FBXW7 (1) STK11 (1) FGFR (4) TAF15 (1) GNAQ/11 (2) TMB (4) HRD (7) TP53 （1） IDH （2） TSC （1） KIT （2） UGT1A1 （1） KRAS （24） CCNE1 （1） MDM2 （1） CLDN （3） MEK （3） FET （1） MET （5） FRa （1） MMR （2） FUS （1） MRD （2） HER2 （12） MSI-H （1） MAGE （2） MTAP （4） MUC （1） MYC （1） PD-L1 （12） Nectin-4 （2） PRAME （1） NF1 （6）
一种新型的线粒体相关LNCRNA签名，用于预测胃腺癌的预后
基于癌症基因组图集（TCGA）的Stad转录组数据和临床谱，我们通过共表达和差分分析确定了与线粒体相关的LNCRNA。与COX回归合作的最低绝对收缩和选择操作员（LASSO）算法被用来构建风险signatus，然后将患者分为高风险和低风险基团。通过就使用Kaplan-Meier生存分析，接收器操作特征（ROC）曲线分析，独立的预后分析来评估签名的预后性能。此外，使用KEGG，GO和GSEA分析来阐明与风险特征相关的生物学功能。最后，还研究了与该特征有关的肿瘤微环境，药物敏感性和肿瘤突变负担（TMB）。
●我们的结果表明IPS是可推广的多...
图3。km存活曲线（顶部面板）和多元Coxph森林图（底部面板）说明了POL/POLD 1的左侧的RWPF（左侧RWPF，右侧RWOS）的结果（RWOS），用免疫疗法（IO）治疗的患者（IO）以及与化学疗法和IO + IO + IO + IO + IO + IO + IO（IO）组合的结局（左侧），并与IO + IO + IO（IO）组合进行了突变（基因（其他）。在KM图中指定了随着时间的流逝的中位生存时间和处于危险中的患者人数。森林图具有多元COXPH模型的危险比（HR），所有协变量（POL/POLD1突变，TMB，MSI状态和指示）的置信间隔为95％，表明相对的进展或死亡风险。
神经肿瘤学 - neurooncology.cz
摘要 成人胶质瘤、神经胶质细胞和神经元肿瘤患者的主要治疗方法是手术、放疗和化疗相结合。对于许多全身性癌症，靶向治疗是标准治疗的一部分，然而，大多数这些靶点在中枢神经系统 (CNS) 肿瘤中的预测意义仍未得到充分研究。尽管如此，越来越多的人开始使用先进的分子诊断技术来识别潜在的靶点，并且已获得针对中枢神经系统肿瘤中也存在的靶点的肿瘤无关监管批准。这就提出了一个问题：何时以及针对哪些靶点对成人中枢神经系统肿瘤患者进行测试是有意义的。本指南以证据为基础，回顾了针对成年胶质瘤、胶质神经元和神经元肿瘤患者的 RAS/MAPK 通路（BRAF、NF1）、生长因子受体（EGFR、ALK、成纤维细胞生长因子受体 (FGFR)、神经营养性酪氨酸受体激酶 (NTRK)、血小板衍生的生长因子受体 α 和 ROS1）、细胞周期信号传导（CDK4/6、MDM2/4 和 TSC1/2）和基因组稳定性改变（错配修复、POLE、高肿瘤突变负荷 (TMB)、同源重组缺陷）的靶向治疗的现有证据。目前，BRAF p.V600E 变异的靶向治疗将被视为复发性胶质瘤患者标准治疗的一部分，目前正在等待监管部门的批准。对于已获批的 NTRK 融合和高 TMB 肿瘤无关疗法，其对中枢神经系统肿瘤成年患者的疗效证据非常有限，最好在前瞻性临床登记和试验中进行治疗。对于 FGFR 融合或突变的中枢神经系统肿瘤的靶向治疗，正在进行临床试验以确认迄今为止在篮子试验中观察到的适度活性。对于所有其他已审查的靶向治疗，目前缺乏对中枢神经系统肿瘤有益的证据，应在可用的临床试验背景下进行测试/治疗。
Foundation®CDX患者报告指南
FoundationNOne®CDX是基于实体瘤晚期癌症患者的体外诊断测试的定性下一代测序，仅用于处方。测试分析324个基因以及包括微卫星不稳定性（MSI）和肿瘤突变负担（TMB）在内的基因组信号，并且是鉴定患者可以根据批准的治疗性治疗产品标记而从特定治疗中受益的患者。可能会报告其他基因组发现，并且对于使用任何特定的治疗产品的使用，也不是规定性或结论性的。使用测试不能保证患者将与治疗相匹配。负面结果不排除改变的存在。某些患者可能需要活检。有关完整标签，包括伴侣诊断指示和重要的风险信息，请访问www.f1cdxlabel.com。
TruSight Oncology 综合版（欧盟）
综合基因组分析 (CGP) 正在改变癌症诊断的面貌。随着可操作的生物标志物、获批疗法和研究试验的数量不断增加，单一生物标志物测试和靶向热点面板无法跟上步伐，增加了遗漏关键信息的可能性。此外，这些方法无法检测某些当前或新兴的免疫疗法反应特征，例如肿瘤突变负担 (TMB)。应对不断增加的潜在疗法和生物标志物列表挑战的一种选择是基于下一代测序 (NGS) 的 CGP。在一次测试中，CGP 提供了肿瘤遗传学的全面视图，捕获了数百种生物标志物的信息，并报告了可临床操作的结果，这些结果可导致分子匹配的治疗方案和更好的患者结果。1-6
Trusight肿瘤学500 HRD
随着研究人员继续研究癌症的潜在基因组学，他们正在发现跨癌症类型的更广泛的分子sig出现。同源重组缺乏症（HRD）是这些签名的一种，显示出对卵巢，乳腺癌，胰腺和前列腺癌的肿瘤生物学的重要性。1但是，HRD评估可能仅是这些肿瘤类型中故事的一部分。其他已知和未知的遗传因素可能驱动肿瘤生长。例如，在卵巢癌中，BRCA1和BRCA2突变仅占高级浆液卵巢癌（HGSOC）的20％（图1）。2可能存在其他遗传突变，包括基因变异和分子特征，例如肿瘤突变Al负担（TMB）和微卫星不稳定性（MSI）。识别肿瘤生长的其他可能贡献者可能会为研究人员提供宝贵的信息。
患者匹配的肿瘤 - 正常测序
• PMTN distinguishes true somatic variants from likely benign germline variants by directly comparing the tumor sample to the patient's own nor- mal DNA in a blood sample • PMTN is a gold-standard method for calculating tumor mutational burden (TMB), which is used to determine immune checkpoint eligibility 1 • PMTN addresses the health equity problem of racial and ethnic under- representation in normative databases by using each患者自己的DNA作为种系减法的参考样本•PMTN在OncoExtra测试中的集成意味着医生在有效的时间范围内为每位患者提供了这些优势。接受测试的患者中有98％的自付费用为$ 0，并且在收到两个样本后14天内，医生在4天内收到结果4
转移性粘膜黑色素瘤患者接受特瑞普利单抗联合阿昔替尼治疗：3 年生存率更新和生物标志物分析
摘要 背景 粘膜黑色素瘤是一种侵袭性黑色素瘤亚型，对抗程序性细胞死亡-1 (PD-1) 单药治疗反应不佳。在一项 Ib 期研究中，阿昔替尼与特瑞普利单抗（一种抗 PD-1 的人源化 IgG4 mAb）联合使用，在转移性粘膜黑色素瘤 (MM) 患者中显示出良好的反应率。本文中，我们报告了最新的总体生存期 (OS)、缓解持续时间 (DoR) 和生物标志物分析结果。方法 晚期 MM 患者每 2 周静脉注射特瑞普利单抗 1 或 3 mg/kg，并每天口服两次阿昔替尼 5 mg，直至病情进展或出现不可接受的毒性。通过信使 RNA 测序评估了肿瘤程序性细胞死亡配体-1 (PD-L1) 表达、肿瘤突变负荷 (TMB) 和基因表达谱 (GEP) 与生存期的相关性。结果 截至 2021 年 4 月 2 日，中位随访时间为 42.5 个月。在 29 例未接受化疗的转移性 MM 患者中，中位 OS 为 20.7 个月（95% CI 9.7 至 32.7 个月）；中位无进展生存期 (PFS) 为 7.5 个月（95% CI 3.8 至 14.8 个月）；中位 DoR 为 13.4 个月（95% CI 5.5 至 20.6 个月）。1、2 和 3 年 OS 率分别为 62.1%、44.8% 和 31.0%。生物标志物分析发现 PD-L1 表达和 TMB 水平与生存获益无关。相比之下，12-GEP 特征与 PFS（17.7 个月 vs 5.7 个月，p=0.0083）和 OS（35.6 个月 vs 17.6 个月，p=0.039）改善相关。结论 3 年生存率更新证实了特瑞普利单抗联合阿昔替尼治疗晚期 MM 患者的抗肿瘤活性和长期生存益处。12 基因 GEP 有助于预测血管内皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂和 PD-1 阻断剂联合治疗的结果，但需要进一步验证。试验注册号 NCT03086174。