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SARS-CoV-2 变体 B.1.640.1 的高度融合和细胞病变
摘要 在整个 COVID-19 大流行期间，特性不明的 SARS-CoV-2 变体时有出现。一些变体具有独特的表型和突变，可以进一步表征病毒的进化和 Spike 功能。在 Omicron 扩张之前，2021 年至 2022 年间，非洲和欧洲报告了约 1,100 例 B.1.640.1 变体病例。在这里，我们分析了 B.1.640.1 分离株及其 Spike 的生物学特性。与祖先 Spike 相比，B.1.640.1 携带了 14 个氨基酸替换和缺失。B.1.640.1 逃脱了一些抗 N 端结构域和抗受体结合结构域单克隆抗体的结合，以及来自恢复期和接种疫苗个体的血清的中和。在细胞系中，感染产生大量合胞体和高度细胞病变效应。在原发性气道细胞中，B.1.640.1 复制率低于 Omicron BA.1，并且比其他变体引发了更多的合胞体和细胞死亡。B.1.640.1 Spike 单独表达时具有高度融合性。这是由位于 Spike S2 域的两个特征不明显且不常见的突变 T859N 和 D936H 介导的。总之，我们的结果突出了超融合性 SARS-CoV-2 变体的细胞病变，该变体在 Omicron BA.1 出现后被取代。（本研究已在 ClinicalTrials.gov 注册，注册号为 NCT04750720。）
多倍体中的变体和定量遗传学
基因组组装和测序技术的抽象进步使整个基因组序列（WGS）数据和参考基因组可访问多倍体物种。与流行的减少表示测序方法相比，WGS数据提供的基因组广泛覆盖范围和更大的标记密度可以极大地提高我们对多倍体物种和多倍体生物学的理解。然而，使多倍体物种有趣的生物学特征在读取映射，变异识别和基因型估计中也带来了挑战。在等位基因剂量不确定性，亚基因组之间的同源性和染色体遗传模式的差异等变体中考虑字符 - 属性可以减少错误。在这里，我讨论了多倍体WGS数据中变体呼叫的挑战，并讨论可以将潜在解决方案集成到标准变体呼叫管道中。
提高了新兴SARS-COV-2变体的疫苗灵敏度
Joseph A. Lewnard Sara Y. Tartof 2121 Way 100 South Los Robles Berkeley，California，加利福尼亚州94720 Pasadena，California，加利福尼亚州91101 jlewnard@berkeley.edu sara.edu sara.y.y.tartof@kp.org@kp.org 510-664-4050 626-626-26-26-626-4264-3001键入 进化。许多SARS-COV-2谱系的出现与逃避疫苗接种和感染导致种群免疫力的能力的提高有关。在这里，我们显示了新兴XBB/XBB.1.5 Omicron Lineage的疫苗来源和感染衍生的免疫力的逃逸趋势。Among 31,739 patients tested in ambulatory settings in Southern California from December, 2022 to February, 2023, adjusted odds of prior receipt of 2, 3, 4, and ≥5 COVID-19 vaccine doses were 10% (95% confidence interval: 1-18%), 11% (3-19%), 13% (3-21%), and 25% (15-34%) lower, respectively, among cases被XBB/XBB.1.5感染的情况比感染了其他共同循环谱系的情况。类似地，与非-XBB/XBB/XBB.1.5病例相比，先前的疫苗接种与对Xbb/XBB.1.5病例的进展更大的保护有关，比非XBB/XBB.1.5病例（分别为70％[30-87％]和48％[7-71％]，[7-71％]，对于≥4剂量的受体）。相比之下，感染XBB/XBB.1.5的病例分别具有17％（11-24％）和40％（19-65％）的调整后几率，分别经历了1和≥2个先前记录的感染，包括前疗法变体。由于从SARS-COV-2感染中获得的免疫力变得越来越普遍，因此与XBB/XBB.1.5中疫苗敏感性增强相关的适应性成本可能会因避免感染衍生的宿主反应的能力而抵消。宿主免疫反应是影响病原体进化动力学的选择性压力的关键来源。1–3在扩大人口免疫力的背景下，连续的SARS-COV-2谱系显示，在整个COVID-19-19的大流行过程中，逃避疫苗衍生和感染衍生的免疫反应的能力增加了。4,5，而对Epsilon，Gamma，Delta和其他早期变体的保护减少通常被认为是适度的，6-9的Omicron Ba.1谱系与≥1.8倍的差异相关，与Delta相比，通过感染效率高于10–13的效果，以及效率低下的效率高于1.8倍，以及效率低下的效果，以及标志性的效果。 保护。14–16尽管流行病学研究并未发现疫苗衍生或感染衍生的对BA.BA.2谱系的差异证据。2与BA.1相比，随后的BA.4和BA.5谱系与早期相对于早期的OMICRON LINEA的重新感染的风险增加了效果，以及效果效率均可降低。21,22监测新兴谱系逃避免于疫苗接种或事先感染的免疫力的能力，这对于旨在减轻SARS-COV-2负担的持续努力是至关重要的，类似于针对流感，23肺炎，24肺炎，24和其他感染性疾病患者的疫苗经验。25,26 XBB/XBB.1.5 OMICRON通过重组BA.2.10.1和BA.2.75 Sublineages并超过BQ.1/bq.1.1，以及其他BA.5与其他BA.5相关的血统，以及1月下旬的我们的主要原因。27虽然XBB/XBB.1.5通过感染衍生的抗体逃避中和，但28,29例早期观察性研究报告说，更新的（双重）Covid-19促进疫苗赋予了对症状性XBB/XBB.1.1.5感染的实质性保护。30尚不清楚XBB/XBB.1.5是否与BA.5相关谱系有所不同，其对通过先前疫苗接种或感染获得的宿主反应的敏感性。
检测SARS-COV-2和庇护猫中可能的变体
SARS-COV-2是轻度至重度急性呼吸系统疾病的原因，导致2019年至2022年之间在全球范围内的人类生命丧失。在包括猫和狗在内的各种动物中发现了该病毒，这使其成为一个主要的公共卫生问题和一个健康问题。在这项研究中，在动物收容所中收集了结膜和咽拭子（n = 350）和血清样品（n = 350）（n = 350）（n = 350）。中和测试（SVNT）。203（58％）拭子样品为阴性（未检测到N1和N2），2（0.6％）为正（检测到N1和N2），而145（41％）尚无定论（仅检测到N1）。对N2区域的分析和多个序列比对揭示了猫样样品RNA提取物的N2探针结合区域中的基本对缺失和取代，与GenBank数据库中的正结构和人类SARS-COV-2序列相比。用源自CAT样品扩增子序列的探针代替N2探针，127个N2阴性样品中的123个（96.9％）返回了阳性。除350种血清样品中的所有外，所有其他人的SARS-COV-2抗体都是负面的。这些观察结果表明，尽管在测试的样品中发现SARS-COV-2感染的检测较低，但宠物猫可以怀有该病毒，并作为可能导致人类感染的病毒扩散来源。此外，猫可能带有与SARS-COV-2有关的尚未描述的病毒。
探索能源系统的环境信息系统
Q1是否有明确的标准包含在案例系列中？ ✓Q2是否以标准的，可靠的方式来衡量病例系列中的所有参与者？ ✓Q3是用于识别病例系列中所有参与者的条件的有效方法？ ✓Q4案例系列是否连续包含参与者？ ✓Q5案例系列是否完全包括参与者？ ®Q6是否有清楚地报道了研究参与者的人口统计学？ ✓Q7是否有明确报告参与者的临床信息？ ✓Q8是否有明确报告的案件结果或后续结果？ ✓Q9是否有明确报告表达网站/诊所的人口统计信息？ ✓Q10是否适合统计分析？ ✓总体质量分数9.5（高）总体评估Q1是否有明确的标准包含在案例系列中？✓Q2是否以标准的，可靠的方式来衡量病例系列中的所有参与者？✓Q3是用于识别病例系列中所有参与者的条件的有效方法？✓Q4案例系列是否连续包含参与者？✓Q5案例系列是否完全包括参与者？®Q6是否有清楚地报道了研究参与者的人口统计学？✓Q7是否有明确报告参与者的临床信息？✓Q8是否有明确报告的案件结果或后续结果？✓Q9是否有明确报告表达网站/诊所的人口统计信息？✓Q10是否适合统计分析？✓总体质量分数9.5（高）总体评估
CAS9变体特异性的高度平行分析
确定可编程核酸酶的脱靶裂解谱是任何基因组编辑实验的重要考虑因素，并且已经报道了许多提高特异性的CAS9变体。我们在这里描述了基于标记的标签积分位点测序（TTISS），这是一种有效的，可扩展的方法，用于分析我们在59个目标中与八个CAS9变体平行应用的双链断裂。此外，我们生成了数千种其他CAS9变体，并筛选了具有增强特异性和活动的变体，识别LZ3 Cas9，这是具有唯一+1插入曲线的高特异性变体。这种全面的比较揭示了CAS9活动和特异性之间的一般权衡，并提供了有关+1插入频率的信息，这对校正移码突变具有影响。
鉴定出一种新的 ANK1 基因变体 c.1504-9G>A...
遗传性球形红细胞增多症 (HS) 或 1 型球形红细胞增多症 (MIM: # 182900) 是一种遗传性溶血性疾病，通常以血管外溶血症状为特征，包括贫血、黄疸和脾肿大。HS 在全球普遍流行，据报道欧洲和北美人群的发病率高达 1/2,000（Bolton-Maggs 等人，2012 年）。在中国，Wang 等人对 1978 年至 2013 年的文献进行了全面回顾。 (2015) 估计 HS 的总体患病率约为每 100,000 人 1.37 例，性别略有差异，男性每 100,000 人 1.27 例，女性每 100,000 人 1.49 例，这表明 HS 是该国最常见的孟德尔红细胞膜疾病（ Tao 等，2016 ）。 ANK1 、 SPTB 、 SPTA1 、 SLC4A1 和 EPB42 基因的遗传突变分别导致相应的锚蛋白、 β - 血影蛋白、 α - 血影蛋白、 带 3 和蛋白 4.2 的缺陷。 这些缺陷导致红细胞膜表面积减少，渗透脆性增加，并最终导致红细胞转化为
新颖的ptx3变体G.22645332G> t是强烈的...
引言绵羊生殖效率与其粪便直接相关。1,2繁殖力取决于卵巢卵泡生成，该卵巢卵泡发生，该卵巢卵泡调节了Granu-losa，theca和生殖细胞的增殖和分化。3此过程受局部激素和颗粒生长因子的相互作用（例如五肽3（PTX3））的影响。4 PTX3是一种刺激卵母细胞周围的颗粒细胞（也称为卵巢细胞）的糖蛋白，在刺激了用黄体生成激素或人类绒毛膜性腺刺激的卵巢前卵泡刺激后。5这种蛋白是五肽素超家族的成员，在稳定和完成积积和卵形的形成中起着至关重要的作用，这对于排卵至关重要。6根据Chang等人，在卵形和壁画的植物性花道细胞中表达了7个PTX3，表明COC和细胞外基质的形成是密切相关的过程。除了确定女性生育能力方面的作用外，8 PTX3在将卵形卵形卵母细胞复合物转运到卵巢上以及确定成功的受精方面也很重要。9成功的怀孕也依赖于PTX3的表达和产生。Zhang等人10的研究表明，早期怀孕的母牛经历了PTX3水平的提高，证明了其在此关键时期内在家庭反刍动物中维持Luteum功能方面的重要性。
败血症患者的罕见遗传变异风险
eva tosco-Herrera 1，Luis A. Rubio-Rodríguez2，AdriánMuñoz-Barrera 2，DavidJáspez2，EvaSuárez-Pajos 1，Almudena Corrales 1,3，Aitana Alonso-González1，Mirymyam Priero Ambrós9，Leonardo Lorente 10，MaríaM。Martín11，JordiSolé-Violán3,12,13，CarlosRodríguez-Gallego 3,6,12,14，ElenaGonzález-Higueras 15 ftink 3,21,22,23，BeatrizGuillén-Guio 3,18,19，Itahisa Marcelino-Rodríguez24,25，JoséM.Lorenzo-Salazar 2，RafaelaGonzález-Montelongo 2，Carlos Flores Flores 1,2,3,2,2,25 1 Candrar，NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NA.NAERAIR。西班牙特内里费岛。 div>2基因组学部，技术研究所和可再生能源（ITER），西班牙圣克鲁斯·德·特内里费岛。 div>3呼吸道疾病（网络），西班牙马德里的卡洛斯三世健康研究所。 div>4重症监护室，西班牙帕伦西亚的大学援助综合大楼。 div>5 Gran Canaria大学医院麻醉学系Negrín博士，西班牙Las Palmas de Gran Canaria。 div>6，拉斯帕尔马斯大学格兰加纳里亚大学医学和外科科学系，西班牙拉斯帕尔马斯·德·格兰卡纳里亚。 div>7重症监护病房，西班牙莱昂大学的大学医院综合大楼。 div>8重症监护室，西班牙Valladolid的里约热内度大学医院。 div>9重症监护室，西班牙皇家城市皇家综合医院。 div>西班牙圣克鲁斯·德·特内里费岛加那利群岛大学医院的10重症监护室。 div>11重症监护室，西班牙大学医院圣克鲁斯·德·特内里费岛的坎德拉里亚女士。 div>12临床科学系，大学费尔南多·佩索亚（Fernando Pessoa Canarias），西班牙拉斯·帕尔马斯·德·格兰卡里亚（Las Palmas de Gran Canaria）。 div>13 Grant Canaria大学医院Negrín博士Negrín博士，西班牙拉斯帕尔马斯·德·格兰卡里亚（Las Palmas de Gran）。 div>14西班牙拉斯·帕尔马斯·德·格兰卡纳里亚（Las Palmas de Gran Canaria）的格兰加那利尼（Gran Canaria）大学医院免疫学系。 div>15重症监护室，西班牙昆卡Virgen de la Luz医院。 div>16麻醉学系，坎德拉里亚圣母，圣克鲁斯·德·特内里费岛，西班牙大学医院。 div>17西班牙瓦伦西亚IMED Valencia医院麻醉和重症监护室。 div>18英国莱斯特莱斯特大学人口健康科学系。 div>19 NIHR莱斯特生物医学研究中心，英国莱斯特。 div>20重症监护室，西班牙马德里伊迪帕兹的拉巴斯大学医院。 div>21研究部门，西班牙拉斯帕尔马斯·德·格兰卡纳里亚（Las Palmas de Gran Canaria）Negrín大学医院。 div>22加拿大多伦多的圣迈克尔医院李卡·斯舍（Li Ka Shing）知识研究所。 div>23北大西洋大学的卫生科学家，西班牙拉斯帕尔马斯·德·格兰卡里亚。 div>24西班牙圣克鲁斯·德·特内里费岛拉拉古纳大学的公共卫生和预防医学系。 div>25生物医学技术研究所（ITB），西班牙圣克鲁斯·德·特内里费岛，拉拉古纳大学。 div>
BNT162B2疫苗诱导变异特异性免疫，安全性...
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