XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemhomologous
CRISPR/CAS通过同源重组的第3章基因组编辑
在整个细胞发育中，DNA可能遭受威胁基因组完整性和细胞存活的损害。最有害的病变之一是双链DNA断裂（DSB），因为它可能导致基因组信息的丢失。DSB可能自然发生在细胞代谢期间，也可能是由外部因素触发的（Deriano; Roth，2013）。无论哪种方式，这些损坏都会通过细胞立即修复，主要是通过两种途径：非同源末端连接（NHEJ）或同源指导修复（HDR）。与通过NHEJ进行修复不同，NHEJ仅将裂解的DNA的末端连接起来（请参阅第2章），HDR途径需要存在相同或非常相似的模板，即完整的序列，以准确地修复病变的DNA（Heyer等人，2010年）。提供用于HDR中使用的模板的可能性代表了通过同源重组（HR）途径进行基因编辑的关键元素，该途径可能被利用为几种新的繁殖技术（NBT）之一。
古细菌DNA-Import仪器与细菌共轭机械同源
结合是水平基因转移的主要机制，促进了抗生素耐药性在人类病原体中的传播。它涉及通过称为交配菌毛的细胞外附属物来避免供体和受体细胞之间的连接。在细菌中，结合机制由质粒或转座子编码，通常介导同源移动遗传元件的转移。对古细菌的共轭知之甚少。在这里，我们通过三个共轭pili的冷冻电子显微镜确定原子结构，两种来自高疗法古细菌（Aeropyrum pernix和pyrobaculum calidifontis），另一个由一个由细菌的细菌ti toumefaciial to to to to to to to to to to to to to to toumefacial-to to to to to to to to to to toumefiti。 pili。然而，古细菌共轭机制（称为CED）已被“驯化”，即结合机械的基因编码在染色体上，而不是在移动遗传元素上，并介导细胞DNA的转移。
非同源末期基因型，mRNA表达和DNA修复能力
和基因型 - 表型相关性。结果：XRCC4 RS3734091，RS28360071，XRCC5 RS828907和XRCC6 RS5751129的变异基因型与童年的几率增加都显着相关。基于敏感性基因型的进一步分析显示，除XRCC6 RS5751129外，儿童期在儿童时期的mRNA转录表达水平没有显着差异。此外，在不同XRCC4，XRCC5和XRCC6基因型的载体中，NHEJ的总体维修能力相似。但是，值得注意的是，与具有野生型T等位基因的人相比，携带XRCC6 rs5751129的变体C等位基因的个体表现出较低的精确NHEJ修复能力。结论：我们的研究确定了XRCC4 RS3734091，RS28360071，XRCC5 RS828907和XRCC6 RS5751129基因型和儿童期之间的显着关联。值得注意的是，在携带XRCC6 rs5751129的C等位基因的患者中观察到较低的转录表达和降低的精确NHEJ修复能力。需要进行进一步的调查，以深入了解儿童时期的所有发展。
αkg介导的肉碱合成可通过组蛋白乙酰化促进同源重组
GSK864（IDH1I）和DNA破坏特工Olaparib（OLAP）或顺铂（CIS）单独或合并。％，并将其标准化为对照。d）在谷氨酰胺饥饿的条件下培养了指定的CCNE1-低（橙色）和 - 高（紫色）同源细胞，并单独或单独或单独或合并用DNA损害剂Olaparib（OLAP）或顺铂（Cisplatin（Cis）处理。％的细胞，并将其标准化为媒介物对照。e）将IP基因细胞注射到免疫功能低下的雌性小鼠（n = 8/组）中。表达空载体（ev）=橙色的单元格；表达CCNE1（CCNE1）=紫色的细胞。单独或组合使用媒介物，IDH1抑制剂GSK864（IDH1I）和Olaparib（OLAP）处理小鼠。在端点，通过计算腹膜肿瘤结节来计算肿瘤负担。f）仅用IDH1抑制剂GSK864（IDH1I）处理指示的CCNE1高细胞，单独使用DNA破坏药物Olaparib（OLAP）或顺铂（CIS）（CIS）（cis）（黄色）（黄色）（黄色）（黄色），并与细胞渗透性的A kg（绿色）或柠檬酸盐（蓝色）结合使用。％，并将其标准化为对照。g）在谷氨酰胺饥饿条件下培养了指定的CCNE1高细胞，并用DNA损伤剂Olaparib（OLAP）或顺铂（CIS）（CIS）（CIS）（黄色）和可渗透的细胞渗透kg（绿色）处理。％的细胞，并将其标准化为媒介物对照。h）依赖性二氧酶CRISPR KO屏幕的示意图。i）CRISPR KO屏幕的分析。所有图表示平均值±SD。显示为Log2折叠分数（CCNE1 + Olaparib vs. CCNE1）与（EV + Olaparib vs.EV）中的负分数的变化。J）在两个CCNE1高细胞系中5个负富集基因的Venn图。k）用SHGFP（Shcont-紫色）或两个靶向TMLHE的独立shRNA（SHTMLHE＃1-浅蓝色，浅蓝色，SHTMLHE＃2-深蓝色）转导指示的CCNE1高细胞，并用DNA损害剂Olaparib（Olap）用Cell-Cell-clip-carn的dna损害剂处理（la）或l-CARNIT（l-CARNIT）。％的细胞，并将其标准化为媒介物对照。l）单独使用肉碱合成抑制剂（Mildro）或单独使用DNA损伤剂Olaparib（OLAP）（紫色）和组合（黄色）处理指示的CCNE1高细胞。组合处理的细胞用可渗透的细胞A kg（绿色）或L- carnitine（L-Carn; Maroon）补充。％的细胞，并将其标准化为媒介物对照。m）用IDH1抑制剂GSK864（IDH1I）和单独的DNA损伤剂Olaparib（OLAP）（紫色）和组合（黄色）处理指示的CCNE1高细胞。组合处理的细胞用L-肉碱（L-Carn; Maroon）补充。％的细胞，并将其标准化为媒介物对照。n）在谷氨酰胺饥饿条件下（紫色）培养指示的CCNE1-高细胞，并单独用DNA损伤剂Olaparib（OLAP）（黄色）或补充L-Carnitine（L-Carn; Ma-Roon）。％，并将其标准化为对照。**** p <0.005，ns =不显着o）kg是tmlhe和carnitine上游的示意图。（A-D，F）显示的是来自每个等源性细胞系对中至少3个独立实验的代表性数据。（G，K-N）是来自每个等源性细胞系对中2个独立实验的代表性数据。
Elabela/apela/幼儿肽
乳腺癌易感性基因1（BRCA1）和乳腺癌易感性基因2（BRCA2）有害变体是第一个，如今，Poly（ADP）核糖聚合酶（PARP） - 抑制剂（PARPIS）的主要生物标志物。最近，增加了用于咨询和多基因面板测试的个体数量，而批准的PARPI的显着扩展，不仅限于BRCA1/BRCA2促成变体（PVS），因此对非BRCA生物标志物产生了强大的临床需求。存在当前测试和测定的重大局限性。确定同源重组缺乏症（HRD）的不同方法，例如种系和体细胞同源重组修复（HRR）基因PVS，测试显示出其后果，例如基因组疤痕，例如新颖的功能分析，例如在RAD51焦点测试中，不应将其视为替代性，并且在范围内被视为替代方法。非BRCA，HRD相关的肿瘤中的PARPI。今天，对HRR参与的所有蛋白质（不限于BRCA）之间的重要关系的更深层次的了解扩大了成功的非BRCA，HRD-PARPI合成致死性的可能性，同时，还需要增强对HRD生物标志物的定义，以预测PARPI受益的幅度。
胰腺癌同源重组修复缺陷的检测和治疗意义：叙述性综述
PDAC 肿瘤的基因组测序研究表明，高达 15% (4) 的肿瘤存在缺陷，由于 DNA 修复缺陷而导致基因组不稳定 (5)。DNA 修复途径对于保护细胞免受外源性和内源性 DNA 损伤至关重要。这些途径在癌细胞中经常出现功能障碍，导致 DNA 损伤积累和基因组不稳定 (6)。同源重组缺陷 (HRD) 是一种复杂而动态的肿瘤表型，其特征是无法通过同源重组修复 DNA 中的双链断裂 (DSB)。另一个高度保守的 DNA 修复过程是涉及单链 DNA 断裂的碱基切除修复途径。聚 (ADP-核糖) 聚合酶 (PARP) 酶是该途径的关键元素。约 5–8% 的 PDAC 与 BRCA1/2 致病性种系变异有关，导致 BRCA 功能缺陷，因此更依赖 PARP 进行 DNA 修复；如果这些患者对含铂化疗的一线治疗有反应，他们可以从 PARP 抑制剂的维持治疗中受益 (7)。在此，我们根据叙述性综述报告清单（可访问 https://jgo.amegroups.com/article/view/10.21037/jgo-23-85/rc）对 PDAC 中的 HRD 进行了综述。
同源修复模板 DNA 链间交联增强人类细胞中的基因编辑
CRISPR–Cas9 通过产生 DNA 双链断裂 (DSB) 并随后激活细胞 DNA 修复途径实现基因编辑。根据所参与的修复途径，结果可能包括目标基因的破坏或用恢复或引入功能的新序列替换 1 。后一种基因替换事件需要传递编码新序列的模板 DNA，其水平应支持基因替换，但不会对细胞活力产生不利影响。在转化应用中，模板分子通常由病毒载体递送。虽然有效，但病毒工作流程成本高昂、难以扩大规模且对细胞有潜在毒性。因此，使用非病毒模板 DNA 是一种有吸引力的替代方案，但非病毒模板的效率和急性毒性可能不如病毒递送 2 。改进的非病毒基因编辑将成为揭示 DNA 修复机制的有力方法、有用的实验室技术和治疗多种疾病的有前途的策略 3 。一种高效的非病毒基因编辑策略是传递核糖核蛋白（RNP）制剂，包括靶向核酸酶Cas9、单向导RNA（sgRNA）和模板分子，该模板分子包含与被编辑区域以及要修改或插入的序列的同源性4。这些RNP在基因组的目标区域引入DSB，然后通过易错末端连接（EJ）过程修复断裂末端，或通过同源性定向修复（HDR）过程修复DSB，该过程使用单独模板分子1中编码的序列解决DSB（扩展数据图1a）。使用HDR将新的DNA序列引入目标位置可以实现令人兴奋的功能获得应用5。因此，增加HDR频率的策略可能会改善结果并降低实验室和生物医学工作流程的成本。
整个基因组分析揭示了由CRISPR-Cas9介导的基因组编辑引起的非典型非同源远离目标
CRISPR-CAS9基因组编辑具有有希望的遗传疾病和癌症的治疗潜力，但安全可能是一个问题。在这里，我们使用10倍链接的读取测序和光学基因组映射的整个基因组分析来询问编辑后的基因组完整性，并与四个父母细胞系相比。除了先前报道的大型结构杂物外，我们还确定了迄今为止出乎意料的大型大型染色体缺失（91.2和136 kb），在非典型的非同理偏离式位点，在两条编辑线中与SGRNA相似，在没有序列的情况下没有序列。由CRISPR-CAS9编辑在分裂细胞中引起的观察到的大结构变体可能会导致致病后果，从而限制CRISPR-CAS9编辑系统对疾病建模和基因治疗的有用性。在这项工作中，我们的整个基因组分析可以提供有价值的策略，以确保基因组编辑后的基因组完整性，以最大程度地降低研究和临床应用中意外影响的风险。
与线粒体DNA同源的核DNA片段是检测甜菜中异质质的障碍（beta vulgaris l.）
异质性是细胞中多个线粒体DNA（mtDNA）序列的共存，在植物中有充分的文献证明。下一代测序技术（NGS）使得整个基因组对整个基因组进行了可行。因此，NGS具有检测异质的潜力。但是，异质检测中的方法和陷阱尚未得到充分投资和确定。异质检测的一个障碍是线粒体，塑料和核DNA之间的序列同源性，其中核DNA片段与mtDNA同源（NOMT）的影响需要最小化。为了检测异质，我们首先排除了从糖甜菜mtDNA序列中排除甜菜甜菜（Beta fulgaris）系EL10的核DNA序列。ngs读数是从甜菜线NK-195BRMM-O和NK-291BRMM-O的单个植物中获得的，并映射到未分解的mtDNA区域。通过基因组浏览分析检测到的1000多个位点表现出个体内部多态性。我们专注于一个309 bp的区域，其中12个个体内多形态位点彼此紧密相关。尽管通过NK-195BRMM-O和NK-291BRMM-O的PCR扩增在12个位点存在变异等位基因的DNA分子的存在，但这些变体并不总是由六个变体呼叫程序调用，这表明这些程序不适合内部个体个人个性化的多种形式检测。当我们更改核DNA参考时，发现EL10缺乏的数字包括309 bp区域。NK-195BRMM-O X NK-291BRMM-O的F 2种群的遗传分离支持了变体等位基因的NOMT起源。使用四个参考文献，我们发现NUMT检测表现出参考依赖性，而甜菜线中存在NOMT的极端多态性。EL10中没有发现的numts之一与NK-195mm-O中的另一个个体内多态位点有关。我们的数据表明，在甜菜中，糖的多态性意外高，导致对杂质的真实程度的混乱。
在肾移植受者中同源和异源COVID-19的疫苗接种方案
2019年冠状病毒病（Covid-19）大流行，迄今为止有670万人死亡（1）死亡，对医疗保健系统（2）和全球数十亿人的生活产生了重大影响（3，4）。今天，世界上许多国家正在寻求“新的正常”（5），因为当前的病毒变异似乎会引发严重疾病的频率（6，7）。在CoVID-199疫苗接种后免疫能力的个体开发了适应性免疫的所有效应机制，例如严重的急性急性呼吸道综合征冠状病毒2（SARS-COV-2） - 特定的中和中和中和抗体（NABS）和病毒特异性T细胞CD4和CD8 T细胞，以防止两种侵害剂量，这可能是对8剂的影响，这可能是有效的，这可能是有效的，这可能是有效的（可能是有效的（可能是），这可能是可能的（可能是有效的（可能），这可能是有效的（可能是有效的（可能是），这可能是有效的（可能是有效的，可能是疫苗的剂量，可能是在疾病）。 免疫功能低下的患者由于免疫防御的降低而表现出更加脆弱（13）。 首先，发现几名免疫抑制患者的体液疫苗接种反应降低（14-16）。 第二，自适应免疫反应的其他臂并不总是考虑，迄今为止的新兴数据显示出不一致的图片（17-19）。 由于对疫苗的反应较低，目前在免疫抑制患者中发现了Covid-19的更严重的COVID-19和死亡率增加，即使与Delta变体的感染相比，总体死亡率显着降低了（20-22）。 在疫苗的非常快速开发之后（23），这些特殊患者组中疫苗有效的问题迅速出现（24）。免疫能力的个体开发了适应性免疫的所有效应机制，例如严重的急性急性呼吸道综合征冠状病毒2（SARS-COV-2） - 特定的中和中和中和抗体（NABS）和病毒特异性T细胞CD4和CD8 T细胞，以防止两种侵害剂量，这可能是对8剂的影响，这可能是有效的，这可能是有效的，这可能是有效的（可能是有效的（可能是），这可能是可能的（可能是有效的（可能），这可能是有效的（可能是有效的（可能是），这可能是有效的（可能是有效的，可能是疫苗的剂量，可能是在疾病）。免疫功能低下的患者由于免疫防御的降低而表现出更加脆弱（13）。首先，发现几名免疫抑制患者的体液疫苗接种反应降低（14-16）。第二，自适应免疫反应的其他臂并不总是考虑，迄今为止的新兴数据显示出不一致的图片（17-19）。由于对疫苗的反应较低，目前在免疫抑制患者中发现了Covid-19的更严重的COVID-19和死亡率增加，即使与Delta变体的感染相比，总体死亡率显着降低了（20-22）。在疫苗的非常快速开发之后（23），这些特殊患者组中疫苗有效的问题迅速出现（24）。The aim of this study was to highlight the different pathways of the adaptive immune response after homologous and heterologous COVID-19 vaccinations (two- and threefold) in kidney transplant recipients (KTRs) in particular to contribute to the understanding of not only the less frequently studied T-cell response but also the receptor binding domain (RBD) – speci fi c B-cell response and the serum-neutralizing capacity in这个特殊的患者组。