XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemhomologous
两个同源吲哚-3-乙酰胺 (IAM) 水解酶基因是拟南芥中 IAM 的生长素效应所必需的
吲哚-3-乙酰胺 (IAM) 是某些植物病原菌中第一个被证实的生长素生物合成中间体。外源施用 IAM 或通过过表达拟南芥中的细菌 iaaM 基因产生 IAM 会导致生长素过量产生表型。然而，植物是否使用 IAM 作为生长素生物合成的关键前体仍不确定。在此，我们报告了从正向遗传筛选中分离拟南芥中的 IAM 水解酶 1 (IAMH1) 基因，该筛选用于显示正常生长素敏感性的 IAM 不敏感突变体。IAMH1 有一个相近的同源物，名为 IAMH2，位于拟南芥 IV 染色体上 IAMH1 的旁边。我们使用我们的 CRISPR/Cas9 基因编辑技术生成了 iamh1 iamh2 双突变体。我们发现，IAMH 基因的破坏使拟南芥植物对 IAM 处理产生抗性，同时也抑制了 iaaM 过表达表型，这表明 IAMH1 和 IAMH2 是拟南芥中将 IAM 转化为 IAA 的主要酶。iamh 双突变体没有表现出明显的发育缺陷，这表明 IAM 在正常生长条件下在生长素生物合成中不起主要作用。我们的研究结果为阐明 IAM 在生长素生物合成和植物发育中的作用奠定了坚实的基础。
通过 CRISPR/Cas 介导的同源重组在模型硅藻 Thalassiosira pseudonana 中进行有效的基因替换
CRISPR/Cas 能够对包括模型硅藻 Thalassiosira pseudonana 在内的许多不同植物和藻类进行靶向基因组编辑。然而，迄今为止，仅报道了通过同源重组 (HR) 实现的有效基因靶向适用于单倍体生命周期阶段的光合生物。在这里，使用 Golden Gate 克隆组装的 CRISPR/Cas 构建体能够在二倍体光合生物中实现高效的 HR。使用序列特异性 CRISPR/Cas 并与 dsDNA 供体基质配对，在 T. pseudonana 中诱导同源重组，从而用抗性盒 (FCP: NAT) 替换 silacidin、硝酸还原酶和脲酶基因。通过嵌套 PCR 筛选出高达约 85% 的 NAT 抗性 T. pseudonana 菌落对 HR 呈阳性。使用反向 PCR 方法确认了 FCP: NAT 在每个位点的精确整合。硝酸还原酶和尿素酶基因的敲除分别影响了硝酸盐和尿素的生长，而 T. pseudonana 中 silacidin 基因的敲除导致细胞尺寸显著增加，证实了该基因在中心硅藻中调节细胞尺寸的作用。HR 的高效基因靶向使 T. pseudonana 像 Nannochloropsis 和 Physcomitrella 一样易于遗传处理，从而迅速推进了功能性硅藻生物学、生物纳米技术和生物技术应用，这些应用旨在利用硅藻的代谢潜力。
系统分析CRISPR/Cas9技术中提高同源直接修复（HDR）效率的因素
事实证明，CRISPR/Cas9 细菌系统是多种生物体中基因操作的有力工具，但同源直接修复 (HDR) 序列替换的效率远低于随机插入/缺失创建。许多研究集中于使用双 sgRNA、细胞同步化循环和合理设计的单链寡 DNA 核苷酸 (ssODN) 递送来提高 HDR 效率。在本研究中，我们评估了这三种方法在提高 HDR 效率方面的协同作用。我们选择了 TNF α 基因 (NM_000594) 进行测试，因为它在各种生物过程和疾病中起着至关重要的作用。我们的结果首次展示了使用两个具有不对称供体设计和三重转染事件如何显著提高 HDR 效率，从不可检测的 HDR 事件提高到 39% 的 HDR 效率，并提供了一种促进 CRISPR/Cas9 介导的人类基因组编辑的新策略。此外，我们证明了可以使用 CRISPR/Cas9 方法编辑 TNF α 基因座，这是一个在未来安全地纠正每位患者的特定突变的机会。
分裂标记介导的基因组编辑提高了 CTG 分支酵母中间假丝酵母中的同源重组频率
基因组编辑工具箱对于探索和利用非常规酵母物种作为细胞工厂至关重要，因为它们促进了基因组研究和代谢工程。非常规酵母中间假丝酵母 (Candida intermedia) 是一种在生物技术上很有趣的物种，因为它能够将多种碳源（包括林业和奶制品行业废弃物和侧流中的木糖和乳糖）转化为增值产品。然而，由于缺乏针对该物种的分子工具，迄今为止，进行基因操作的可能性有限。我们在此描述了一种针对中间假丝酵母 (C. intermedia) 的基因组编辑方法的开发，该方法基于电穿孔和基因删除盒，其中包含白色假丝酵母 NAT1 显性选择标记，两侧是与目标基因座同源的 1000 个碱基对序列。针对 ADE2 基因的线性删除盒最初导致的靶向效率 < 1%，这表明中间假丝酵母 (C. intermedia) 主要使用非同源末端连接来整合外来 DNA 片段。通过开发一种基于分裂标记的 C. intermedia 缺失技术，我们成功提高了同源重组率，实现了高达 70% 的靶向效率。对于无标记缺失，我们还将分裂标记盒与重组酶系统结合使用，从而能够通过标记回收构建双缺失突变体。总体而言，分裂标记技术被证明是一种快速可靠的 C. intermedia 基因缺失方法，这为揭示和增强其细胞工厂潜力提供了可能性。
全面的基因组分析（CGP）套件的演变，以简化工作流并检测同源重组缺陷
•提取优化：用1或3小时的孵育提取16个FFPE样品。使用随附的QPCR评估提取的DNA的浓度和质量。•连接研究：测试了缩短的程序，并针对原始条件分析了关键的测序指标，以减少图书馆的准备工作。•较高的吞吐量研究：合并，测序并与8个样本进行了汇总，测序。•变体灵敏度：用Avenio CGP KIT V2对317 FFPE DNA样品进行测序。变体检测与参考方法F1CDX进行了比较。样品包括由QPCR评估的多种DNA质量。测序是在每个样品读取> 60m的Illumina NextSeq序列上进行的。使用FoundationOneⓡ分析平台进行数据分析。结果
通过CRISPR-CAS9-介导的Hibit标记
许多蛋白质家族由多种高度同源蛋白组成，无论它们是由不同基因编码还是来自相同基因组位置的编码。某些同工型的优势与各种病理状况（例如癌症）有关。研究中蛋白质同工型的检测和相对定量通常是通过免疫印迹，免疫组织化学或免疫荧光来完成的，其中使用针对特定家族成员的同工型特异性表位的抗体。但是，同工型特异性抗体并非总是可用的，因此无法破译同工型特异性蛋白表达模式。在这里，我们描述了多功能11氨基酸标签的插入到感兴趣蛋白质的基因组位置中。此标签是开发的，由Promega（美国威斯康星州Fitchburg）发行。本协议描述了高度同源蛋白的精确蛋白质表达分析，通过hibit标签的表达，当缺失特定抗体时，可以实现蛋白质表达定量。可以通过传统方法（例如蛋白质印迹或免疫荧光）以及在荧光素酶二元报道器系统中分析蛋白质表达，从而可以使用板读取器进行可靠且快速的相对表达定量。
在同源重组的后期一步中，不匹配修复蛋白PMS2和MLH3参与的遗传证据。
MD Maminur Rahman，Mohiuddin Mohiuddin，Islam Shamima Keka，Kousei Yamada，Maminaka Tsuuda等。 10.1074/jbc.ra120.013521。
在肾移植受者中同源和异源COVID-19的疫苗接种方案
2019年冠状病毒病（Covid-19）大流行，迄今为止有670万人死亡（1）死亡，对医疗保健系统（2）和全球数十亿人的生活产生了重大影响（3，4）。今天，世界上许多国家正在寻求“新的正常”（5），因为当前的病毒变异似乎会引发严重疾病的频率（6，7）。在CoVID-199疫苗接种后免疫能力的个体开发了适应性免疫的所有效应机制，例如严重的急性急性呼吸道综合征冠状病毒2（SARS-COV-2） - 特定的中和中和中和抗体（NABS）和病毒特异性T细胞CD4和CD8 T细胞，以防止两种侵害剂量，这可能是对8剂的影响，这可能是有效的，这可能是有效的，这可能是有效的（可能是有效的（可能是），这可能是可能的（可能是有效的（可能），这可能是有效的（可能是有效的（可能是），这可能是有效的（可能是有效的，可能是疫苗的剂量，可能是在疾病）。 免疫功能低下的患者由于免疫防御的降低而表现出更加脆弱（13）。 首先，发现几名免疫抑制患者的体液疫苗接种反应降低（14-16）。 第二，自适应免疫反应的其他臂并不总是考虑，迄今为止的新兴数据显示出不一致的图片（17-19）。 由于对疫苗的反应较低，目前在免疫抑制患者中发现了Covid-19的更严重的COVID-19和死亡率增加，即使与Delta变体的感染相比，总体死亡率显着降低了（20-22）。 在疫苗的非常快速开发之后（23），这些特殊患者组中疫苗有效的问题迅速出现（24）。免疫能力的个体开发了适应性免疫的所有效应机制，例如严重的急性急性呼吸道综合征冠状病毒2（SARS-COV-2） - 特定的中和中和中和抗体（NABS）和病毒特异性T细胞CD4和CD8 T细胞，以防止两种侵害剂量，这可能是对8剂的影响，这可能是有效的，这可能是有效的，这可能是有效的（可能是有效的（可能是），这可能是可能的（可能是有效的（可能），这可能是有效的（可能是有效的（可能是），这可能是有效的（可能是有效的，可能是疫苗的剂量，可能是在疾病）。免疫功能低下的患者由于免疫防御的降低而表现出更加脆弱（13）。首先，发现几名免疫抑制患者的体液疫苗接种反应降低（14-16）。第二，自适应免疫反应的其他臂并不总是考虑，迄今为止的新兴数据显示出不一致的图片（17-19）。由于对疫苗的反应较低，目前在免疫抑制患者中发现了Covid-19的更严重的COVID-19和死亡率增加，即使与Delta变体的感染相比，总体死亡率显着降低了（20-22）。在疫苗的非常快速开发之后（23），这些特殊患者组中疫苗有效的问题迅速出现（24）。The aim of this study was to highlight the different pathways of the adaptive immune response after homologous and heterologous COVID-19 vaccinations (two- and threefold) in kidney transplant recipients (KTRs) in particular to contribute to the understanding of not only the less frequently studied T-cell response but also the receptor binding domain (RBD) – speci fi c B-cell response and the serum-neutralizing capacity in这个特殊的患者组。
方案优化 CRISPR-Cas9/gRNA 核糖核蛋白复合物的电穿孔，用于人类多能干细胞中的无选择同源重组
d. 将培养板放入 37 C 培养箱中并孵育 10 分钟。每 3-4 分钟轻轻摇晃培养板一次有助于完全分离细胞。 e. 加入 1 mL 含有 10 m M Y-27632 的 StemFit 培养基，并轻轻吹打细胞直至 iPSC 完全分离。 f. 计数细胞，并将 1.0 3 10 4 –1.5 3 10 4 个细胞接种到 iMatrix 涂层的 6 孔板中，该板含有 2 mL 含有 10 m M Y-27632 的 StemFit 培养基，如步骤 cg 中所述，将细胞在 37 C 的 CO 2 培养箱中孵育过夜。 h. 第二天，用 2 mL StemFit 培养基更换培养基。如果有很多死细胞漂浮，继续向培养基中添加 Y-27632，最终浓度为 10 m M。 i.培养期间每 2 天更换一次培养基。j. iPSC 在第 6-8 天将达到半汇合状态。切勿让它们过度汇合。“半汇合”是指 iPSC 菌落直径小于 2 毫米，并且 iPSC 菌落之间仍有一些间隙。生长速度取决于 iPSC 系，因此应通过实验确定半汇合时间。
Elabela/apela/幼儿肽
乳腺癌易感性基因1（BRCA1）和乳腺癌易感性基因2（BRCA2）有害变体是第一个，如今，Poly（ADP）核糖聚合酶（PARP） - 抑制剂（PARPIS）的主要生物标志物。最近，增加了用于咨询和多基因面板测试的个体数量，而批准的PARPI的显着扩展，不仅限于BRCA1/BRCA2促成变体（PVS），因此对非BRCA生物标志物产生了强大的临床需求。存在当前测试和测定的重大局限性。确定同源重组缺乏症（HRD）的不同方法，例如种系和体细胞同源重组修复（HRR）基因PVS，测试显示出其后果，例如基因组疤痕，例如新颖的功能分析，例如在RAD51焦点测试中，不应将其视为替代性，并且在范围内被视为替代方法。非BRCA，HRD相关的肿瘤中的PARPI。今天，对HRR参与的所有蛋白质（不限于BRCA）之间的重要关系的更深层次的了解扩大了成功的非BRCA，HRD-PARPI合成致死性的可能性，同时，还需要增强对HRD生物标志物的定义，以预测PARPI受益的幅度。