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多摩变协会研究确定了DNA甲基化...
1人类遗传学系，芝加哥大学，伊利诺伊州芝加哥大学，美国，美国2号，北卡罗来纳州达勒姆市2号，美国，美国人口医学系3，哈佛医学院，美国马萨诸塞州波士顿，美国马萨诸塞州，美国4号，美国环境卫生部4号，哈佛大学。
区域DNA甲基化对基因表达的影响
摘要DNA甲基化对仓鼠腺嘌呤磷酸蛋白酶基转移酶（APRT）和疱疹胸苷激酶（TK）基因的跨遗传活性的影响。通过使用包含这些基因序列的M13构建体，使用限制性片段启动引物第二链合成在体外甲基化的特定段使用底物2'-脱氧-5-甲基-5-甲基 - 胞迪三丁烷三磷酸（DMCTP）。通过DNA-MEDI-ETED共转移将这些杂交甲基化分子插入小鼠LTK细胞中。在所有情况下，整合序列都保留了体外定向的甲基化模式。在5'区域中CpG甲基化抑制了APRT基因，但在3'端或相邻的M13序列中未能通过甲基化来进行。与此相反，在5'启动子区域和TK基因的3'结构区域中的DNA甲基化都具有很强的抑制作用。这表明这种修饰可能会通过不涉及RNA聚体识别序列直接改变的机制影响转录。
关注泛素化驱动的DNA甲基化像差
Mendelian疾病是由单个遗传基因座中的致病性变异引起的，通常表现为神经发育障碍（NDDS），影响了全球大部分儿科种群。这些疾病以非典型的大脑发育，智力残疾和各种相关的表型特征为特征。基因测试有助于临床诊断，但尚无定论的结果可以延长确认过程。最近对表观遗传失调的关注导致发现与NDD相关的DNA甲基化特征或发作性，从而加速了诊断精度。值得注意的是，参与泛素化途径的基因Trip12和USP7表现出特定的情节。了解这些基因在泛素化途径中的作用阐明了它们对情节形成的潜在影响。Trip12充当E3连接酶，USP7充当去泛素酶，在泛素化中呈现了对比的作用。比较这些基因致病性变异患者的表型性状既揭示了区别和共同点，从而提供了对潜在的病理生理机制的见解。本综述将Trip12和USP7在泛素化途径中的作用，它们对情节形成的影响以及对NDD发病机理的潜在影响。理解这些复杂的关系可能会揭示NDD的新型治疗靶标和诊断策略。
细胞学DNA甲基化用于宫颈癌筛查
子宫宫颈癌是全球妇女（1）和中国（2）中与癌症相关死亡的最常见原因之一，中国患者占全球新宫颈癌总数的28％（3）。鲁棒和标准筛查计划将显着降低宫颈癌的发生率（4）。目前，宫颈细胞学和/或高危人乳头瘤病毒（HRHPV）测试是主要筛查方法（5，6）。但是，细胞学和HRHPV测试都在其诊断准确性方面都有局限性（7，8）。一种具有很高准确性和可行性的成本益处对于宫颈癌筛查的决策至关重要（9），并且在中国等发展中国家也迫切需要。DNA甲基化是一种表观遗传机制，可导致基因的遗传沉默，而不会改变其编码序列（10，11）。已有100多个人类（宿主）基因可能是宫颈癌的甲基化生物标志物（12），其中一些基因已得到与宫颈癌发展相关的验证（13）。HPV整合事件下组蛋白修饰的变化与附近基因和内源性逆转录病毒的上调相关（14）。基因分型和甲基化标记是客观的，即使在尿液样本（15）中，也可以与自我获得的样品一起使用（9），在低收入和中等收入设置中具有很大的优势。多个面板已被用作分类器，由数十个候选宿主基因，病毒基因或两者以及其各种组合组成（16）。众多研究表明，甲基化对宫颈上皮内肿瘤（CIN）2或更严重的病变具有有利的筛查敏感性（CIN2+或高级上皮内病变[HSIL]）作为阳性HRHPV状态的女性的三叶叶方法。甲基化测试作为宫颈癌筛查的未来方法之一。但是，大多数研究仅针对宫颈癌筛查程序中甲基化测定的分类作用，而不是其独立的诊断能力。先前的宫颈程序和子宫肾脏或卵巢疾病对细胞学甲基化测定的影响几乎没有得到研究。果酱（连接粘附分子）家族是免疫球蛋白超家族的一部分，对上皮细胞和内皮细胞的紧密连接功能有直接影响（19）。jam3已被广泛研究为粘附和移民的调节剂（20）。最近的研究揭示了JAM3在肿瘤进展过程中肿瘤生长调节中的关键作用（21）。红细胞膜蛋白蛋白4.1像3（EPB41L3），也称为蛋白4.1b/dal-1，是一种膜骨骼蛋白，参与了各种细胞骨架相关的过程。其功能包含单元格
对后...
心血管疾病（CVD）是全球死亡的主要原因，对全球国家构成了重要的医疗和经济负担（Han，2019; Sturgeon等，2019; Zhao等，2019; Townsend et el。，Townsend et al。，2022）。在CVD事件中，心肌梗塞（MI）已被证明对疾病负担和死亡率有显着贡献（Mathers and Loncar，2006; White and Chew，2008; Heidenreich等，Heidenreich等，2013）。MI后，心脏修复涉及一系列复杂的事件，包括炎症阶段，修复和增殖阶段以及成熟阶段（Prabhu和Frangogiannis，2016年）。通过组织损伤（例如细胞坏死）引发的炎症阶段触发免疫细胞的募集，从而产生强大的炎症反应以去除受损细胞和细胞外基质成分（Frangogiannis，2012）。从洪水阶段过渡到修复和增殖阶段需要多种抑制途径的激活，以减少连接后的炎症后炎症，涉及多种细胞类型和各种细胞外基质组件，例如中性粒细胞，单核细胞乳突系统和内皮细胞。这种过渡的成功对于有效修复梗塞区域至关重要（Frangogiannis，2012; Kain等，2014）。在修复和增殖阶段，炎症逐渐消退，纤维细胞转变为肌细胞表型，从而导致一系列的掺杂反应，这些反应在成熟相中以疤痕形成和新血管形成，在成熟相（Nahrendorf等人，2010年）。尽管在理解MI的发病机理和新型治疗（例如再灌注疗法和药物疗法）的发展方面取得了重大进展，但治疗MI患者仍然存在
DMRcate：甲基化阵列和测序空间分析方法
DMRcate 包 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 DMRcate-内部 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 DMResults-类 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 extractRanges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 15
STAT6融合和基因组范围的DNA甲基化分析
全基因组DNA甲基化分析（n = 80）和靶向TERT促进突变测试（n = 98）。使用NAB2 :: STAT6融合状态（n = 101案例; 51 = ex5-7 :: ex16-17，26 = ex4 :: ex4 :: ex2-3; 12 = ex2-3 :: ex2-3 :: ex2-3 :: ex2-3 :: Ex2-3 :: extany/extany/of fusion and 12 = no fusion）检查的关联。 nab2 :: STAT6融合断点（融合类型）与无转移的表面（MFS）显着相关（P = 0.03），并且在调整级别的CNS时，在多元分析中，疾病特异性生存（DSS）（p = 0.03）。 DNA甲基化分析显示了三个不同的簇：群集1（n = 38），群集2（n = 22）和簇3（n = 20）。 甲基化簇与融合类型（p <0.001）显着相关，其中2个集群携带EX4 :: EX2-3 16中的Ex2-3融合（属于20; 80.0％），几乎所有TERT启动子突变（8; 87.5％），以及主要的“ SFT”“ SFT”“ SFT”“ SFT”组织学现象（15 of 22 of 22; 68.68.68.68.2％）。 簇1和3的区别较小，均由具有EX5-7 :: EX16-17融合的肿瘤（分别为33; 75.8％的25个； 75.8％和12个; 66.7％）和可变的组织学表型。 甲基化簇与MFS显着相关（p = 0.027），但总体存活率（OS）无关。 总而言之，NAB2 :: STAT6融合类型与MFS和DSS显着相关，这表明具有EX5 :: EX16-17融合的肿瘤可能具有较低的患者结局。 甲基化簇与融合类型，TERT启动子的状态，组织学表型和MF显着相关。的关联。nab2 :: STAT6融合断点（融合类型）与无转移的表面（MFS）显着相关（P = 0.03），并且在调整级别的CNS时，在多元分析中，疾病特异性生存（DSS）（p = 0.03）。DNA甲基化分析显示了三个不同的簇：群集1（n = 38），群集2（n = 22）和簇3（n = 20）。甲基化簇与融合类型（p <0.001）显着相关，其中2个集群携带EX4 :: EX2-3 16中的Ex2-3融合（属于20; 80.0％），几乎所有TERT启动子突变（8; 87.5％），以及主要的“ SFT”“ SFT”“ SFT”“ SFT”组织学现象（15 of 22 of 22; 68.68.68.68.2％）。簇1和3的区别较小，均由具有EX5-7 :: EX16-17融合的肿瘤（分别为33; 75.8％的25个； 75.8％和12个; 66.7％）和可变的组织学表型。甲基化簇与MFS显着相关（p = 0.027），但总体存活率（OS）无关。总而言之，NAB2 :: STAT6融合类型与MFS和DSS显着相关，这表明具有EX5 :: EX16-17融合的肿瘤可能具有较低的患者结局。甲基化簇与融合类型，TERT启动子的状态，组织学表型和MF显着相关。
m6a mRNA甲基化调节早期胰腺β细胞...
该预印本版的版权持有人于2023年8月3日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.08.03.551675 doi：Biorxiv Preprint
早年逆境的 DNA 甲基化特征是暴露
动物幼年时所处的环境会影响它们一生的机能。DNA 甲基化（DNA 上沉积的化学标记，可影响基因活性）的长期变化已被假设会对早期生命产生影响。但野生动物缺乏与早期环境相关的 DNA 甲基化持续差异的证据。本文表明，野生狒狒的早期逆境可预测其成年后的 DNA 甲基化水平，尤其是对于出生在资源匮乏和干旱条件下的动物。我们还表明，我们观察到的 DNA 甲基化的一些变化能够影响基因活性水平。总之，我们的研究结果支持早期经历可以生物学地嵌入野生动物基因组中的观点。
血液中 TCF7L2 基因 DNA 甲基化变化的鉴定
TCF7L2（转录因子7样2）基因与2型糖尿病风险增加密切相关，但TCF7L2与人类体重相关性状的关联尚不清楚（Li et al. 2020）。无论年龄大小，TCF7L2基因多态性和糖尿病家族史阳性与糖尿病患者的其他风险因素高度相关（Juttada et al. 2020）。TCF7L2基因编码转录因子，在脂肪、肝脏和胰腺胰岛等多种人体组织中表达。TCF7L2参与Wnt信号通路，TCF7L2基因中单核苷酸多态性的强相关性与2型糖尿病有关（Verma et al. 2020）。数据表明rs7908486单核苷酸多态性与肥胖密切相关。该基于基因分型的研究建议在伊拉克人口的早期肥胖检测中实施 TCF7L2 rs7908486-（Mohammed 等人，2021 年）。