5-甲基胞嘧啶 (5mC) 是一种广泛存在的沉默机制,可控制基因组寄生虫。在真核生物中,5mC 在寄生虫控制之外的基因调控中发挥着复杂的作用,但 5mC 也在许多谱系中丢失了。5mC 保留的原因及其基因组后果仍不太清楚。在这里,我们表明与动物密切相关的原生生物阿帕拉契变形虫具有转座子和基因体甲基化,这种模式让人联想到无脊椎动物和植物。出乎意料的是,变形虫中高甲基化的基因组区域源自病毒插入,包括数百种内源化巨型病毒,占蛋白质组的 14%。使用抑制剂和基因组分析的组合,我们证明 5mC 可以抑制这些巨型病毒插入。此外,替代的变形虫分离株显示出多态性巨型病毒插入,突显了感染、内源化和清除的动态过程。我们的结果表明,5mC 对于新获得的病毒 DNA 与真核生物基因组的受控共存至关重要,这使得变形虫成为了解真核生物 DNA 混合起源的独特模型。