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World File Search Systempyogenes
croft-seq
图1。Croft-seq的示意图。（a）具有gDNA（橙色）的链球菌Cas9的示意图，与距离dsDNA（绿色）结合，其中包含与NGG PAM序列（黄色）近端的错配（红色）。（b）Croft-Seq工作流的简化示意图。人类基因组DNA在用Cas9核酸酶消化之前用磷酸酶处理。将所得的DNA末端选择性地绑扎到生物素化衔接子上。然后除去适配器的过量，然后将连接的DNA富含磁珠富集。除去互补的非生物素化DNA链，并合成新的第二个DNA链。所得的DNA从珠子中释放出来，并通过PCR扩增进行测序。（c）Croft-seq生物信息学分析的工作流程。成对末端读数，测序和清洁残留适配器序列，首先与参考基因组保持一致。对齐的读数，该脚本使用4 bp读取窗口搜索陡峭的读取深度变化，并优先考虑潜在的脱离目标脱离靶向的读数和目标序列相似性的双向。只有靶向位置
用于基因组编辑的 Cas9 核糖核蛋白的制备
通过递送预组装的 Cas9 核糖核蛋白 (Cas9 RNP) 进行基因组编辑是一种越来越流行的方法，适用于难以通过传统质粒和病毒方法进行遗传操作的细胞类型。Cas9 RNP 编辑稳健、精确、能够多路复用且不含遗传物质。它在细胞中的短暂存在限制了残留的编辑活性。该方案描述了通过异源表达和从大肠杆菌纯化来制备重组化脓性链球菌 Cas9 (SpCas9) 蛋白，以及通过体外转录和 PAGE 纯化合成 CRISPR 向导 RNA。SpCas9 是第一个发现的 CRISPR Cas9（Jinek 等人，2012 年），也是基因组编辑应用中最典型的 Cas 酶之一。使用这种 Cas9 RNP 配方，我们已证明通过电穿孔在原代人类 T 细胞和自然杀伤 (NK) 细胞中以及通过聚乙二醇介导的转化在真菌和植物中实现了高效的基因组编辑。我们的 Cas9 RNP 制备协议是一致且简单的，可用于其他细胞类型和生物体的基因组编辑。
NIH推动妇女健康
基本编辑工具具有多样化的编辑范围和最小化的RNA脱离目标活动，需要广泛的应用程序。然而，当前的链球菌CAS9（SPCAS9）基于腺嘌呤碱基编辑器（ABES），具有最小的RNA脱离靶向活动的活动表现出具有效率编辑活动在位置4-8的效率编辑活动的结束编辑范围。在这里，使用SPCAS9内部的域插入程序和TADA变体组合不同的域插入Pro填充域，可以识别具有多样化的编辑范围和降低RNA非目标活性的功能性ABE变体。这项研究显示的ABE变体范围缩小，扩展或移动的编辑范围，跨质探索者位置有效的编辑活动2-16。与脱氨酶工程结合使用时，ABE变体的RNA非目标活动将进一步最小化。因此，域插入程序提供了一个框架来改善和扩展ABE工具包，其与ABE工程的其他策略相结合，将来值得进行全面的探索。
来自致病空肠弯曲杆菌的无引导 Cas9......
CRISPR-Cas9 系统在人类致病菌中富集，并通过未知机制与细胞毒性相关。本文表明，空肠弯曲菌感染人类细胞后，会将其 Cas9 (CjeCas9) 核酸酶分泌到细胞质中。接下来，天然核定位信号使 CjeCas9 进入核，在那里它催化金属依赖性非特异性 DNA 切割，导致细胞死亡。与 CjeCas9 相比，化脓性链球菌的天然 Cas9 (SpyCas9) 更适合向导依赖性编辑。然而，在人类细胞中，天然 SpyCas9 仍可能造成一些 DNA 损伤，很可能是因为其 ssDNA 切割活性。这种副作用可以通过用适当的向导 RNA 饱和 SpyCas9 来完全预防，这对 CjeCas9 仅部分有效。我们得出结论，CjeCas9 在攻击人类细胞而不是病毒防御中发挥积极作用。此外，这些独特的催化特性可能使 CjeCas9 不太适合基因组编辑应用。
AAV5 CRISPR-CAS9的aav5支持小鼠肺气道中的有效基因组编辑
肺中的基因组编辑具有提供治疗蛋白的长期表达以治疗肺遗传疾病的潜力。虽然将CRISPR的有效输送到肺部仍然是一个挑战。NIH体细胞基因组编辑（SCGE）con-正在开发用于疾病组织中基因组编辑的安全有效方法。由财团成员开发的方法由SCGE小型测试中心独立验证，以建立严格和可重复性。我们已经开发了并验证了双重腺相关病毒（AAV）CRISPR平台，该病毒支持了小鼠肺气道中Lox-Stop-Stop-Stop-lox-Tomato Reporter的有效编辑。在进行AAV血清型5（AAV5）的分型链球菌Cas9（SPCAS9）和单个指南RNA（SGRNA）后，我们观察到19％ - 26％的番茄阳性细胞，包括俱乐部和纤毛粘性的上皮细胞类型。这个高效的AAV输送平台将有助于研究肺部和其他组织类型中的治疗基因组编辑。
鉴定元素组对EH CRISPR -CAS9系统及其在基因组工程中的应用
抽象的非编码RNA（CRRNA）是由定期间隔短的短膜重复序列（CRISPR）基因座（CRISPR）基因座和与CRISPR相关的（CAS）的（CAS）的蛋白形成的，形成了crispr-CAS系统形成的复合物，这些复合物形成了与CAS-CataLe creeavage crre creage creeavage crrecry crrecry creeaveage crecrecry crrecry creeavage物质相互作用的相互作用的相互作用的creve criss cospectes。这些核糖蛋白启用的核酸易于编程的靶向促进了基于CRISPR的分子生物学工具的实施，用于体内和DNA和RNA靶标的体外修饰。尽管到目前为止鉴定出靶向DNA的Cas核酸酶的多样性，但在Pyogenes链球菌SPCAS9的天然和工程衍生物是基因组工程中最广泛使用的，至少部分是由于它们的CATA-LECALLYTIC稳健性以及一个异常短的图案（5''-ngg-ngg-3'''Pam）farnk sequence。但是，SPCAS9变体的大尺寸会损害该工具向真核细胞的传递，并且需要较小的替代品。在这里，我们在元基因组中识别与较小的CAS9蛋白（EHCAS9）相关的新的CRISPR-CAS9系统，该系统靶向以5'-NGG-3'PAM为两侧的DNA序列。我们开发了一种简化的EHCAS9工具，该工具专门切割DNA靶标，可用于原核生物和真核细胞中的基因组编辑应用。
CROPseq-multi
正向遗传筛选试图通过系统地扰动遗传元素并观察由此产生的表型来解剖复杂的生物系统。虽然标准筛选方法引入了单个扰动，但多重扰动可提高单靶筛选的性能，并实现用于研究遗传相互作用的组合筛选。当前用于多重扰动的工具与需要嵌入 mRNA 条形码的汇集筛选方法不兼容，包括一些显微镜和单细胞测序方法。在这里，我们报告了 CROPseq-multi 的开发，这是一种受 CROPseq 1 启发的慢病毒系统，用于多重化脓性链球菌 (Sp) Cas9 扰动和嵌入 mRNA 条形码。CROPseq-multi 具有与 CROPseq 相同的每引导活性和较低的慢病毒重组频率。 CROPseq-multi 与富集筛选方法和光学池筛选兼容，并可扩展到具有单细胞测序读数的筛选。对于光学池筛选，优化和多路复用的原位检测方案可将条形码检测效率提高 10 倍，能够检测重组事件，并将解码效率提高 3 倍（相对于 CROPseq）。CROPseq-multi 是一种广泛适用的多路复用解决方案，适用于各种基于 SpCas9 的遗传筛选方法。
AAVpro® CRISPR/SaCas9 系统用户手册
I. 简介 AAVpro CRISPR/SaCas9 系统用于制备腺相关病毒 (AAV) 载体，以将编码 CRISPR/SaCas9 介导的基因组编辑所需成分的基因 [即单向导 RNA (sgRNA) 和 SaCas9 核酸酶] 递送至哺乳动物细胞。这种基于 AAV 的单载体系统使用来自金黄色葡萄球菌的 Cas9 (SaCas9)，其编辑效果与更常用的化脓性链球菌 Cas9 (SpCas9) 相似，但短约 1 kb。通过使用较小的 SaCas9，可以将 SaCas9 和 sgRNA 序列装入单个载体中，并在体外和体内对多种哺乳动物细胞实现有效的基因组修饰。 AAVpro CRISPR/SaCas9 无辅助系统 (AAV2)（货号 632619）是一个完整的系统，包含用于构建定制设计的 sgRNA 表达质粒和制备 AAV 颗粒的试剂。AAVpro CRISPR/SaCas9 载体系统（货号 632618）包含与货号 632619 相同的组件（包装系统除外）；详细信息在第 II 部分“组件列表”中列出。
评估螺旋藻的原油提取物针对...
在过去几年中，摘要生物控制和使用藻类提取物作为抗菌物质的概念已广泛接受。因此，本研究旨在确定螺旋藻浮游生物的抗菌活性，并通过HPLC分析氨基酸的分析。为了实现此目标，已将两种不同的有机溶剂用于螺旋藻的提取物，即乙醇和乙酸乙酯。，。 本研究的结果宣布，乙醇对螺旋杆菌的原油提取物的抗菌活性比乙酸乙酯更有效，最高的抑制区针对白色念珠菌（乙醇溶剂）为19.5mm（乙醇溶剂），估计的蛋白质百分比为18.12％的螺旋脂脂磷脂的干燥重量为18.12％。 关键字：氨基酸，抗菌，螺旋藻铂，乙醇和乙酸乙酯。。本研究的结果宣布，乙醇对螺旋杆菌的原油提取物的抗菌活性比乙酸乙酯更有效，最高的抑制区针对白色念珠菌（乙醇溶剂）为19.5mm（乙醇溶剂），估计的蛋白质百分比为18.12％的螺旋脂脂磷脂的干燥重量为18.12％。关键字：氨基酸，抗菌，螺旋藻铂，乙醇和乙酸乙酯。
脑心输注 cm1135
使用最佳接种物稀释对照培养基的微生物测试：胰蛋白胨大豆琼脂、富含 5％ v/v 马血的哥伦比亚血琼脂基质、富含 5％ v/v 巧克力马血的哥伦比亚血琼脂基质或 Sabouraud 葡萄糖琼脂（视情况而定）在 37±2°C 下孵育 18 小时后的反应培养基受到 10-100 个菌落形成单位的攻击化脓性链球菌 ATCC® 19615 浑浊生长肺炎链球菌 ATCC® 6303 浑浊生长肺炎链球菌 ATCC® 6305 浑浊生长粪肠球菌 ATCC® 19433 浑浊生长铜绿假单胞菌 ATCC® 27853 浑浊生长可见生长代表满意结果。在厌氧条件下 37 ± 2°C 培养 18 小时后的反应（有关详细信息，请参阅 Oxoid 手册 - 大气生成系统） 培养基中出现 10-100 个菌落形成单位 肺炎链球菌 ATCC® 6305 浑浊生长 可见生长代表满意的结果。 在 37 ± 2°C 培养 48 小时后的反应 培养基中出现 10-100 个菌落形成单位 白色念珠菌 ATCC® 10231 浑浊生长 可见生长代表满意的结果。