XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System外显子
声音学习的神经分子和转基因模型
图 1 P. discolor 基因组的改进基因注释。UCSC 基因组浏览器截图展示了具有各种改进的基因座示例，包括注释 (A) 先前注释中缺失的基因；CNTNAP2 ，(B) 新外显子；FOXP2 ，(C) 改进的 UTR；THSD1 ，和 (D) 替代异构体；GABRP 。在每个面板中，顶部轨道（浅蓝色）表示 Jebb 等人 2020 年报告的先前注释，第二条轨道（黑色）报告当前研究的更新注释。蓝色和红色的附加轨道表示支持当前注释的实验证据。水平线表示预测或观察到的基因座。垂直线或粗矩形表示通过预测或功能数据识别的外显子。较细的矩形表示从第一个外显子（5'UTR）或最后一个外显子（3'UTR）延伸出来的非翻译区（UTR）。箭头表示编码区（外显子）之间的非编码序列（内含子）和基因组中的编码方向。每个基因下方标有以千碱基 (kb) 为单位的比例尺。
通过 CRISPR / Cas9D10A 切口酶生成两种 Nr2e3 小鼠模型的数据
NR2E3 编码一个孤儿核受体，该受体在光感受器中起转录激活剂和抑制剂的双重功能，是视锥细胞命运抑制以及视杆细胞分化和体内平衡所必需的。该基因突变会导致色素性视网膜炎 (RP)、增强型 S 视锥综合征 (ESCS) 和 Goldmann-Favre 综合征 (GFS)。据报道，一种 Nr2e3 异构体包含所有 8 个外显子，第二种 — 以前未报道 — 较短的异构体仅跨越前 7 个外显子，其功能仍然未知。在这篇数据文章中，我们通过使用 CRISPR/Cas9-D10A 切口酶靶向 Nr2e3 的外显子 8 设计并生成了两种新型小鼠模型，以剖析这两种异构体在 Nr2e3 功能中的作用并阐明 NR2E3 突变引起的不同疾病机制。这种策略产生了几个经过修饰的等位基因，改变了最后一个外显子的编码序列，从而影响了转录因子的功能域。等位基因 27 是 27 bp 的框内缺失，消除了二聚化域，而等位基因 E8（外显子 8 的完全缺失）只产生了缺乏二聚化和抑制域的短同种型。两者的形态和功能改变
星形细胞瘤的临床病理学和分子特征
结果：本研究纳入4例女性患者，年龄从8岁到44岁不等。1例患者的肿瘤位于右顶叶，另3例患者的肿瘤位于脊髓。组织学通常以星形母细胞的假菊形团和血管透明变性为特征。这些肿瘤表现出与传统颅内星形母细胞瘤相似的生长方式，4例患者的组织学表现均为高级别，表现为肿瘤细胞高密度区或坏死。免疫组化染色显示4例患者均表达OLIG2、EMA和波形蛋白，3例患者还表达GFAP和S-100。3例患者的Ki-67阳性指数约为15%，1例患者约为10%。使用分离探针的荧光原位杂交（FISH）显示3例患者存在EWRS1断裂，1例患者存在MN1断裂。进一步的DNA或RNA靶向双等位基因测序发现病例1存在EWSR1(外显子1-7)-BEND2(外显子2-14)融合，病例2存在EWSR1(外显子1-7)-BEND2(基因间)融合。病例3存在EWSR1(外显子1-7)-NUDT10(基因间)融合，病例4存在MN1(外显子1)-BEND2(外显子2)融合。EWSR1-NUDT10基因融合是星形母细胞瘤的一种新融合类型。患者的随访时间分别为76.5、17.6、33.7和61.3个月。3例在脊髓部位出现肿瘤复发，病例4出现多发性复发。
剪接修饰药物的特异性、协同作用及机制
标题：剪接修饰药物的特异性、协同作用和机制作者：Yuma Ishigami 1,*、Mandy S. Wong 1,†,*、Carlos Martí-Gómez 1、Andalus Ayaz 1、Mahdi Kooshkbaghi 1、Sonya Hanson 2、David M. McCandlish 1、Adrian R. Krainer 1,‡、Justin B. Kinney 1,‡。附属机构：1. 冷泉港实验室，纽约州冷泉港，邮编 11724，美国。2. Flatiron 研究所，纽约州纽约，邮编 10010，美国。注：* 同等贡献。† 现地址：Beam Therapeutics，马萨诸塞州剑桥，邮编 02142，美国。 ‡ 通讯：krainer@cshl.edu (ARK)、jkinney@cshl.edu (JBK)。摘要：针对前 mRNA 剪接的药物具有巨大的治疗潜力，但对这些药物作用机制的定量理解有限。在这里，我们介绍了一个生物物理建模框架，可以定量描述剪接修饰药物的序列特异性和浓度依赖性行为。使用大规模并行剪接分析、RNA 测序实验和精确剂量反应曲线，我们将该框架应用于两种用于治疗脊髓性肌萎缩症的小分子药物 risdiplam 和 branaplam。结果定量地确定了 risdiplam 和 branaplam 对 5' 剪接位点序列的特异性，表明 branaplam 通过两种不同的相互作用模式识别 5' 剪接位点，并反驳了 risdiplam 在 SMN2 外显子 7 处活性的现行双位点假说。结果还更普遍地表明，单药协同作用和多药协同作用在促进外显子插入的小分子药物和反义寡核苷酸药物中广泛存在。因此，我们的生物物理建模方法阐明了现有剪接修饰治疗的机制，并为合理开发新疗法提供了定量基础。简介 替代性前 mRNA 剪接已成为药物开发的主要焦点 1-11。美国食品药品管理局批准的首个剪接校正药物是 nusinersen (又名 Spinraza™)，它是一种反义寡核苷酸 (ASO)，用于治疗脊髓性肌萎缩症 (SMA) 12–14。Nusinersen 通过结合 SMN2 前 mRNA 内含子 7 中的互补位点发挥作用，从而阻断剪接抑制剂 hnRNPA1/A2 的 RNA 结合，促进 SMN2 外显子 7 的包含，并挽救全长 SMN 蛋白表达。由于 nusinersen 分子较大且带负电荷，因此无法有效穿过血脑屏障，而是通过鞘内输送到脑脊液 14。小分子药物 risdiplam (又名 Evrysdi™ 或 RG7916；图 1A) 也被批准用于治疗 SMA 15–17。与 nusinersen 一样，risdiplam 可挽救 SMN2 外显子 7 的插入。与 nusinersen 不同，risdiplam 能够穿过血脑屏障，可以口服。结构数据显示，risdiplam 可结合并稳定由 5' 剪接位点 (5'ss) RNA 和 U1 snRNP 在特定 5'ss 序列处形成的复合物 18,19 。不过，RNA 序列编程 risdiplam 活性的定量方式尚未确定。使问题复杂化的是，两项研究表明 risdiplam 通过与外显子 7 内的第二个 RNA 位点结合进一步刺激 SMN2 外显子 7 的包含 18,20 ，并且该第二个 RNA 结合位点的存在显着增加了 risdiplam 对 SMN2 外显子 7 相对于人类转录组中所有其他 5'ss 的特异性。这种双位点假说已成为 risdiplam 药理特异性的主流解释 1,19,21–50 。然而，risdiplam 识别该第二个 RNA 位点的机制仍不清楚，该第二个 RNA 位点对 risdiplam 激活 SMN2 外显子 7 的定量影响也不清楚。第二种小分子药物 branaplam (又名 NVS-SM1 或 LMI070；图 1B) 也通过将 U1/5'ss 复合物靶向特定的 5'ss 序列来促进 SMN2 外显子 7 的包含 18,51,52。Branaplam 最初是为治疗 SMA 而开发的，但似乎比 risdiplam 具有更多的脱靶效应 18,21，因此不再用于此适应症 53。根据 risdiplam 的双位点假说，有人提出，相对于 risdiplam，branaplam 的脱靶行为增加至少部分是由于 branaplam 不与 SMN2 外显子 7 内的第二个位点结合 18。幸运的是，branaplam 的一个脱靶效应是激活基因 HTT 中的毒性伪外显子。因此，branaplam 被提议作为亨廷顿氏病的潜在治疗方法 54–57。 branaplam 的另一个脱靶位点，即基因 SF3B3 中的伪外显子，也布拉纳普兰不与 SMN2 外显子 7 18 内的第二个位点结合。巧合的是，布拉纳普兰的一个脱靶效应是激活基因 HTT 中的有毒伪外显子。因此，布拉纳普兰已被提议作为亨廷顿氏病的潜在治疗方法 54–57 。布拉纳普兰的另一个脱靶效应，即基因 SF3B3 中的伪外显子，也布拉纳普兰不与 SMN2 外显子 7 18 内的第二个位点结合。巧合的是，布拉纳普兰的一个脱靶效应是激活基因 HTT 中的有毒伪外显子。因此，布拉纳普兰已被提议作为亨廷顿氏病的潜在治疗方法 54–57 。布拉纳普兰的另一个脱靶效应，即基因 SF3B3 中的伪外显子，也
细胞介导的外显子跳过在新的小鼠肌肉营养不良的新小鼠模型中，肌营养不良蛋白的表达和肌肉功能
细胞治疗肌营养不良症的成功率有限，这主要是由于供体细胞的植入不良，尤其是在疾病晚期阶段的纤维性肌肉。我们开发了一种细胞介导的外显子跳过，该外显子跳过，利用了肌纤维的多核性质，以通过U7小型核RNA进行跳过肿瘤基因的51外显子的外显子，以实现居民的dysentent dys-营养性核的交叉校正。我们观察到，遗传校正的人DMD肌原性细胞（但不是WT细胞）的共同培养，其营养不良的对应物的比例为1:10或1:30，导致肌营养不良蛋白在一个水平上产生的水平比简单稀释预测的高几个水平。这是由于U7 SnRNA扩散到邻近营养不良的居民核。当移植到带有外显子51突变的NSG-MDX-δ51MITE中时，遗传校正的人肌生成细胞在治疗范围内会产生比WT细胞高得多的肌营养不良蛋白的水平，并且即使仅3-5％的急诊量也会导致势能恢复。这种肌营养不良蛋白的水平是迈向细胞疗法临床效率的重要一步。
多种内分泌肿瘤2型2中有什么新功能？
ret（转染后重新排列）原癌基因在1985年被发现为癌基因。1 RET癌基因位于染色体10（10q.11.2）上的编码酪氨酸激酶家族的受体，这对于神经系统的发展以及源自神经crest的器官和组织的发展很重要。3种RET形式中的每一个都由3个不同的转录本编码。3个成绩单都有ER EXON 19；但是，随着外显子19的3'端的可变剪接，它们形成未剪接的外显子19，外显子20和外显子21。RET同工型具有9（RET9），51（RET51）和43（RET43）氨基酸C末端末端，由这些转录本编码。体内主要同工型为ret9和ret51，分别由1072和1114氨基酸组成。尽管在大多数组织中共表达，但这两种同工型具有不同的发育作用和基因表达谱，这意味着在细胞细胞接触途径调节中可能存在差异。2,3
WES医生Eng_17x17_sb_preview_digital
医疗遗传学整个外显子组测序解码和发现（WES DECODE＆DISCOVE）分析是一项全面的基因检测，研究了约20,000个基因的编码区域（外显子）。虽然外显子仅占人类基因组的1-2％，但所有已知引起疾病的突变中有85％位于外显子区域。准确检测引起疾病的突变可以改善临床管理和有益的疗法，减轻或缓解患者的症状并造福其生活质量。通过WES分析，可以更快地实现诊断，避免进行广泛，昂贵和冗长的连续测试。
引用Stamatiadis，P.，Cosemans，G.，Boel，A.，Menten，B.，Sutter，P。De，P. de，Stoop，D.，…Heindryckx，B。（2022）。 tead4调节滋养剂差异对外显子疗法的下一步进行Duchenne肌肉营养不良
摘要简介：确定外显子的方法可以恢复Duchenne肌肉营养不良（DMD）患者的肌营养不良蛋白。但是，肌营养不良蛋白的恢复水平较低，并且该领域正在发展以提供改善外显子跳过的解决方案。dmd是一种与慢性肌肉组织丧失相关的神经肌肉疾病，归因于缺乏肌营养不良蛋白，导致肌肉炎症，纤维化形成和再生受损。目前，美国食品和药物管理局批准了基于磷二次化的磷脂型化学（PMO）化学的四个反义寡核苷酸（AONS），用于对符合条件的DMD患者的外显子跳过疗法。涵盖的领域：本综述描述了临床前和临床经验，并在DMD上批准了新开发的AONS，概述了为提高AON效率的努力，审查了临床试验的挑战，并总结了DMD领域外显子跳过方法的当前状态。专家意见：DMD的外显子跳过方法正在开发中，并且（前）临床研究的几种化学修饰都在进行（预）范围内。尽管存在这些修改的现有优势，但必须在计划或正在进行的临床试验中检查其安全性和有效性。此外，我们提出使用自然历史控制的临床环境，以促进研究治疗的功能效应。
生成Zeb2不足的人IPSC线（...
智力残疾，癫痫，赫希斯普朗氏病和各种先天性畸形（Garavelli and Mainardi，2007年）。此外，Zeb2的过表达与不同形式的癌症的进展有关（Fardi等，2019）。虽然已经对Zeb2蛋白的功能进行了广泛的研究，但目前缺乏可用的Zeb2缺乏的人类细胞模型，无法在胚胎发育过程中进一步删除Zeb2依赖性调节网络，并且可以取消抗癌药物的发展。为此，我们使用CRISPR/CAS9介导的编辑系统生成了人类IPSC线，耗尽了Zeb2蛋白（表1）。我们分别应用了两个靶向Zeb2外显子5和外显子6的GRNA（图1 a），在父母IPSC线上Kicri002a（表1;（Uhlin等，2017）。通过LiPofection将包含两个GRNA的构建体引入IPSC系，并通过荧光激活的细胞分选（FACS）选择转染的细胞以表达绿色荧光蛋白。单细胞克隆在LN521上扩展，并通过基因组DNA上的Sanger测序分析基因编辑。分析显示了具有纯合790 bp缺失的克隆线kicri002a-4，跨越了内含子5和外显子5和6的一部分（chr2：g.144,404,077 - 144,404,404,404,867del;1 a;补充。图1 A-B）。 外显子5和外显子6的其余部分被融合，预测氨基酸194上的截短的Zeb2 mRNA，其截短的Zeb2 mRNA（PTC）（P.THR188888888888888888888888;图1 A-B）。外显子5和外显子6的其余部分被融合，预测氨基酸194上的截短的Zeb2 mRNA，其截短的Zeb2 mRNA（PTC）（P.THR188888888888888888888888;图1 a）。与136PTC位于编码N末端锌指（NZF）域的区域以及更C末端的R-SMAD结合域（SBD），CTBP相互作用结构域（CID）（CID）和C-末端的c-terminal Zinc Zinc Finger（CZF（CZF）和Homeododomain（例如Domains）（epifa）（epifa）。
PD-L1 表达的流行率和预后价值...
目的：评估未接受免疫疗法治疗的晚期宫颈癌患者中程序性死亡配体 1 (PD-L1) 表达和肿瘤突变负荷 (TMB) 的患病率和预后作用。方法：回顾性收集韩国峨山医疗中心 2008 年 1 月 1 日至 2016 年 12 月 31 日的医疗记录中的临床资料；对存档的肿瘤样本进行 PD-L1 表达 (综合阳性评分 [CPS] ≥1) 和 TMB (≥175 个突变/外显子组) 评估。总生存期 (OS) 定义为从晚期诊断或开始一线或二线全身治疗到死亡/最后一次随访的时间。使用对数秩检验和调整协变量的 Cox 比例风险模型分析 OS 与 PD-L1 表达和 TMB 的关联。结果：267 例患者中，76.0% 为鳞状细胞癌 (SCC)，24.0% 为腺癌 (AC)/腺鳞癌 (ASC)，64.4% 为 PD-L1 CPS ≥1，32.6% 为 TMB ≥175 突变/外显子组。PD-L1 CPS ≥1 和 TMB ≥175 突变/外显子组在 SCC 中比在 AC/ASC 中更普遍（73.9% 和 37.2% vs. 34.4% 和 17.7%）。OS 与 PD-L1 表达之间无相关性（CPS ≥1 vs. <1：从晚期诊断开始的调整风险比 [HR]=1.14；95% 置信区间 [CI]=0.84–1.53）； TMB ≥175 突变/外显子组亚组的 OS 趋势比 <175 突变/外显子组亚组的 OS 趋势更短（调整后的 HR=1.29；95% CI=0.95–1.75）。结论：对未接受免疫疗法治疗的晚期宫颈癌患者的回顾性分析表明，SCC 中 PD-L1 CPS ≥1 和 TMB ≥175 突变/外显子组的患病率高于 AC/ASC。PD-L1 CPS ≥1 与 OS 无关；TMB ≥175 突变/外显子组显示出 OS 更短的趋势。需要进一步研究来证实这些发现。