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黄酮类化合物及其衍生物作为 DNA 拓扑异构酶抑制剂在不同细胞模型中具有抗癌活性：探索一种新的作用方式
a 罗兹医科大学医学生物学系，波兰罗兹 90 – 151，穆申斯基戈 1 号，罗兹 90 – 214，罗兹医科大学经济与医学信息学系，波兰罗兹 90 – 214，罗兹医科大学生物无机化学系，波兰罗兹 90 – 151，穆申斯基戈 1 号，罗兹 90 – 151，罗兹医科大学医学生物学系学生研究组，波兰罗兹 90 – 151，罗兹医科大学医学生物学系学生研究组，波兰罗兹大学生物与环境保护学院分子生物技术和遗传学系学生研究组，波兰罗兹巴纳恰 12/16 号，罗兹 90 – 237，罗兹大学，滨海环境与社会 UMRi CNRS 7266 LIENSs，拉罗谢尔大学，拉罗谢尔 17042，法国 g波兰罗兹大学生物与环境保护学院分子遗传学系，波莫瑞县 141/143，罗兹 90 – 236 h 波兰罗兹大学生物与环境保护学院分子生物技术与遗传学系，巴纳恰 12/16，罗兹 90 – 237
DNA拓扑异构酶I充当大肠杆菌中转录伸长的超螺旋传感器
DNA topoisomerase I acts as supercoiling sensor for transcription elongation in E. coli Authors: Vita Vidmar 1,2,3,4,# , Céline Borde 5,# , Lisa Bruno 5 , Maria Takacs 1,2,3,4 , Claire Batisse 1,2,3,4 , Charlotte Saint-André 1,2,3,4 , Chengjin Zhu 1,2,3,4，OlivierEspéli5，ValérieLamour1,2,3,4，*和Albert Weixlbaumer 1,2,3,4，*摘要：当DNA转录为RNA时，DNA Double Helix会不断解开，并为RNA Polymerase（RNAP）提供访问权限（RNAP）。由于RNAP的下游和上游的DNA过度和扭转，这将诱导DNA超螺旋作为转录长度的函数。使用单粒子冷冻EM和体内测定法，我们研究了细菌RNAP和DNA拓扑异构酶I（topoi）之间的关系，该酶消除了RNAP上游积累的负超高。topoi与RNAP的放松DNA上游结合，表明具有感官作用，等待负超级锅的形成，并涉及托皮伊（Topoi）功能域中的构象转换。在DNA底物上模仿了否定超螺旋的DNA，topoi螺纹将一条线束进入活跃位点进行裂解，同时将互补链与辅助结构域结合。，我们在转录RNAP的背景下提出了一个用于DNA松弛的综合模型。1综合结构生物学系，Institut degénétiqueet de BiologieMoléculaireet Cellulaire（IGBMC）2UniversitédeStrasbourg
拓扑异构酶 2B 和层蛋白 B 受体对基因组-核纤层相互作用的协调控制
层蛋白（NL）。控制基因组与 NL 相互作用的因素在很大程度上仍然难以捉摸。在这里，我们确定 DNA 拓扑异构酶 2 beta（TOP2B）是这些相互作用的调节器。TOP2B 主要与 LAD 间（iLAD）染色质结合，其消耗导致 LAD 和 iLAD 之间的基因组分区部分丢失，这表明其活性可能保护特定 iLAD 免于与 NL 相互作用。TOP2B 消耗对 LAD 与层蛋白 B 受体（LBR）相互作用的影响大于与层蛋白的相互作用。尽管两种蛋白质在基因组中的位置不同，但 LBR 消耗的表型模拟了 TOP2B 消耗的影响。这表明在 NL 组织基因组的互补机制。事实上，TOP2B 和 LBR 的共同消耗会导致部分 LAD/iLAD 倒置，反映了致癌基因诱导衰老的典型变化。我们提出，由 iLAD 中的 TOP2B 和 LAD 中的 LBR 控制的协调轴维持着基因组在 NL 和核内部之间的划分。关键词：层粘连结构域、DNA 拓扑结构、DNA 拓扑异构酶、基因组组织、核外围、层粘连蛋白 B 受体、NE 系链。重点：
拓扑异构酶抑制剂的最新发展
核酸拓扑异构酶（顶部）是一种进化保守的机制，可以解决DNA和RNA中拓扑问题，这在历史上一直是化学治疗靶标的。在临床试验中的趋势提高期间，我们确定了涉及顶级抑制剂的临床试验数量很高，促使我们进一步评估了这类治疗剂的当前状态。总共确定了233个具有最大抑制活性的独特分子。在这篇综述中，我们概述了临床药物开发的概述，强调了当前临床用途的进步，并讨论了新型药物以及正在开发的临床。多种细菌感染以及固体和血液学肿瘤代表了大部分临床认可的适应症。抗菌顶部抑制剂和蒽环类药物介导的心脏毒性的负ADR概况和耐药性是抗肿瘤上最高抑制剂中的心脏毒性，这是关注的主要点，但要进行持续的研究工作。正在进行的发展继续关注细菌感染和癌症。然而，在新型药物类别和以前发现的适应症（例如多形胶质母细胞瘤或艰难梭菌感染）方面有一定程度的多样化。临床前研究也表明了病毒，原生动物，寄生和真菌感染的潜力，并暗示了新型靶标TOP IIIβ的出现。由于出现了大量的实验性顶部抑制剂，我们预测了该领域的进一步增长和多样化。
立体异构体同型和异核虹膜（III）配合物具有3-氧化剂桥桥配体及其在OLEDS
配体可以充当两个采用n ˆ o - 和o o o - 螯合模式的虹膜中心的辅助配体。为了调整这种双核复合物中激发态的能量，2-（2,4-二苯基）吡啶（HDFPPY）和2-苯基苯甲苯二唑（HPBTZ）（HPBTZ）用作环的配体，以分别与蓝色 - 或橙色的Homo-emissive yy-yy-emissive-yy-emissive yy-yy-emissive-yyy-yyy-yyy-yyy-yyy-yyys and yyys一起使用[ir（dfppy）2] 2（pico）和[ir（pbtz）2] 2（pico）。此外，在第一次，也获得了短桥的杂粒元素化的双核配合物（通过和yb，带有公式[ir（dfppy）2]（pico）[ir（pbtz）2]和[ir（pbtz）2]和[ir（pbtz）2] 2]（pico）2]（pico）[ir（pico）[ir（dfpppy）2]）。取决于在小脚桥桥的两侧的环数配体的相互排列，获得了两对非映异构体的夫妻并有效地分离，如NMR和DFT研究所证明的那样。报道的双核复合物具有高度发光量子产率（PLQY）高达67％的高度发射，与其单核类似物（B和Y）相当。由于其氧化还原过程的完全可逆性，所有复合物也在溶液处理的有机发光二极管中进行了测试，从而提供了基于异核 - 核环含量硫化锂（III）配合物的独特OLED。
以 DNA 拓扑异构酶 I 为靶点，对中药化合物进行计算筛选和分子对接，设计潜在的抗癌药物
每年，全球有成千上万的人因癌症发病率和死亡率上升而受苦。此外，癌症患者的治疗选择也很昂贵，而且抗癌药物往往疗效较低且副作用较大。DNA拓扑异构酶可以作为已确定的癌症靶点，因为人类拓扑异构酶（Top1）在有丝分裂后阶段调节基因转录，并在复制和修复过程中在DNA超螺旋中起关键作用。因此，在药物治疗过程中，阻断Top1可能对抑制癌细胞增殖至关重要。这里，通过虚拟筛选对中药化合物进行了筛选。中药库的虚拟筛选过程使得能够根据结合能（-7.1至-9.3Kcal/mol）将化合物列表缩小到29种化合物，而在Lipniski过滤之后，使用MM/PB（GB）SA过滤来筛选剩下的22种化合物，并根据结合自由能选出前四种化合物。这里，这四种化合物； CID-65752（T2972：吴茱萸次碱）、CID-5271805（T4S2126：银杏黄素）、CID-9817839（T2S2335：脱氢吴茱萸碱）和CID-51106（T3054：达伍里索林）在分子对接过程中的结合能分别为-8.2、-8.5、-8.3和-8.2，高于其他化合物。在这四个化合物中，ADMET筛选未发现两个筛选化合物CID-5271805和CID-9817839的毒性特征。此外，药物-蛋白质复合物的SASA（溶剂可及表面积）、Rg（回转半径）、RMSD（均方根偏差）和RMSF（均方根波动）轮廓在分子动力学模拟研究中揭示了化合物的稳定性和刚性。然而，这些研究需要通过实验方法进行验证，以开发更有效的抗癌药物。
RNA与拓扑异构酶I相互作用以调整DNA拓扑
Mannan Bhola, 1 , 2 , 8 Kouki Abe, 1 , 2 , 8 Paola Orozco, 3 Homa Rahnamoun, 3 Pedro Avila-Lopez, 1 , 2 Elijah Taylor, 4 Nefertiti Muhammad, 1 , 2 Bei Liu, 6 Prachi Patel, 1 , 2 John F. Marko, 4 Anne C. Starner, 5 Chuan He, 6 , 7 Eric L. Van Nostrand，5 Alfonso Mondrago´n，4和Shannon M. Lauberth 1，2，2，2，9， * 1 Simpson Querrey Querrey Epecenetics，Feinberg医学院，西北大学，芝加哥，伊利诺伊州60611，美国60611，美国2 of Molecular Biology, University of California, San Diego, 9500 Gilman Drive, La Jolla, CA 92093, USA 4 Department of Molecular Biosciences, Northwestern University, Evanston, IL 60208-3108, USA 5 Verna & Marrs McLean Department of Biochemistry & Molecular Pharmacology and Therapeutic Innovation Center, Baylor College of Medicine, Houston, TX, USA 6 Department of Chemistry, Department of Biochemistry and Molecular Biology, Institute for Biophysical Dynamics, The University of Chicago, Chicago, IL 60637, USA 7 Howard Hughes Medical Institute, The University of Chicago, Chicago, IL 60637, USA 8 These authors contributed equally 9 Lead contact *Correspondence: shannon.lauberth@northwestern.edu https://doi.org/10.1016/j.molcel.2024.07.032
引用发布版本（APA）：Ntelopoulos，A。和Nasrolllahi，K。（2024）。呼叫：级联自动编码器和视频异构的大型语言模型
摘要 - 本文使用3D深度自动编码器和大型视觉语言模型（LVLM）介绍了一种新方法，以弥合视频数据和多模式模型之间的差距，以进行视频异常检测。该研究探讨了先前架构的局限性，尤其是在遇到分布外实例时缺乏专业知识。通过在同一管道中集成自动编码器和LVLM，该方法可以预测异常的存在并提供详细的解释。此外，这可以通过采用二进制分类并自动提示新查询来实现。测试表明，系统的推论能力为工业模型的缺点提供了有希望的解决方案。但是，缺乏用于异常检测的高质量指导遵循视频数据需要一种弱监督的方法。公认的LLM领域的当前局限性，例如物体幻觉和低物理学感知，突出了需要进一步研究以改善视频异常检测域的模型设计和数据质量。
生物催化酶 - 异构酶
异构酶有一个经验丰富的生物过程开发团队，他们与化学和合成生物学团队建设性地合作，以开发有效的，具有成本效益的方法，生产生物制药和基于生物的产品。它涵盖了广泛的活动，包括发酵优化，下游处理，分析监测，技术转移，技术经济建模，并通过设计原理通过质量通过质量进行增强的实验，将开发工具应用于较高的风险技术领域，快速跟踪进度和确保强化的过程可以进行综合准备。我们拥有创新的技术，例如我们的HIMASS（高通量微量尺寸分析筛选系统）平台，该平台生成了代表性的预测模型，以快速有效地筛选酶技术。我们可以以克至千克量表提供支持研究计划的材料。