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World File Search System重排
靶标富集纳米孔测序和从头组装揭示了 CRISPR-Cas9 在人类细胞中诱导的复杂靶标基因组重排同时发生
CRISPR-Cas9 系统被广泛用于通过双向导 RNA 永久删除基因组区域。CRISPR-Cas9 可能会引起基因组重排，但持续的技术发展使得表征复杂的靶向效应成为可能。我们将创新的基于液滴的靶向富集方法与长读测序相结合，并将其与定制的从头序列组装相结合。这种方法使我们能够在靶向基因组位点内以千碱基规模剖析序列内容。我们在此描述了 Cas9 造成的广泛基因组破坏，包括靶区域基因组重复和倒位的等位基因共存，以及外源 DNA 的整合和聚集的染色体间 DNA 片段重排。此外，我们发现这些基因组改变导致功能异常的 DNA 片段并可改变细胞增殖。我们的发现拓宽了 Cas9 删除系统的结果范围，强调了细致的基因组验证的必要性，并引入了一种数据驱动的工作流程，能够以更高的分辨率详细剖析目标序列内容。
高度重排的非洲假鳃鳉鱼核型中卫星 DNA 基序保守，间质端粒位点缺乏
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据 提供（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2023 年 3 月 29 日发布。；https://doi.org/10.1101/2023.03.28.534604 doi：bioRxiv 预印本
分子细胞遗传学法和CMA
结构变化的精确识别对于准确的基因型 - 表型相关性很重要。分子细胞遗传学技术，例如荧光原位杂交（FISH）和微阵列CGH，已演变为识别此类基因组重排的强大诊断工具。
安全性和有效性数据摘要 (SSED)
FoundationOneCDx (F1CDx) 是专门作为实验室服务进行的，使用从福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤样本中提取的 DNA。该检测采用两种提取方法（DNAx 或 CoExtraction，一种自动化 DNA/RNA 共提取方法）从常规 FFPE 活检或手术切除标本中提取 DNA；50-1000 ng DNA 将进行全基因组散弹枪文库构建和基于杂交的捕获，捕获 309 个癌症相关基因的所有编码外显子、一个启动子区域、一个非编码 (ncRNA) 以及 34 个常见重排基因的选定内含子区域，其中 21 个还包括编码外显子（有关 F1CDx 中包含的基因的完整列表，请参阅表 2 和表 3）。因此，该检测总共可检测到 324 个基因的变异。使用 Illumina® HiSeq 4000 平台，杂交捕获选定文库可测序至高均匀深度（靶向 > 500X 中值覆盖率，覆盖率 > 100X 时外显子覆盖率 > 99%）。然后使用定制分析流程处理序列数据，该流程旨在检测所有类型的基因组改变，包括碱基替换、插入/缺失、拷贝数改变（扩增和纯合缺失）和选定的基因组重排（例如基因融合）。表 2 中列出的目标基因之一的重排可与其唯一标识的基因组伴侣一起报告，后者可以是任何基因
癌症治疗评论
识别分子致癌驱动因素对于精准肿瘤学至关重要。涉及和激活受体酪氨酸激酶 (RTK) 的基因重排（包括基因融合和基因扩增）在实体肿瘤中反复出现，尤其是在非小细胞肺癌中。检测这些变异的工具的进步加深了我们对潜在生物学和肿瘤特征的理解，并促使开发针对激活 RTK 的新型抑制剂。如今，约 15% 的肺腺癌中发现了可用药物治疗的致癌重排。然而，单独来看，这些变异的患病率都很低，这对它们的诊断提出了挑战。肺癌中新型可靶向致癌重排的识别和表征不断扩大，最近发现 0.4% 的肺腺癌中存在 CLIP1-LTK 融合就证明了这一点。虽然阻断 RTK 活性的酪氨酸激酶抑制剂通过改善这种疾病的预后代表了治疗领域的突破，但长期治疗不可避免地会导致获得性耐药性的产生。在这里，我们回顾了肺癌中涉及 RTK 的致癌融合和基因扩增。我们讨论了致癌 RTK 的遗传和分子结构以及诊断方法，强调了下一代测序技术的作用。此外，我们讨论了不同酪氨酸激酶抑制剂的治疗意义，包括当前的临床试验和导致获得性耐药性的机制。最后，我们概述了使用液体活检来监测疾病进程。
通过整合原子模拟、实验和人工智能技术来预测相变机制
探索物质从原子到宏观尺度的多尺度特性，将实验观察与原子模拟和深度学习计算机视觉技术相结合，以回答原子如何通过缺陷运动重排实现极端固体中的体相转变这一关键问题