像所有理论一样,酶的出现是一种推测性的解释。酶是如何产生的?细胞生命的起源是一种推测性的解释。酶是基于思考和观察的生物催化剂。而且,像大多数理论一样,化学合成理论并不完美。它们是一种结构,具有两个主要困难,即任务非常具体。酶是化学合成理论中出现的。第一个困难是任务出现之前还是之后?这个问题描述了从混乱到组织的过渡——有点像“先有鸡还是一堆化学元素是如何变成鸡蛋的?”的困境。与任何关于有组织和生命形式的理论一样,化学合成理论基本上是想象一个随机系统可以产生这样的生命形式,不可能得到最终的证明。然而,尽管有组织和复杂的结构,如其已知的缺陷,但它是最合理的和真核细胞。第二个困难是对于现有证据的可用解释。