由于寡核苷酸合成是一个连续过程，如果步骤效率低于 100%，则目标寡核苷酸的理论产量会随着序列长度的增加而降低。顺序固相寡核苷酸合成技术适用于长度最多约为 150 nt 的寡核苷酸，每一步都有可能因副反应和原材料杂质而引入失败序列。据估计，每个合成循环的效率约为 98.5-99%。3 如表 1 所示，即使步骤效率高达 99%，在 100 个循环后，总理论产量也只有 37%。由于失败序列可能对目标特异性有害，因此应在配制前通过纯化将其去除。序列杂质可能难以去除；但是，反相 HPLC (RP-HPLC) 等强大的纯化技术可用于各种序列和长度的寡核苷酸。