基因复制是进化新颖性的来源。DNA甲基化可能通过其与基因表达的关联在重复基因的演化中起作用。虽然在少数个单个物种中对这种关系的研究程度有所不同,但这些结果在广泛的系统发育规模上具有不同的重复历史或人群中的种类,但尚不清楚。我们将比较表观基因组学方法应用于整个系统发育中的43种被子植物物种和928个拟南芥的种群,研究了DNA甲基化与旁系同源物进化的缔合。Genic DNA甲基化与重复类型,重复,序列进化和基因表达的年龄有差异化。整个基因组重复物通常用于仅CG基因体甲基化或未甲基化基因,而单基因的重复通常富含非CG甲基化或未甲基化基因。非CG甲基化,特别是最近的单基因重复项的特征。核心的被子植物基因家族分为那些优先保留旁系同源物和“抗复制”的家族的核心基因家族,这些家族在重复后会汇聚为单例。耐重复的家庭仍然具有寄生态副本,对于核心被子植物基因而言,富含非CG甲基化的核心基因。非CG甲基化的旁系同源物具有较高的序列演化速率,较高的存在频率 - 缺乏变化和更有限的表达。这表明非CG甲基化沉默对于在重复后保持剂量可能很重要,并且是分馏的前体。我们的结果表明,基因甲基化标记寄生虫基因之间的进化轨迹和命运不同,并且在复制后保持剂量。