RNA测序(RNA-SEQ)已成为转录组学的基石,为各种生物条件和样品类型的基因表达提供了详细的见解。然而,RNA-Seq数据通常受到批处理效应的影响,这是系统的非生物学差异,会损害数据可靠性并掩盖真实的生物学变异。为了应对这些挑战,我们引入了战斗-REF,这是一种精致的批次效应校正方法,可增强RNA-Seq数据中差异表达分析的统计能力和可靠性。在战斗seq的基础上构建,战斗-REF采用负二项式模型来调整计数数据,但通过对整个批处理的汇总分散参数进行创新,并保留参考批次的计数数据。我们的方法在模拟环境和实际数据集中都表现出了卓越的性能,例如生长因子受体网络(GFRN)数据和NASA GenElab转录组数据集,从而显着提高了对现有方法的敏感性和特异性。通过有效缓解批处理效应,同时保持高检测能力,Combat-Ref被证明是增强RNA-SEQ数据分析的准确性和解释性的强大工具。
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