请注意,由于它们的高负电荷,我们排除了两个裸露的DNA(U DD <0)之间吸引人的可能性。上面的这三个条件可以在物理上理解如下。由于DNA无法单独与二氧化硅结合,因此结合剂和DNA之间的吸引力(条件2)将确保DNA粘在结合剂上,而复合物(DNA+结合剂)与二氧化硅结合。结合剂必须与二氧化硅结合才能发生(条件1)。但是,如果两种结合剂之间存在吸引力,则在两个结合剂之间形成复合物,而不是DNA结合剂复合物(条件3),它在能量上更有利。这将降低DNA的结合概率与二氧化硅。在这里值得一提的是,在这项工作中为参数扫描所选择的范围由我们较早的作品12,43指导,其中进行了广泛的无偏见和偏见的分子动力学模拟(伞采样模拟),以评估参数。在此,由于系统的复杂性,我们无法评估参数的确切值,因此尝试了参数扫描。在上述所有计算中,我们将结合剂与DNA(rθ)的浓度比为5。
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