乳腺癌 (BC) 的治疗和相关靶点仍然有限,尤其是三阴性乳腺癌 (TNBC)。我们使用数据非依赖性采集 (DIA) 鉴定了 76 种人类 BC 细胞系的 6091 种蛋白质。将我们的蛋白质组学发现与之前的多组学数据集相结合,我们发现包括蛋白质组学数据可改善药物敏感性预测并提供有关作用机制的见解。随后,我们分析了用 EGFR/AKT/mTOR 抑制剂治疗的九种细胞系(五个 TNBC 和四个非 TNBC)的蛋白质组学变化。在 TNBC 中,EGFR/mTOR 抑制剂治疗后代谢途径失调,而 RNA 修饰和细胞周期途径受到 AKT 抑制剂的影响。这种系统的多组学和对 BC 细胞蛋白质组的深入分析有助于确定潜在治疗靶点的优先级并提供有关 TNBC 适应性耐药性的见解。