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纳米孔测序技术已实现多种应用，用于快速识别和表征生物威胁，包括新兴威胁和/或转基因威胁。已开发出用于超前和移动实验室环境的系统。军事操作员正在接受执行 DNA 和 RNA 测序协议的培训，这将彻底改变现场的生物威胁识别。样品和文库制备方法已得到简化，并正在自动化，供未经实验室培训的操作员使用，生物信息学软件已被设计为在测序仪运行时自动识别生物威胁。一旦生物信息学软件将结果报告给操作员，就会设计额外的软件将结果立即发送到指挥中心，并集成到各种指挥和控制网络和架构中，以实现态势感知和明智的决策。这些系统的另一个好处是它们可以在移动中使用，从而扩大了作战概念 (CONOPS) 的范围。此外，最近的进展使得纳米孔技术可用于非靶向蛋白质识别，这可应用于蛋白质毒素。最终目标是拥有一个单一的纳米孔设备，用于识别基于 DNA 的威胁、基于 RNA 的威胁和毒素，它将作为一个一体化的不可知生物威胁识别器。
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