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植物与微生物之间相互作用的高度复杂性促使植物生理学家和微生物学家使用简单的模型，即无菌或亚无菌水培植物培养物或纯微生物培养物。这类研究过去和现在都非常有成效，但它们往往掩盖了自然界中相互作用的作用。实际上，在土壤中生长的植物根系从来都不是无菌的，而是总是被大量可能具有强烈活性的微生物包围或侵入。因此，植物科学家不应忽视与植物根系相关的微生物对植物代谢的影响。另一方面，与植物根系相关的微生物种群不能独立于植物进行研究。因此，根系微生物种群必须被视为系统或关联中的一个组成部分，该系统或关联可称为植物-微生物系统。这种概念在处理不同类别的共生体（根瘤与根瘤菌共生、根瘤与放线菌类生物共生、外生和内生菌根、根际系统、根病原体复合体等）时得到了广泛的应用。
植物-微生物系统
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