蛋白质结构是超出序列的保守，这使得多重结构比对（MSTA）对于分析远距离相关的蛋白质必不可少。计算预测方法已大大扩展了我们可用蛋白质结构的存储库，需要快速准确的MSTA方法。在这里，我们介绍了一种渐进式MSTA方法，该方法利用了成对结构对准器Foldseek的结构字母，用于多次对齐数十万个蛋白质结构。foldmason计算置信度得分，提供交互式可视化，并在准确的结构预测时代提供了大规模蛋白质结构分析的必要速度和准确性。使用flaviviridae糖蛋白，我们证明了Foldmason的MSTAS如何支持暮光区下方的系统发育分析。foldmason是免费的开源软件：foldmason.foldseek.com和web服务器：search.foldseek.com/foldmason。