grelu:DNA序列建模和设计的综合框架
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深度学习模型越来越多地用于在DNA序列上执行各种任务,例如预测组织和细胞类型特异性序列活性,得出顺式调节规则,预测非编码变异效应以及设计合成调节序列。但是,这些模型需要专门的知识来正确构建,训练和解释。此外,由于模型和不同组构建的软件之间缺乏互操作性,该领域受到了阻碍。在这里,我们提出了Grelu,这是一个综合的软件框架,使用户可以轻松地执行高级序列建模管道,包括数据预处理,模型培训,超参数调整,评估,解释,解释,变体效应预测和新型调节元素的设计。该软件伴随着一个模型动物园,其中包含可以轻松下载,应用和微调的最先进的预培训模型。该框架和资源将在DNA序列建模领域加速研究,并实现合成调节元件的有效设计。

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