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药物与靶标之间相互作用的计算预测是药物发现领域的长期挑战。最先进的药物-靶标相互作用预测方法主要基于具有已知标签信息的监督机器学习。然而,在生物医学中,获取标记的训练数据是一个昂贵且费力的过程。本文提出了一种基于半监督生成对抗网络 (GAN) 的方法来预测结合亲和力。我们的方法包括两部分,两个用于特征提取的 GAN 和一个用于预测的回归网络。半监督机制使我们的模型能够学习标记和未标记数据的蛋白质药物特征。我们使用多个公共数据集评估我们方法的性能。实验结果表明,我们的方法在利用免费提供的未标记数据时实现了具有竞争力的性能。我们的结果表明,利用这种未标记数据可以大大帮助提高各种生物医学关系提取过程的性能,例如药物-靶标相互作用和蛋白质-蛋白质相互作用,特别是在这些任务中只有有限的标记数据可用时。据我们所知,这是第一个基于半监督 GAN 的预测结合亲和力的方法。

使用 GAN 预测药物-靶标结合亲和力

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