健康植物（水果和蔬菜）和动物（肉）的内部组织本质上是纯净的。却原始的和加工的（无菌）食物包含不同类型的霉菌，酵母，细菌和病毒。微生物从天然（包括内部）来源和外部来源进入食物，从生产开始到食用时，食物就可以接触到食物。植物起源食物的天然来源包括水果，蔬菜，坚果，谷物和香料的表面，以及某些块茎中受损的组织和毛孔（例如萝卜和洋葱）。动物起源食物的天然来源包括皮肤，头发，羽毛，胃部 - 胃道，泌尿生殖道，呼吸道和牛奶动物的牛奶管（奶嘴）。天然微层与宿主保持生态平衡，其类型和水平随动植物的类型及其地理位置和环境条件而变化很大。除了天然微生物外，食物还可以污染来自外部来源的不同类型的微生物，例如空气，土壤，污水，污水，水，饲料，饲料，人类，食物成分，设备，包装和昆虫。微生物类型及其从这些来源进入食物的水平差异很大，并取决于食物处理过程中使用的卫生程度。