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我们对60种人类衍生的乳腺癌细胞系模型进行了定量蛋白质组学，深度为约13,000个蛋白质。评估了由此产生的高通量数据集的质量和可重复性。我们使用数据集来识别和表征乳腺癌的亚型，并表明它们符合已知的转录亚型，揭示了即使在采样不足的蛋白质特征集中也保留了分子亚型。所有数据集都可以作为Lincs Portal上的公共资源免费提供。我们预计，可以挖掘这些数据集，无论是孤立还是与免费测量，例如基因组学，转录组学和磷蛋白质组学，以预测药物反应，为信号传导途径模型中的细胞系特定环境提供信息，并识别对治疗疗法的敏感性或抗性的标记。
跨乳腺癌细胞系和模型的蛋白质组学分析
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