抗生素耐药性是一个全球性的健康问题,其中产超广谱 β -内酰胺酶的大肠杆菌 (ESBL-Ec) 和耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 (MRSA) 尤其令人担忧。对从社区中分离出的细菌进行全基因组测序分析对于了解这些多重耐药细菌的传播至关重要。我们的主要目标是确定在法国某个社区环境中分离出的临床 ESBL-Ec 和 MRSA 的种群结构。为此,我们从勃艮第-弗朗什-孔泰地区 6 家私人医学生物实验室的 23 个地点收集了分离株。使用 Illumina 技术对 190 个 ESBL-Ec 和 67 个 MRSA 进行了测序。进行了基因组分析以确定细菌分型、抗生素耐药基因、金属耐药基因以及毒力基因的存在。分析显示,ST131 是该地区的主要 ESBL-Ec 克隆,占 ESBL-Ec 分离株的 42.1%。bla CTX-M 基因占 bla ESBL 的 98%,其中大多数是 bla CTX-M-15 (53.9%)。MRSA 群体主要由 CC8 (50.7%) 和 CC5 (38.8%) 克隆复合体组成。有趣的是,我们发现 MRSA 群体中锌抗性基因 czrC 的流行率为 40%。我们观察到法国地区城市和农村地区的 ESBL-Ec 或 MRSA 群体没有差异,这表明人口密度或农村环境没有影响。