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虽然在理论上和体外都很好地理解了转录和DNA超串联之间的反馈，但在体内仍有待量化。在这次演讲中，我将介绍我们的工作，通过在大肠杆菌中的质粒上意识到这一差异，这是理论和体外研究的基础概念性的“双转录 - 环模型”。，我们测量了基因表达如何随启动子和拓扑障碍的距离而变化。我们发现基因表达取决于与上游屏障的距离，但不取决于下游屏障，其依赖性强度依赖于启动子。i然后将提出DNA转录的第一原则生物物理模型，该模型能够对这些发现进行定量合理化。该模型与可用的体外测量值进行了参数化的RNA聚合酶的结合，启动和伸长，以及拓扑异构酶的作用，这些参数受到我们的实验结果的约束。通过将其与数据进行比较，它支持Topoi和Gyrase必须在基因上游和下游分别具体起作用，并预测Topoi比Gyrase不那么活跃。它还突出了托托伊的拮抗作用，托图伊既促进伸长率又倾向于抑制起始。
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