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质谱技术在临床实验室的应用带来了显著的进步。由于灵敏度提高，当分析物数量太少而需要更高的灵敏度时，质谱技术在临床分析中占有重要地位。任何疾病都会导致身体化学成分发生变化，可以使用配备质谱技术的气相色谱仪等色谱设备进行诊断。这些身体化学成分的变化会导致体液和排泄物的变化。目前，使用基质辅助激光解吸/电离质谱法 (MALDI-MS) 直接分析和可视化完整组织中的药物化学物质是一种流行的方法。
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