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真核细胞与原核细胞(细菌、古菌)不同,具有高度复杂的内部结构。真核生物具有细胞核,细胞核由核膜包围,含有 DNA、一套复杂的膜细胞器系统:光滑内质网 (SER) 和粗面内质网 (RER)、高尔基体、内体和溶酶体(它们共同构成细胞的分泌途径)、以及线粒体、质体(植物细胞)和过氧化物酶体。由于细胞内生物膜系统的存在,决定了细胞内存在单独的区室(所谓的区室化),真核细胞能够同时且彼此靠近地进行大量不同的(通常是相反的)生化过程。传统光学显微镜的分辨率较低(0.2 μm),限制了对细胞内结构进行精确观察的可能性,因此电子显微镜常用于此类研究,其分辨率为 0.2 nm,为了解细胞器的超微结构提供了更大的可能性。这种复杂技术的替代方法是基于特定抗原抗体反应的免疫细胞化学反应,其特点是灵敏度高,能够检测到低于传统光学显微镜分辨率的信号。使用与抗体结合的各种荧光染料使得可以在这种类型的研究中使用荧光显微镜,但是这种分析通常是在固定被检查的细胞及其相当复杂的处理之后才有可能的。近年来,人们获得了许多荧光染料,它们一方面可以特异性地与某些细胞器的膜结合,从而可以确定它们在细胞中的可能位置,另一方面适合于“活体”染色。这些包括与高尔基体 (BodipyCeramide) 膜、线粒体 (Miyo-Tracker、Rhodamine 123)、光滑内质网 (ER-Tracker) 和溶酶体 (Lyso-Tracker) 膜结合的染料。

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